A leendő ügynökök izgatottan várják a közelgő diplomaosztó ünnepséget, és nagyban készülnek arra, hogy Quantico után végre kiléphessenek a valódi világba, ahol új megbízatások várnak rájuk. A jövőben Alex megtudja, hogy valaki, akivel sokat törődött Quanticóban, nem az, akinek eddig látszott. Ennek során egy újabb lehetséges támadás közepén találja magát.

A leendő ügynökök épp a diplomaosztó ünnepségükön vesznek részt Quanticóban, miközben a jövőben Alex és csapata szemtől-szembe találja magát egy terroristával.

Az első évad hullámvasutas esete után - amelyben az amerikai hős, Alex Perish tisztázta a nevét, milliók életét mentette meg, és rájött, hogy minden szálat az az ember mozgat, aki őket képezte ki Quanticóban - Alex megdöbbentő jutalomban részesül; kirúgják az FBI-tól.

Újból lehetőséget kap azonban, hogy ismét szolgálatot tegyen hazájának: az Egyesült Államok legfelsőbb szintű hírszerző szervezetének titkos keretei között, azaz a CIA-nál. A második évadban Alex a "Farmon" találja magát, azaz a CIA titkos kiképző központjában. Amint Alex a kémkedés sötét világának rejtett útját járja, amely sokkal másabb és veszélyesebb, mint amit korábban gondolt, egy halálos összeesküvés közepébe csöppen, amely nem csak az amerikai állampolgárok, de a világon sok más ember életét is veszélybe sodorja. Az összeesküvés árnyékot vet mindenkire a környezetében, akár új CIA tagról, akár régi motorosról van szó. Készüljön fel egy újabb izgalmas, lélegzetelállító és meglepetések egész garmadáját felvonultató kalandra!

Miután Alex bekerült a "Farmra" rájön, hogy az FBI és a CIA Ryan-t is felbérelte annak érdekében, hogy kémkedjen a táborban. Alex legelső feladata során hősként akar tündökölni, de az akció visszafelé sül el a CIA világában: abban a világban, ahol mindig a küldetés az első.

A leendő CIA ügynökök megfigyelés-elhárítási gyakorlaton vesznek részt a Farmon, miközben Alex és Ryan új kapcsolatukat próbálják megrendezni. A jövőben Ryan és Raina megkísérli megakadályozni a terroristák tervét, akik megpróbálnak elvegyülni a túszok között. Eközben kiderül, hogy a bizalom halálos fegyvernek bizonyul, és nem mindenki az, akinek látszik.

A CIA tanoncok folytatják kiképzésüket a Farmon, miközben Alex a jövőben inkognitóban beépül abba a terrorista csoportba, amely mindenkit túszul ejt. Itt teszi azt a megdöbbentő felfedezését, hogy ismerősök is vannak a csoporton belül.

A kiképzésben résztvevő újoncok olyan gyakorlat előtt állnak, amely a stressztűrő képességüket teszi próbára. Eközben Alex megpróbál információt gyűjteni, és közel kerülni Owenhez. A jövőben a terrorista szervezet üzletet ajánl: egy olyan lépést, amely  akár véget is vethet a patthelyzetnek.

A Farmon Harry továbbra is gyanakszik Alexre és Ryanre, és eltökélt abban, hogy többet tudjon meg a tervükből. Eközben Owen egy speciális küldetéssel bízza meg Leont. Eközben a jövőben: Alex továbbra is a terroristák elől menekül, de az eddigi legnagyobb kihívással néz szembe, amikor a terroristák bekerítik.

Az újoncok a Farmon a következő feladattal néznek szembe: egy olyan dróncsapásról kell dönteniük, amely felszínre hozza Alex emlékeit Simon áldozatáról. Eközben Shelby és Leon kapcsolata újabb szintre jut, Nimah pedig azt tanácsolja Alexnek és Ryannek, hogy ne bízzanak Harryban. A jövőben: Alex nem tudja, hogy bízhat-e Lydiában, ez pedig feszültséget szül kettejük között.

