Az antarktiszi romok megfejtése révén egy nemzetközi tudósokból álló csapat elindul a távoli Pegazus-galaxisba, hogy megtalálja az Ősök elveszett városát. Atlantisz azonban a pusztulás szélén áll és ezért egy helyi népcsoport segítségét kell kérniük.

Vakmerő katonai akcióra indul a csapat egy része, hogy társaikat kiszabadítsák az ellenség karmaiból. A küldetésük tragikus fordulatot vesz és csak még nagyobb veszélybe sodorják az expedíciót egy ősi ellenség figyelmének felkeltésével.

Az Atlantis bázis veszélybe kerül, amikor a csapat felfedezi, hogy egy idegen életforma van a városban. McKay egyik kísérlete az idegen technológiákkal rosszul sül el.

Az ugró az űrben lebegő csillagkapuban ragad és csupán 38 percük marad a probléma megoldására, miközben egy veszélyes élősködővel is meg kell küzdeniük az utastérben.

Miután több küldetésen a lidércekbe botlanak, a csapat gyanakodni kezd az athosiai szövetségeseikre, hogy talán áruló férkőzött a soraikba.

Sheppard és csapata egy olyan bolygóra látogat, ahol senki nem öregebb 24 évesnél, mivel úgy tartják, a 24 felettiek rituális öngyilkossága távol tartja a lidérceket.

A csapat egy olyan bolygóra látogat, melyen a lidércek rendszeresen táplálkoznak, de amelynek lakói közel járnak egy felfedezéshez, ami immunisá teheti őket az ellenséggel szemben.

A Genii-vel tervezett kereskedelmi szerződés kudarcba fullad, amikor a csapat rájön, hogy az új "szövetségeseknek" hátsó szándékaik vannak.

McKay kísérlete, hogy egy idegen bolygó atmoszférájából kigyűjtse az energiát, lehetőséget ad egy földi útra, de a csapat valószínűleg nem térhet vissza Atlantiszra.

Amikor egy óriási vihar fenyeget, Atlantiszt evakuálják - miközben a csapat legújabb ellensége elfoglalja a várost.

Sheppard őrnagy macska-egér játékot folytat azokkal a katonákkal, akik átvették az irányítást Atlantisz fölött, és fogságban tartják Weirt és McKayt.

Sheppard csapata egy lezuhant lidérc hajót vizsgál, amikor ott ragadnak egy idegen bolygón, a lidérc túlélővel.

Az Atlantiszon néhányan megfertőződnek egy halálos nanit vírussal, ezért a teljes várost le kell zárni.

A csapat egy paradicsomi világot talál, ami ideális menhely lenne azoknak, akik a lidércek elől menekülnek, ám a helyiek úgy hiszik, istennőjük nem fogja ezt megengedni.

Egy hibernált nőt találnak az Atlantiszon, akiben a csapat meglepődve Dr. Weirt ismeri fel. Dr. Weir azt állítja, hogy 10000 évet utazott vissza a múltbeli Atlantiszra.

A csapat a Dagan nevű bolygón egy legendás tárgy után kutat, amit a daganiak "Potentia"-nak hívnak, s ami nem más, mint egy ZPM, ami energiával láthatná el Atlantisz rendszereit, így a pajzsot is, ami megvédhetné Atlantiszt egy esetleges lidérc támadástól.

Amikor kiderül, hogy közeleg egy lidérc támadás, Atlantisz felfedezői számításba veszik lehetőségeiket. Úgy döntenek, érdemes megpróbálniuk legalább üzenni a Földre, ha már egy ember átküldéséhez nem tudják a kaput elég ideig nyitva tartani.

Teylat rémálmok gyötrik, melyekben egy lidérc üldözi, majd magát is lidércként látja. Az egyik rokonától megtudja, hogy közelebbi a kapcsolata a lidércekhez, mint gondolná.

A tudósok egy csoportja megpróbál működőképessé tenni egy Ős műholdat, hogy megelőző csapást mérhessenek a város felé közeledő lidérc hajókra.

Egy katonai csapatot küldenek a Földről Atlantiszra azzal az utasítással, hogy vegyék át a parancsnokságot Dr. Weirtől és védjék meg a várost a lidérc támadástól.

A város megsegítésére megérkezik a Daedalus nevű csatahajó, amelynek segítségével megelőző támadásra indulnak Atlantisz védői. Közben Ford egy bizarr átalakuláson megy át, mely alapvetően megváltoztatja az expedíció tagjaihoz fűződő kapcsolatát.