A fiatal Merlin (Colin Morgan) Camelotba érkezik nagybátyjához, az udvari doktor Gaiushoz (Richard Wilson), hogy okot és célt találjon ébredező természetfeletti képességeinek. De ez a Camelot még korántsem a legendák dicső királysága. Guinevere, azaz a szépséges Gwen (Angel Coulby) a kovács egyszerű lánya, Morgana (Katie McGrath) a várban élő úrhölgy, Artúr Pendragon (Bradley James) pedig ugyan erős és jószívű, de pökhendi herceg, aki folyton összetűzésbe kerül apjával, a keménykezű Uther Pendragonnal (Anthony Head), aki nem ismer kegyelmet, ha mágiáról van szó. Merlinnek folyton egyensúlyoznia kell a mágia használata és elhallgatása, a jó ügy szolgálata és a lebukás között, hogy egyszer az a hatalmas varázsló válhasson belőle, aki Artúr királlyal egyesíti majd Albion földjét.

A fiatal Merlin anyja tanácsára Camelotba utazik, ahol nagybátyja, az udvari doktor Gaius segédjének álljon, titkon remélve, hogy választ találhat a kérdésére: miért kapta a sorstól természetfeletti képességeit? De a keménykezű Uther Pendragon uralma alatt tilos a mágia bárminemű használata, és minden varázslónak és mágikus lénynek halál a büntetése. Uther legújabb áldozata egy varázsló, akinek anyja megesküszik, hogy bosszúból végez a király fiával, az ifjú Artúrral.

Az évente megrendezett lovagi tornára Albion egész területéről érkeznek lovagok a bajnoki cím reményében. Merlin, akit Arthur herceg szolgájának neveznek ki, rájön, hogy az egyik lovag fekete mágiát használ és valószínűleg Artúr életére tör. Ám nem várt akadályokba ütközik, amikor ezt Artúrral és a királlyal is közölni akarja.

Rejtélyes, természetfeletti járvány söpör végig a városon, a halottak száma napról napra nő. Míg Gaius és Merlin az ellenszeren dolgozik, Uther és Arthur a betegség okozóját akarja megtalálni. Merlin megsajnálja a kovács lányát, Gwent, ezért mágiával gyógyítja meg a kórtól szenvedő apát. A bámulatos gyógyulás azonban szemet szúr a királynak, és Gwen lesz az első számú gyanúsított, akit halálra is ítélnek.

Camelot régi ellensége, a varázslónő Nimueh bosszút áll Merlinen, amiért megállította az általa okozott járványt: csellel eléri, hogy Merlin mérgezett kehelyből igyon azon a lakomán, ami Camelot és az egyik szomszédos királyság közti békekötést ünnepli. Miközben a kölcsönös gyanúsítás miatt kiújul a viszály a két hatalom között, Arthur, apja tiltása ellenére, útnak indul, hogy elhozza Gaiusnak a Merlin meggyógyításához szükséges gyógynövényt.

Merlint egy griff támadja meg, de egy magát Lancelotként bemutató idegen kimenti a lény karmai közül. Élete megmentéséért cserébe Merlin nemesi származást igazoló oklevelet hamisít a kis faluból származó Lancelot-nak, hogy felvehessék a cameloti lovagok közé. Amikor azonban fény derül a hamisításra, Lancelot lovagi pályafutásának úgy tűnik, minden érdeme ellenére befellegzett. A sebezhetetlennek bizonyuló griff mindeközben végső támadásra indul Camelot ellen.

Ismeretlen fertőzés támadja meg Uther gyámleányát, Morganát. Amikor még Gaius is tehetetlennek bizonyul a halálos betegséggel szemben, a király úgy dönt, lehetőséget ad a semmiből megjelenő, magát csodadoktornak valló Edwynnek. Miután Edwyn sikeresen visszahozza Morganát a halál küszöbéről, sorozatos hibákat vél felfedezni Gaius munkásságában, akit így a király kénytelen felmenteni kötelezettségei alól. Miközben Merlin mágikus bogarakat talál Edwynnél, a húsz évvel ezelőtti Nagy Irtás titkos jegyzőkönyve igazolja Gaius gyanúját, hogy Edwyn valami rosszban sántikál.

Arthur egy messzi királyságból érkezett trónörökös és lánya, Sophia életét menti meg egy csapat banditától. Sophia szinte rögtön magába bolondítja Arthurt, szándékai azonban cseppet sem nemesek. Sophia és apja ugyanis a legendás Avalon földjéről kiszorult tündérek, akik visszajutásukat az ifjú herceg életének feláldozásától remélik.