A Farmon Owen a kihallgatási technikákról oktatja az újoncokat, és meglepi a hallgatókat azzal, hogy ő ül a kihallgatói székbe. Eközben Shelby álcázott küldetésre megy. A jövőben: új elnököt iktatnak be, Miranda pedig nehéz döntést hoz.

A Farmon Lydia és Owen a kapcsolatok megszakításának a fontosságáról tanítja a csoportot. Tökéletes az időzítés Alex számára, mivel személyesen és szakmailag is eltávolodott Ryantől. A jövőben: Alex és társai megpróbálják megsemmisíteni a biológiai fegyvert.

Az újoncok a csábítás iskolájába iratkoznak be, amelyben Alex tökéletes lehetőséget lát ahhoz, hogy közelebb kerüljön Owenhez, de nem fogja ez veszélyeztetni Ryannel való kapcsolatát? A jövőben: kik a terroristák, és mi a tervük.

A Farmon Owen leckét ad az újoncoknak az árulás szükségességéről: egy küldetésen rá kell vennie a venezuelai konzult, Gabriel Carrerat, hogy árulja el országát. A jövőben: Alex kénytelen összeállítani Mirandával annak érdekében, hogy megmentsék a túszokat, miközben Claire Haas elnök tervet sző, hogy a vészhelyzet egyszer s mindenkorra véget érjen.

Alex megpróbálja meggyőzni Owent a közöttük lévő árulókról. Az újoncok azt a feladatot kapják, hogy hozzanak ki egy vagyontárgyat Németországból - de a céljuk halálos ítéletet jelent. A jövőben: a terroristák új módszert találnak arra, hogy információt szerezzenek a túszoktól.

A Farmon az újoncok egy olyan küldetés során törnek be az NSA-hoz, amelyben törölniük kell a róluk szóló összes információt, de a zsivány CIA-s csapatnak más tervei vannak. A jövőben: a túszok földalatti folyosókon keresztül szökést terveznek annak érdekében, hogy a terroristák felfedjék magukat.

Az újoncok megtanulják, hogy miként égessenek fel mindent maguk mögött, ha kiderül a kilétük. Eközben az FBI egy rejtélyes halál miatt nyomoz a Farmon. A jövőben: Alex ismét a veszélyzónába készül, és felfedezi az igazi áruló kilétét a CIA-n belül.

A G20-as túszdráma derekán, Claire Haas elnök egy illegális és titkos csapatot verbuvál, amelyben Alex és barátai az FBI-tól és a CIA-től egy globális összeesküvést lepleznek le.

Miközben az újonnan kinevezett vezetőjük a CIA-s csapattal és az FBI ügynökökkel ismerkedik, Owen az álhírek különös világában kezd nyomozni. De az álhírek kiadójának a levadászása halálos következményekkel járhat.

Amikor Clayt arra kényszerítik, hogy menyasszonyát használja fel egy küldetés végrehajtásához, az egész csapat átértékeli személyes kapcsolatait, illetve, hogy pontosabbak legyünk, azok hiányát. Eközben Alex váratlan kapcsolatot alakít ki egy vagyontárggyal az összeesküvés közepén, Harry pedig nehezen találja a helyét a csapatban.

Amikor Alex egyik barátját terrorista cselekménnyel vádolják, hozzá fordul segítségért. Mivel a képviselőházban hamarosan a muszlimok listázásáról szóló törvényt tárgyalják, a csapat rájön, hogy ez a támadás egyáltalán nem volt véletlen. A kollaboránsok félelmet keltve próbálják elfogadtatni a listázásról szóló törvényt. Eközben Alex és Owen egy orgyilkos nyomára bukkan.

Az elkeseredett Clay találkozik az elnökkel, és a csapat jövőjéről tárgyalnak, de közbeszól bátyja megérkezése. Eközben Alex vezetésével megpróbálják felfedni a kollaboránsok tervét az elnök jó hírnevének a tönkretételére vonatkozóan. Alex megtanítja Owennek, hogy bízzon az ösztöneiben.