A történet egy ezermester, egy zseni ügynökről szól, aki nagyszabású bűntetteket igyekszik megakadályozni. 

Angus "Mac" MacGyver és Jack Dalton, a Külszolgálatok Hivatalnak egyik titkosügynöke együtt próbálja megtalálni azt az eltűnt biológiai fegyvert, amelynek egy cseppje képes elvenni embereik ezreinek az életét.

MacGyver és csapata megpróbálja kiszabadítani Sarah-t, Jack egykori CIA-s társát/barátnőjét, aki Venezuelában tűnt el, miután bizonyítékot talált egy nemzetközi fegyverkereskedő ellen.

MacGyver és csapata Malajziába utazik, hogy kivonja a forgalomból az egyik terrorista csoport pénztárnokát, Ralphot, aki kulcsfontosságú információkkal rendelkezik egy közelgő támadással kapcsolatosan. De a küldetés kisiklik, amikor a férfit meglövik. MacGyvernek csak egy jogosítvány és egy kézfertőtlenítő áll rendelkezésére, hogy életben tartsa Ralphot, amíg ki nem szedik belőle a terroristák tervét.

MacGyvernek és csapatának egy véső és egy levélgyufa segítségével kell megvédeniük az USA nagykövetségét Lettországban olyan szélsőségesek ellen, akik megpróbálják kiszabadítani a vezetőjüket. Bozer komoly döntés elé kerül most, hogy tudja, ki is Mac valójában.

Macnek és csapatának nincs ideje nosztalgiázni, amikor meglátogatják Mac és Bozer szülővárosát, mivel azonnal hozzá kell látniuk, hogy megtalálják Valerie-t, azt a csodagyereket, akit Mac korábbi középiskolájából raboltak el. Mac számára csak egy harapófogó és némi drót áll rendelkezésére, hogy megmentse a fiatal tehetséget, akivel sok mindenben hasonlítanak egymásra.

Riley rejtélyes módon eltűnik, MacGyver és Jack pedig a kutatására indul. Egy mikrohullámú sütő és egy elosztóaljzat segítségével törnek be az NSA-hoz, ami akár a harmadik világháború kirobbanásához is vezethetne. Bozer első hivatalos küldetésére indul, Jack pedig beszámol Diane-nel, Riley édesanyjával való kapcsolatáról.

MacGyvernek egy csavarhúzó és egy rovarirtó spray segítségével kell megtalálnia az USA kormányába beépült téglát, aki titkos információkat szivárogtat ki egy olyan szervezet számára, amely megpróbálja tönkretenni a Phoenix Alapítványt. Sarah visszatér, hogy segítsen a küldetésben, Nikki pedig ismét előkerül, de Mac nem tudja megmondani, hogy melyik oldalon.

Egy háborús bűnös elfogását követően Mac és Jack helikopter balesetet szenved Kazahsztán egy távoli területén. A pilóta megsérül, a fogoly pedig megszökik Jack fegyverével. MacGyvernek egy nagyméretű penge és egy vizes palack segítségével kell segítséget hívnia, mivel a pilóta állapota egyre csak romlik, és fennáll a veszélye, hogy a háborús bűnös foglyul ejti őket.

Mac-nek és Jacknek egy halpikkelyező és néhány horgászzsinór segítségével kell elkapnia egy korrupt FBI ügynököt, aki hamisan vádolt meg egy férfit gyilkossággal. A csapatban mindenki riadtan várja, hogy megkapják az első teljesítményértékelésüket Matty-től, a szigorú új főnöküktől.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.