A Pegazus-replikátorok pusztító támadása után Atlantisz ismeretlen űrben reked 24 órára elegendő levegővel, így az expedíciónak valahogy meg kell javítania a város hiperhajtóművét. Dr. Weir életét egy súlyos sérülés fenyegeti.
Sheppard alezredes és csapata ZPM-et akarnak szerezni a Replikátoroktól, hogy megmenthessék Atlantiszt, miközben Sam Carter ezredes és az Apollo hajó az idővel versenyezve kutatnak a város után.
Rononnak el kell döntenie, hogy kik a barátai, mikor találkozik anyabolygójának túlélőivel, akik rá akarják venni, hogy csatlakozzon hozzájuk és hagyja ott a földi expedíciót.
Egy idegen világon Sheppard alezredes csapata belebotlik egy kristály-létformába, amely azonban behatol az elméjükbe és Sheppard alakját felvéve álmaikban terrorizálni kezdi őket. Az expedíciónak meg kell állítania a lényt.
Az egyik felderítésen Sheppard alezredest fogságba ejti egy magukat Utazóknak nevező faj, akik évszázadok óta csillaghajókon élve járják a galaxist Ős technológiák után kutatva, hogy később elpusztíthassák a lidérceket.
Egy vírus Teyla és Ronon kivételével mindenkinél amnéziát okoz Atlantiszon, ezért az expedíciónak meg kell találnia a gyógymódot, ha nem akarják örökre elveszteni az emlékeiket.
Miközben egy lidérc felkeresi az expedíciót, Carter ezredesnek el kell döntenie, hogy hallgat-e egy olyan jós látomásaira, aki szerint Atlantisz mindenképpen pusztulásra van ítélve.
McKay húgát a Földön túszul ejti egy Henry Wallace nevű tudós, aki halálosan beteg lányát atlantiszi nanotechnológiával szeretné meggyógyítani. Sheppard és Ronon a Földre utaznak, hogy megmentsék a tudósokat.
Egy rejtélyes, idegen tárgy csapódik Atlantiszba, és az expedíció egy idő után attól tart, hogy a Replikátorok rájöttek hol van a város, és a becsapódott szondán keresztül elkezdték megfertőzni őket.
Az expedíció felkeresi a hanyatló lidérc anyaflottát, hogy a segítségüket kérjék a replikátorok elleni közelgő háborúhoz, akik támadásaikkal már az egész galaxis népességét fenyegetik.
A csapat felkeres egy elhagyott lidérc kaptárhajót, amelynek adatbázisából kiderül, hogy létezik egy lidércek által szentnek tekintett hely, amely nagyban hozzájárult az Ősök feletti győzelmükhöz.
Sheppard alezredesnek újra szembesülnie kell Atlantisz előtti életével, mikor őt és Ronont a Földre küldik, hogy megtaláljanak egy emberformájú Replikátort, aki megszökött az IOA egyik laborjából.
Egy küldetés során Dr. McKay, Carter ezredes és Dr. Keller csapdába esnek egy föld alatti kamrában, amelyből láthatóan nincs kiút, és nekik sincsenek meg a megfelelő eszközeik a menekülésre.
Miközben Teal'c látogatást tesz Atlantiszon, a lidércek elfoglalják a Midway Állomást, hogy az Intergalaktikus Kapuhídon keresztül eljussanak a Földre. Teal'c-nek és Rononnak ezt meg kell akadályoznia.
Egy nem természetes eredetű, új betegség söpör végig a galaxison, miközben Teylát látomások gyötrik, amelyekben gyermekének több hónapja elveszett apja próbálja felvenni vele a kapcsolatot.
Teyla megszállottan keresi a kiutat Michael börtönéből, akinek komoly tervei vannak a gyermekével és az athosziakkal kapcsolatban. Eközben az expedíciót sokkolja halottnak hitt barátjuk visszatérése.
Sheppard alezredes visszatér egy küldetésről, és azt látja, hogy Atlantiszt elhagyták, a számítógépes rendszerek halottak - és a várost az óceán helyett sivatag veszi körül, amíg a szem ellát.
Nagyon szeretem ezt a sorozatot, legínkább azért, mert az igazság győz. Sokan mondják, hogy ez "naív mese"! Szeretném hinni, hogy sokan vagyunk, akik hisznek abban, hogy a világ nem rossz, hanem jó, vagy kevésbé jó! Nem is lehet másképpen, ha abban is hiszü0nk, hogy a világot egyetlen erő, a SZERETET tartja össze. Köszönöm a feltöltést!
