A sorozat egy New York-i terrortámadás utáni nyomozást mutat be. A történet két idősíkon játszódik: a jelen - a Grand Central állomáson történt terroristatámadás - és a múlt - egy 20 hetes kiképzés a Quanticóban található FBI Akadémián - közötti váltások során ismerjük meg hét FBI újonc életét. A fiatalok teljesítőképességük határára kerülnek, miközben egyre többen morzsolódnak le közülük, egészen addig, amíg csak a legjobb jelöltek maradnak. Alex Parrish - akit nem hagynak nyugodni az elhunyt édesapjával és rejtélyes ügynöki karrierjével kapcsolatos kérdések ? csatlakozik az FBI-hoz, hogy válaszokat kapjon. Társai között találjuk Ryan Booth-t (egykori katona), Shelby Wyattet (egy elárvult úri kisasszony), Eric Packert (egy zűrös múltú mormon hívő), Simon Ashert (az első nyilvánosan homoszexuális újonc), Nimah Amint (egy hithű muzulmán, aki kettős életet él) és Caleb Haast (aki számára az FBI egy családi vállalkozás). Kiképző tisztjeik - Miranda Shaw és Liam O'Connor - nagy tapasztalatra tettek szert az akadémián, de viszonyuk nem súrlódásmentes sem a hivatallal, sem pedig egymással. Amikor Alex Parrish megtudja, hogy őt vádolják egy terrorista támadás elkövetésével, menekülnie kell, s megpróbálja még azelőtt kideríteni, hogy melyik egykori évfolyamtársa az igazi terrorista, hogy az újból lecsapna.

Újoncok egy vegyes csapata kiképzésre érkezik az FBI quanticói bázisára. Ők a legjobbak és a legokosabbak, így teljesen valószínűtlennek tűnik, hogy a gyanú árnyéka vetülhet bármelyikükre amiatt, hogy ő a szellemi atyja a szeptember 11-i New York-i tragédia óta tervezett legkomolyabb támadásnak.

Alex továbbra is menekül, és túl kell járnia Liam és csapata eszén, ha be akar jutni a lakásába, hogy találjon valamit, ami segíthet tisztázni a nevét. Mindeközben a quanticói kiképzésre való kitekintés során a leendő ügynökök azt a feladatot kapják, hogy megtaláljanak egy tűt a szénakazalban, miközben nemzetbiztonsági szempontból potenciális fenyegetések után kutatnak.

Quanticóban Alex végül információt kap apjáról és az ő FBI-os múltjáról, de végül édesanyja, Sita fog kulcsszerepet játszani az ügyben, amikor Liam meggyőzi őt, hogy vegyen részt a közszolgálati televízióban tartott sajtókonferencián, ahol könyörög Alexnek, hogy adja fel magát.

Quanticóban az újoncok azt a feladatot kapják, hogy túszmentési gyakorlaton vegyenek részt. Ez olyan megrázó élmény Alex számára, ami miatt kétségbe vonja saját képességeit, valamint elgondolkozik azon, hogy otthagyja Quanticot. Eközben a jövőben Alex tovább folytatja a nyomozást, s talál egy nyomot, ami megkérdőjelezi legközelebbi évfolyamtársainak az ártatlanságát. De tényleg az ez a nyom, aminek gondolja? Senki sem az, akinek látszik.

Az újoncok első alkalommal hagyják el a kiképzőtábor területét, és részt vesznek első titkos megbízatásukon. Az este tele van megjósolhatatlan eseményekkel, Alex és Ryan pedig egyre közelebb kerül egymáshoz, miközben a leendő nyomozók komoly próbatétel előtt állnak. A jövőben Alex úgy dönt, hogy egy nyilvános interjú során elmondja a saját történetét, és ezzel eléri, hogy a nézők elgondolkoznak azon, hogy ki mond igazat.

Az újoncok megfigyelési gyakorlaton vannak: Miranda és zaklatott fia, Charlie a célpont. Shelby megpróbálja távol tartani Calebet, ugyanakkor Raina elkezd közeledni Simonhoz. A jövőben Alex segítséget kap, amikor megpróbál betörni az FBI egyik számítógépébe.

Félévi vizsga gyanánt a leendő ügynökök olyan feladatot kapnak Quanticóban, ami miatt néhányan végleg leszerelnek. A jövőben Alex továbbra is próbálja tisztázni a nevét, és rájön, hogy Nimah és Raina több kérdést vet fel, mint amennyit megválaszol. Mindezek után Alexnek már fogalma sincs, hogy kiben is bízhat valójában.

A jövőben feltörik az FBI egyik számítógépét, és titkos anyagok kerülnek ki. Ebből Alex azt a következtetést vonja le, hogy egy második bombát is elhelyeztek valahol New York városában. Quanticóban az újoncok új feladatot kapnak, aminek során rájönnek, hogy egy nagy kirakójáték részei.

