A CSK-1 csapata, lopott Goa'uld anyahajójukkal megérkezett egy a Tejútrendszertől több mint 4 millió fényévnyi távolságra lévő galaxisba. Röviddel ezután megérkezik Apófisz anyahajója, fedélzetén Teal'ckel, akit botfegyverrel meglőttek és társai halottnak hiszik. Amikor Apófisz támadást indít, érkezik egy ismeretlen harmadik hajó. (2. rész)

Teal'cnek, akinek Apófisz megváltoztatta az elméjét, át kell esnie egy ősi szertartáson, amely a halál mezsgyéjére viszi, hogy újra felfedezhesse, kicsoda is valójában.

Egy feltérképező küldetés során Samantha Carter találkozik egy földönkívülivel, aki végül emberi alakot ölt, mert egy kicsit beleesett Sambe. Az epizód bemutatja Carter Csillagkapu Parancsnokságon kívüli életét is.

O'Neillt és Tyler hadnagyot Goa'uld erők támadják meg és csapdába esnek az ellenséges vonalak mögött, miközben a csapatuk maradéka rájön, nem is tudják, kicsoda Tyler. 

A CSK-1 meglátogat egy új világot, amelyen olyan emberek élnek, akik életmódjukban leginkább az Amish-okhoz hasonlítanak. Szerencsétlenül, a kapu aktiválása változást okoz a bolygó napjának sugárzásában. Így a bolygón létező összes élet hamarosan el fog pusztulni... Az asgardok, akik ennek a világnak a védelmezői, itt is távol maradnak valamilyen okból.

Cassandrának elkezdenek irányíthatatlan telekinézis rohamai lenni, és az egészsége rohamosan romlik.

A CSK-1 felfedez egy civilizációt, amely szolgaként használja az Unas fajt. Megpróbálják kiszabadítani Daniel barátját, Chakat.

A CSK-1 csatlakozik egy orosz csapathoz, amikor az egyik orosz csapat eltűnik egy földönkívüli templomban.

A Tollániak felajánlanak egy fejlett fegyvertechonlógiát, egy Tolláni nyomozás miatt.

A CSK-1 felfedez egy új világot, amely potenciális szövetséges lehet a Goa'uldok ellen. Az egyik lehetséges anyabolygója az idegeneknek megegyezik a 2010-ből kapott üzenetben írttal. A CSK-1 kutatásba kezd...

Cartert elrabolja egy beteg férfi, aki egy Goa'uld lárva gyógyító tulajdonságait akarja felhasználni arra, hogy megszabaduljon betegségétől.

Martin Lloyd, a 4. évadból ismert fura figura megint gailbát okoz - ezúttal producerként tűnik fel, és csinál egy Wormhole X-treme nevű sorozatot a csillagkapuról... (100. epizód)

O'Neill kadétokkal edz egy titkos bázison, amikor úgy tűnik, idegenek szállták meg a parancsnokságot, s az ezredes csak a kadétokra támaszkodhat a helyzet megoldásában.

Meghibásodik a csillagkapu, miközben Teal'c még a féregjáratban van. A CSK-1 kénytelen az oroszok és néhány ellenség segítségét kérni.

A Tok'ra és a Goa'uld háború egyre erősödik, s a Tok'ra a CSK-1 segítségét kéri. Daniel Jackson részt vesz a rendszerurak titkos találkozóján. A Goa'uldok megszállják a Tok'rák titkos bolygóját.

Dr. Jackson titkos akcióját a Goa'uldok ellen megzavarja egy meglepetés vendég érkezése. A csapat többi tagja a Tok'ra bolygót teljes Goa'uld megszállás alatt találja.

A Goa'uldoknál sokkal komolyabb fenyegetés közeledik: egy aszteroida pontosan a Föld felé tart. De az aszteroida még titkokat rejteget magában.

Egy karizmatikus Jaffa lázadó Jaffáival szövetséget keres a Földdel és követőivel, maga mellé állítva Teal'cet és Bra'tacot is.

A CSK-1 egy fiatal lányt talál, aki képes készíteni és irányítani replikátorokat, s aki talán segíthet megoldani az asgardok gondját.

A CSK-1 kénytelen két elítélt katonához fordulni, hogy megmentsenek egy világot a Goa'uldoktól.

Egy idegen civilizáció olyan fegyvert épít, amivel egy csapásra kiírthatja saját magát.

Az asgardok a CSK-1 segítségét kérik, amikor a Goa'uldok megtámadják egyik legfontosabb laboratóriumukat.