MacGyvert és Pete-et útközben fegyveres terroristák kapják el és bezárják őket egy pincébe. A terroristák egy szigorúan titkos katonai eszközt kaparintanak meg, amellyel egy egész város elektromos kapcsolatát és adatátvitelét lehet megbénítani. Ezzel a veszélyes fenyegetéssel akarják elérni társuk kiszabadítását. Természetesen Macnek és Pete-nek sikerül kiszabadulnia...

Steve Morrisont a súlyos fejsérülése után leszerelték a hadseregtől, és ezért bosszút akar állni. Néhány alvilági ember megbízásából ellop egy nagyon veszélyes baktériumokkal teli ampullát. MacGyver megpróbálja meghiúsítani a tervet és elkapni a háttérben álló gengsztereket...

MacGyver barátait, Pete Thorntont majd később Jack Daltont horgászás közben elrabolja egy ismeretlen maszkos alak. Miközben MacGyver a barátai keresésére indul, régi emlékekből próbálja kitalálni, ki lehetett a tettes. Az elszánt bosszúálló személye azonban még őt is meglepi...

Miután MacGyver kimentett egy fiatal újságírót a kolumbiai drogmaffia kezéből, érdekes megbízással keresi fel egykori iskolatársa, Zoe, aki archeológus. Csellel ráveszi a férfit, szegődjön társául megkeresni Ambrosius kincsének templomát. A nyomok Angliába vezetnek. Hamarosan rá kell jönniük, nemcsak őket érdekli a felfedezés, hanem a minden hájjal megkent Erich van Leer is a kincs után eredt.

MacGyvernek sikerül kiszabadulnia a kínzókamrából és Zoet is megszökteti van Leer fogságából. Megtalálják a rejtekhelyet és megpróbálják megfejteni Ambrosius titkát, hogy kinyissák a kincsek templomának kapuját. Van Leer kapzsisága azonban nem engedi, hogy a kincs a világ boldogulására szolgáljon.

Sofiának, egy bolgár politikai menekültnek véletlenül birtokába jut egy felbecsülhetetlen értékű ékszer rejtekhelyének tervrajza. Ezzel kezdetét veszi egy életveszélyes versenyfutás, amelybe belekeveredik MacGyver is, aki mindenáron meg akarja védeni a lányt.

MacGyver és Pete Svájcban egy békeszerződés tárgyalásának biztonságát felügyelik. De vannak, akik ezt meg akarják akadályozni, és nem rettennek vissza attól sem, hogy akár az elnököt is megöljék, és a tett elkövetésével MacGyvert vádolják. MacGyvernek így menekülnie kell, és csak egy kislány, Lisa van segítségére az ügy felgöngyölítésében.

MacGyver Bangkokban a Phoenix alapítvány ajándékát, egy művesegépet ad át az ottani kórháznak, mikor váratlanul összefut Jesse Coltonnal, egy fejvadásszal, aki egykori barátnőjét keresi. De már csak a nő halálhíre éri utol, és az a hír, hogy van egy fia, Willie. A fiú, hogy pénzhez jusson anyjának temetésére, pénzt lop MacGyvertől, sőt a dialíziskészülék ellopásában is segédkezik. MacGyver versenyt fut az idővel, mert a készülékre egy halálos beteg lánynak azonnal szüksége volna.

Murdoc segítséget kér MacGyvertől, régi halálos ellenségétől, hogy az ellene fordult terrorszervezet által elrabolt húgát, Ashtont együtt szabadítsák ki. MacGyver kételkedik Murdoc szavaiban, de rááll az akcióra.

Su Ling, egy kínai árva lány, akinek MacGyver egyszer a gyámja lett, váratlanul megérkezik hozzá. Hamar kiderül azonban, hogy a lány nem Su Ling, hanem Mei Jan, aki egyenesen a Mennyei Béke terén történt kegyetlen vérengzés videóját - ahol Su Linget is megölték, - csempészte el magával. MacGyver mindent megtesz, hogy a videó nyilvánosságra kerüljön és a lányt is ki kell szabadítania a nagykövetségről.

MacGyver Bill Colton után megy Afrikába, aki sikertelenül próbálta elkapni az orvvadász Ladysmitht és bandáját. A szigorúan védett rinocéroszok gyilkosát végül sikerül kelepcébe csalni, de ez csekély vigasz a kihalófélben levő állatoknak. Az epizód érdekessége, hogy az élő állatokhoz megszólalásig hasonlító makettekkel dolgoztak, amelyeket a Jurassic Park dinóit is készítő stúdióban csináltak.

Egy műkincsárverésen feltűnik egy festmény, amelyet korábban a nácik hurcoltak el, és a régi gazdája mindenképp szeretné visszakapni. MacGyver valósággal a hitleri Németországban találja magát, amikor a kép után nyomozni kezd.

Rockkal a drog ellen - ez a jelszava annak a kampánynak, amelyben Roxy Yeats, az ismert énekesnő is részt vesz, és amelyet a Phoenix alapítvány szponzorál. Azonban Roxy már nem a régi, és ez felkelti MacGyver érdeklődését is. A lány azt állítja, hogy az ikertestvére, Carla az életére tör...

A Mária templomból karácsony előtt eltűnik a Madonna-szobor. MacGyver, aki jó ismerőse a plébános Lafferty atyának, segítséget ígér neki. A Challenger Klub is karácsonyra készülődik, de anyagi gondjaik vannak, még hiányzik 3000 dollár. Úgy tűnik, hogy itt már csak egy igazi "karácsonyi angyal" segíthet...

MacGyver teljesen kimerülve ér haza egy fárasztó megbízásából, és csak egy nagy alvásra vágyik. Aztán amint ledől a heverőjére, és egy régi westernt kezd nézni, hirtelen az események középpontjában találja magát és ismerőseit...

MacGyver részt vesz egy programban, amely a támogatásra szoruló tehetséges diákok felkarolását szolgálja. Így találkozik Tony Milanival, aki rendkívül tehetséges, de semmi nem motiválja a tanulásra. Bár MacGyver vállalja a patronálást, elhagyja az iskolát, és az apja építkezésén kezd dolgozni. Azonban érzi, hogy ott nincs minden rendben és a felelőtlen főnökök nagy katasztrófát okozhatnak. Tony csak MacGyverre számíthat a baj megakadályozásában.

MacGyvert megkéri egy régi barátnője, hogy segítsen kideríteni neki egy halálesetet. Mac ezért elmegy Oregonba és beáll fafeldolgozónak, hogy az ügy nyomára jusson. Mac Amy volt férjével Jackkel együtt illegális fakereskedők tevékenységét fedezi fel.

MacGyver egy archeológusnővel, Mariával régi indián kincsek kutatására indul. Kísérőjüket, Ramont azonban csak a bosszú vezérli, mert apját korábban az ezen a vidéken tanyázó katonák parancsnoka, Diaz ölte meg.

Jenny Larson értesíti MacGyvert, hogy az apját megölték, és a gyanúsított George Henderson. A gátlástalan üzletember manipulált lóversenyeken fogadó embereket tett tönkre. MacGyver elhatározza, hogy a férfit leleplezi, és trükkös csapdát állít neki, amelyben segítségére van egy különös figura: Dexter Filmore alakítása is.

A Phoenix Alapítvány segített az ERMA Projekt kifejlesztésében, amely jól használható a tengeralattjárók nyomon követésében. A terv kidolgozóját azonban csapdába csalják, és a műszer a drogmaffia kezébe kerül. MacGyvernek megint Dexter alakjában kell a tettesek közelébe férkőznie, mivel ismerik őt.