Miután Alex feladja magát az FBI-nál, erőszakos kihallgatás során próbálják vallomásra bírni arról, hogy ki volt az, aki felrobbantotta a Grand Central pályaudvart. Új bizonyítékokat is találnak, amelyek tisztázhatják Alexet. Eközben Quanticoban a csapat sorozatgyilkosok után nyomoz.

Quanticóban egy sürgős fegyelmi tárgyalás során sötét titkok kerülnek napvilágra, miközben a jövőben Alex csapata titkos nyomozást folytat annak érdekében, hogy megtalálják az igazi robbantót, mielőtt kifutnának az időből.

Quanticóban a leendő ügynökök kimenőt kapnak a szilveszteri hosszú hétvégére. Alex, Natalie, Shelby és Nimah családi problémák elől menekülve a hétvégét ivással és felderítetlen esetek átvizsgálásával töltik. Nimah megpróbál őszintén beszélni Mirandával fia radikalizálódásával kapcsolatosan, de vegyes eredményre jut. A jelenben Alex, Nimah és Natalie a csúnyán összevert Eliastól értesül Simon elrablásáról, akit végül abban a hotelben találnak meg egy kezéhez erősített detonátorral, ahol a demokrata küldöttek szálltak meg.

Alex a robbantásokkal kapcsolatos kongresszusi meghallgatásra megy. Eközben újoncok egy új csapata csatlakozik Alexhez és a többi ügynökjelölthöz Quanticóban.

Ezen a héten a leendő ügynökök azt tanulják meg, hogy miként szerezzenek bizalmas információt az informátoraiktól, de amikor próbára teszik készségeiket a való világban, hamarosan rájönnek, hogy ügynöknek lenni nem is olyan könnyű, mint amilyennek hitték. Eközben a jövőben Alex és ügynöktársa élet-halál helyzetben találja magát, amikor arra kényszerítik őket, hogy olyan titkos információt áruljanak el, amelynek halálos következményei lehetnek.

Quanticóban a leendő ügynökök összefognak a defenzív vezetői oktatás során, eközben pedig a Liam és Drew között kialakult feszültséga tetőfokára hág, és megdöbbentő beismerésekkel és következményekkel jár. A jövőben Simon az új élethelyzetével küzd. Habár barátai megpróbálnak segíteni neki, kétséges, hogy valaha is a régi lesz-e.

Egy terrorista sejt megpróbál beszivárogni Quanticoba, arra kényszerítve Mirandát és Liamet, hogy halálos árat fizessenek érte. Miközben a jövőben Alex továbbra is utasításokat kap a terroristától - de ezúttal Claire Haas élete forog kockán.

Quanticóban a leendő ügynökök olyan feladatot kapnak a kiképzésük során, amely túlságosan érzékenyen érinti Shelbyt. Eközben Alex a jövőben meglepetésre Hannah-val köt szövetséget, aki megpróbálja megállítani a terroristát abban, hogy ismét lecsapjon.

Quanticóban a leendő ügynökök aktuális feladata az, hogy az emberkereskedelemről tanuljanak. Ennek során Liam és Miranda arra veszi rá őket, hogy útlevél nélkül lépjék át az amerikai-kanadai határt. Eközben a jövőben Simon továbbra is segít Alexnek megtalálni a terroristát, de ennek során saját életét is kockáztatnia kell.

Quanticoban Alex, Shelby és Iris meglepő igazságokat tud meg Drewról, Willről és Calebről a rajtuk lefolytatott magas szintű biztonsági átvilágítás során. Eközben a jövőben Alex kapcsolatba lép Claire Hass-szel, és megpróbálja megtalálni eltűnt barátait.

A Quanticóban tartott Nyílt Napon a leendő ügynökök megismerkednek az FBI különböző ágazatainak képviselőivel. Eközben a jövőben Alex a terrorista utáni kutatása közben kapcsolatba kerül néhány ismerős arccal, köztük egy olyannal is, aki ismeri a terrorista végső célját.

Alex és Ryan egy közös ügyön dolgozik, miközben a leendő ügynököket különböző helyi kirendeltségekre küldik. Shelby és Caleb kapcsolata megváltozik, Alex pedig új információkat tud meg a férfiról, akibe szerelmes.

A leendő ügynökök izgatottan várják a közelgő diplomaosztó ünnepséget, és nagyban készülnek arra, hogy Quantico után végre kiléphessenek a valódi világba, ahol új megbízatások várnak rájuk. A jövőben Alex megtudja, hogy valaki, akivel sokat törődött Quanticóban, nem az, akinek eddig látszott. Ennek során egy újabb lehetséges támadás közepén találja magát.

A leendő ügynökök épp a diplomaosztó ünnepségükön vesznek részt Quanticóban, miközben a jövőben Alex és csapata szemtől-szembe találja magát egy terroristával.