Penny Parker egy öreg házat örökölt, amelyben gyanítja, hogy kísértetek vannak. Mac és Penny gyanítják, hogy Betty, aki 25 éve nyomtalanul eltűnt, ott a kertben van eltemetve. Valószínűleg a seriff, akivel kapcsolata volt és akitől gyereket várt, tette el láb alól...

MacGyver visszatér szülővárosába, Minnesotába, hogy régi barátaival, Neillel és Chuckkal egy tragikus évforduló alkalmából találkozzon. 25 éve volt, hogy negyedik barátjuk egy pisztollyal való játék következtében meghalt. A múlt emlékei rádöbbentik MacGyvert, hogy az élet tragikusan ismétli önmagát, és Neil és Chuck fiaival is hasonló játszódik le.

Egy autóbaleset után MacGyver egy szigorú vallási közösségbe kerül, ahol odaadóan gondozzák. Ekkor tudja meg, hogy a közösségnek hamarosan el kell hagynia ősi földjét, mert ott autópályát terveznek építeni. Amikor a bulldózerek megjelennek, Christie, a főmérnök kislánya egy nyitott bányagödörbe zuhan...

Pete Thornton Közép-Amerikában fogságba esett, mikor tudomást szerzett egy tervezett merényletről. MacGyver Jack társaságában fegyverkereskedőnek adja ki magát és a helyszínre repül. Sikerül is Pete közelébe férkőznie...

A Phoenix Alapítvány újfajta, autókban használható műanyagját kell verseny közben tesztelni. Az autó sofőrje, Jeff Stone azonban edzés közben gyanús körülmények között balesetet szenved. A kísérlet elvégzésére ezért MacGyvert kérik fel.

Egy rutin erőnléti gyakorlat közben az erdőben Pete Thornton és MacGyver egy repülőre bukkan. A közelben bujkáló drogcsempészek igyekeznek minden eszközzel megakadályozni a munkájukat.

Egy zárt pszichiátriai osztályról megszökött Eric Cross, aki több nőt is megölt. A rendőrség egy speciális csapatot szervez, melynek MacGyver is a tagja lesz. Murphy hadnaggyal kell együtt dolgoznia, aki nagyon ellenségesen viselkedik vele. A pszichiátriai intézetben MacGyver találkozik Dr. Zitóval, egy pszichopata génkutatóval, akinek szintén több gyilkosság van már a számláján...

MacGyver barátja, Jack Dalton 37 év után megtalálja az anyját, Francine-t. Ő közben Arthur Bandellel piszkos pénzügyi dolgokba keveredett, aminek következtében Jack maga is veszélybe kerül. Mivel Francine egy olyan diszket birtokol, ami a bíróságon perdöntő lehet, Bandel villámgyorsan elrabolja a frissen megtalált fiát...

MacGyver kedves ismerősét, Penny Parkert Jacques Leroux szerződtette egy rock-musical főszerepére. Amikor MacGyver egy próbán meglátogatja Pennyt, egy díszlet majdnem agyoncsapja. A színházban ezek kívül is különös dolgok történnek. Kiderül, hogy a titokzatos Leroux nem más, mint MacGyver halálos ellensége, Murdoc.

Dave Edwardst, a Phoenix Alapítvány komputermérnökét vélhetően a KGB ügynökei elteszik láb alól. Egy szigorúan titkos szatellit megépítéséhez azonban szükség van négy különböző cég termékeire. Hármat már megszereztek, Edwards azonban nem volt hajlandó a Phoenix-anyagokat átadni nekik. MacGyver kézbe veszi az ügyet és az igen meglepő fordulatot vesz...

MacGyver munkatársnője Mary Ruth a válása után megkapta a kilencéves fia, Tommy nevelési jogát. Richard, a férj azonban nem tud ebbe beletörődni, és elrabolja a gyereket. Amikor MacGyver a látszólag egyszerű ügybe bekapcsolódik, nem is gondol arra, hogy a szálak egészen egy maffiacsaládig húzódnak...

MacGyver alkalmanként részt vesz a Challengers Club munkájában, amelyet Booker és Cynthia Wilson vezetnek és amelynek célja a kallódó fiatalok drogtól és bűnözéstől való megvédése. Egy ilyen fiú köztük Ray, aki nehézségekbe keveredik, amelyek a klubot is veszélybe sodorhatják. MacGyvernek meg kell győznie Rayt, hogy mondja el neki a teljes igazságot...

Egy kongresszus alkalmával megismerkedik MacGyver a még kiskorú prostituálttal Jennyvel, és elhatározza, hogy segít rajta. Elviszi a Challenger Klubba, ahonnan azonban megszökik és még MacGyver pénzét is magával viszi. MacGyver azonban nem adja fel Jenny keresését...

Negyvenöt éve egy repülő zuhant le a hegyekben mintegy 100 millió dollár értékű arannyal a fedélzetén. Egy orosz-amerikai expedíciónak kell az aranyat megtalálnia. A résztvevők között van West parancsnok, aki a baleset túlélője volt. MacGyver meg van győződve róla, hogy a korabeli balesetet szabotázs idézte elő...

MacGyver elvállalja a Phoenix Alapítvány támogatásával szervezett túlélő-edzőprogram levezetését az új munkatársak részére. Az önmagában is veszélyes feladatot csak nehezíti, hogy a közelben bújkál egy börtönből szökött gyilkos. Gyanítható, hogy beállt a kis csapatba. És vajon egy gyilkos van köztük vagy esetleg több is?

Szigorú biztonsági intézkedéseket hoztak egy afrikai ország elnökének látogatása előtt. De valami nem stimmel: Pete Thorntont és Jack Daltont nyilvánvalóan agymosásnak vetették alá, hogy egy megadott jelszóra megindulhassanak és megöljék az elnököt. Csakhogy nem számolnak MacGyver elszántságával, aki megpróbálja egy pszichológusnő segítségével a szerencsétlenséget.

MacGyvert és Pete-et útközben fegyveres terroristák kapják el és bezárják őket egy pincébe. A terroristák egy szigorúan titkos katonai eszközt kaparintanak meg, amellyel egy egész város elektromos kapcsolatát és adatátvitelét lehet megbénítani. Ezzel a veszélyes fenyegetéssel akarják elérni társuk kiszabadítását. Természetesen Macnek és Pete-nek sikerül kiszabadulnia...

Steve Morrisont a súlyos fejsérülése után leszerelték a hadseregtől, és ezért bosszút akar állni. Néhány alvilági ember megbízásából ellop egy nagyon veszélyes baktériumokkal teli ampullát. MacGyver megpróbálja meghiúsítani a tervet és elkapni a háttérben álló gengsztereket...

MacGyver barátait, Pete Thorntont majd később Jack Daltont horgászás közben elrabolja egy ismeretlen maszkos alak. Miközben MacGyver a barátai keresésére indul, régi emlékekből próbálja kitalálni, ki lehetett a tettes. Az elszánt bosszúálló személye azonban még őt is meglepi...