Egy druida egy kisfiúval érkezik a cameloti piacra, de Uther Pendragon királyságában már druidának lenni is halálos bűn. A férfit kivégzik, és hajtóvadászat indul az őrök által megsebesített kisfiúért, aki Merlint látszólag már ismerve kér segítséget az ifjú varázslótól. A kisfiút megszánó Morgana úgy dönt, akár az élete árán is visszajuttatja őt a népéhez.

Nimueh, a mágusok kiirtásáért bosszút esküdött varázslónő újra felbukkan. Az általa feltámasztott fekete lovag sorra hívja ki párbajra Camelot lovagjait, akiknek esélye sincs egy halhatatlan harcossal szemben. Arthur megelégeli társai elestét, és dacból ő maga hívja ki a lovagot párbajra, ezért Merlinnek nincs más választása, mint hogy mágikus segítséghez folyamodjon.

Egy zsarnok és hadserege fosztogatja azt a falut, ahonnan Merlin is származik. A király politikai okokból megtagadja a segítségnyújtást, ezért Merlin hazatér, hogy megpróbáljon segíteni. Morgana, Gwen, és végül Arthur is csatlakozik hozzá, de csodára ők sem képesek, hiszen egy csapat földművesből kellene hadsereget formálni csupán néhány nap alatt. Merlinnek választania kell: hagyja egykori faluját elpusztulni, vagy varázserejével menti meg barátait, de egyben fel is fedi valódi kilétét.

Arthur ritka prédát ejt a vadászaton: az egyik utolsó egyszarvút. Ezzel azonban tudtán kívül átkot hoz az egész királyságra. A termés elrohad, az ivóvíz homokká változik. Egy rejtélyes alak jelenik meg, hogy próbának vesse alá Arthurt, de a gőgös fiatal trónörökös úgy tűnik, még királysága pusztulása árán sem képes elismerni, hogy hibázott.

Egy alkimista a királyság legjobb kovácsának, Gwen apjának, Tomnak nagy összeget ajánl egy munkáért. Amint kiderül, hogy mágiáról van szó, Tom visszautasítja a munkát, de már késő: elfogják és a király kivégezteti. Gwen összeomlik, Morgana pedig bosszút esküszik - akár az alkimistával is hajlandó szövetkezni, hogy Uther meghaljon.

Vadászat közben Artúr egy soha nem látott szörnyszerű lénnyel találkozik. Gaius rájön, hogy ezt a szörnyet egy régóta halott király rémálmai teremtették, és harapása mindig halálos. Második találkozásukkor pedig Artúrt is megmarja; Merlin a haldokló herceg megmentésére indul.

Egy Camelot alatt rejtőző, sötét folyosón kincsekkel teli, ősi sírt találnak. Gaius könyörögve kéri a királyt, zárják vissza a termet, mert attól tart, hogy ez Cornelius Sigan, a gonosz varázsló sírhelye. Cornelius megátkozta Camelotot, és megesküdött rá, hogy egy nap még visszatér.

Artúr mindenképpen meg akarja nyerni a következő lovagi tornát. Ám arról nem tud, hogy a többi versenyző egyike, egy bizonyos Myror csak azért nevezett, hogy megölje Artúrt.

Morgana megrémül, amikor rájön, lehet, hogy varázsereje van, mert a rémálmai sorra valósággá válnak. Gaius a lány védelme érdekében megpróbálja elterelni a gondolatait, de Merlin úgy véli, itt az ideje, hogy Morgana is tisztán lásson.

A rettegett Hengist tévedésből Gwent rabolja el Morgana helyett, ezért Artúr és Morgana Uthertől kér segítséget, de a király nem hajlandó kifizetni a váltságdíjat. Artúr elindul, hogy kiszabadítsa a lányt.

Lady Catrina és különös szolgálója, Jonas Camelotba érkeznek.Uther szívesen fogadja őket, ám Artúr korántsem ilyen lelkes; nem tetszik neki, ahogyan apja és Lady Catrina flörtölnek egymással.

Lady Catrina neve mostantól Catrina királyné, ő Camelot "first lady"-je. Ám amikor fény derül troll mivoltára, még nagyobb hatalma lesz Uther felett, és ez már az egész birodalomra hatással van.

Uther udvarából véglegesen ki akar űzni mindenféle mágiát, ezért felbérli a rettegett Arediant, a hírhedt boszorkányüldözőt, aki a végsőkig képes elmenni, ha valahol varázslatot szimatol.