Káosz tör ki az NCIS épületénél, amikor egy detonátor felrobban. Először véletlennek hiszik az esetet, majd kiderül, egy tégla van a csapatban, aki bentről segítette a bűnözőket, hogy sikerrel járjanak.

Doki és Gibbs egy 16 évvel ezelőtti bűntény kulcsfontosságú bizonyítékát találják meg, amivel végleg pontot tehetnek a megoldatlan ügy végére. Abby minden erejével azon van, hogy Doki asszisztense megkedvelje őt.

Egy volt tengerészgyalogost súlyos vádakkal illetnek, ezért Gibbs minden erejét bevetve azon dolgozik, hogy tisztázza a férfit. Az ügy érdekes fordulatot vesz, amire senki sem számított...

Sloane szemtanúja lesz, amint barátnője, Jessica autója felrobban. Az első számú gyanúsított az ügyben Hicks, akit tévesen engedtek ki a börtönből. Gibbs és a csapat bizonyítékokat keresnek, arra, hogy a férfi valóban bűnös. Az NCIS nem várt segítséget kap, aminek McGee nem örül...

Egy ellopott furgonban megtalálják a 10 napja eltűnt Willis alezredest. Gibbs és a csapat összefogva egy rég nem látott ügynökkel azon vannak, hogy mihamarabb elkapják a tettest. Abby pedig leleplezi McGee titkát...

Torres és McGee egy cserbenhagyásos gázolás után nyomoznak, azonban az egyik gyanúsítottról megdöbbentő információkat tudnak meg. Vance lánya pedig bajba kerül, amikor bolti lopáson kapják.

A JAG egyik ügyvédje öngyilkos lesz, eleinte semmi nem utal idegenkezűségre, azonban a csapat egyre több érdekességet talál az üggyel kapcsolatban. Torres mellékesen azon dolgozik, hogy igazolványképét lecseréljék...

Bishop és Torres beépített ügynökként dolgoznak egy kábítószeres ügyön. Amikor már közel járnának a megoldáshoz a pár eltűnik egy hajórobbanás következtében...

Sloane és Torres Afganisztánba repülnek az amerikai szenátorral. Gibbs rossz hírrel hívja fel őket, ugyanis a szenátor fia súlyos sérülésekkel kórházba került. Sloane kerít egy tizedest, aki biztonságban elviszi őket a legközelebb induló repülőgéphez, azonban az út során megtámadják őket.

Sloane régi jó barátját, egy MI5 ügynök férfit az orosz maffia egyik ismert tagja, André Yorka megöli. A csapat rögtön akcióba lendül, ám McGee kap egy telefonhívást, hogy Delilah szülni fog, ezért rögtön a kórházba siet. Meglepetésként éri, hogy az NCIS által keresett Yorka éppen a kórház sürgősségijén van...

McGee és Delilah nem tudnak megegyezni abban, hogy megtudják-e születendő gyermekük nemét vagy sem. Közben az NCIS csapatához egy médium csatlakozik...

11 év után újra tárgyalnak egy gyilkossági ügyet. Az NCIS csapatát komoly vád éri, ezért Gibbs azon dolgozik, hogy mielőbb fény derüljön az igazságra...

Jimmy megkéri a munkatársait, hogy adományozzanak egy speciális játszótér megépítése érdekében. Torres a nagy rohanásban véletlenül sokkal többet utal el, mint amennyit szeretett volna. Közben a csapat egy rejtélyes gyilkosság után nyomoz.

Clay egyik legféltettebb titka kiderül, amikor a barátját elrabolják, így kénytelen bevonni a csapatot. McGee régi és kínos képéből internetes mém válik, ami nagyon zavarja őt és mindent megtesz azért, hogy kiderítse, ki töltötte fel azt róla...

Gibbs véletlenül összetalálkozik az új törvényszéki pszichológussal, aki eleinte másnak adja ki magát, így próbára téve a férfit. A csapat egy elrabolt nő után kutat, akit később egy autó csomagtartójában találnak meg...

Torres társa küldetés közben eltűnik, ami pedig tovább bonyolítja az ügyet, hogy egy halottnak hitt ügynökkel távozik a férfi. Gibbs és csapata mindent megtesz azért, hogy megtalálják az eltűnt nyomozót és pontot tegyenek egy rejtélyes, 10 éve megoldatlan ügy végére.

A nemrég kiszabadított Gibbs-nek és McGee-nek pszichológiai vizsgálaton kell részt venniük, hogy ismételten dolgozhassanak. McGee nehezen veszi rá magát erre. Közben a csapat egy meggyilkolt katona esetén dolgozik...

Gibbs és McGee két hónapja fogságban vannak, a csapat semmit sem tud róluk, de minden erejükkel azon vannak, hogy megtalálják őket. A Pentagon parancsára azonban nem foglalkozhatnának az üggyel...

Gibbs, McGee és Torres Paraguay közelébe utazik, egy helyre amelyet egy lázadó erőszakos csoport irányít. Megpróbálnak megtalálni egy haditengerészt, aki eltűnt egy nem jóváhagyott út során.

McGee és Delilah küszöbön álló esküvőjének stressze Delilaht kórházba juttatja. Az NCIS csapatát egy haditengerészeti rombolóra hívják, hogy megvizsgálják egy egészséges, fiatal tiszt halálát. A holtest azonban titokzatos módon eltűnik.