MacGyver a Phoenix Alapítvány részére készít egy projektet az ifjúkori bűnözés és kriminalitás visszaszorítására, és a fiatalok céltudatos életre nevelésére. Ezzel azonban bizonyos emberek érdekeit sérti, akik az akciót mindenáron meg akarják akadályozni.

MacGyver Pete-tel a Ceucescu-diktatúra ellenállóinak támogatására Romániába utazik. Egy rajtaütés után MacGyver egy diktátorhű katona túsza lesz, aki magával viszi őt menekülése során. Ekkor MacGyvernek minden lelkierejére szüksége van, hogy a fiatalembert önmagától megmentse.

Breeze, a Phoenix Alapítvány által támogatott ifjúsági klub tagja véletlenül tanúja lesz egy lövöldözésnek, ahol egy rendőrt lőnek le. Mivel a fiút vádolják a tett elkövetésével, MacGyvernek meg kell találnia a gyilkos fegyvert, hogy Breeze ártatlanságát bebizonyítsa. A fegyvernek azonban tragikus története van...

Lisa Woodman, MacGyver kis barátnője rossz társaságba keveredett. A lányt elhanyagolják a szülei és így csapódott Brett bandájához, akik az alkoholra is rászoktatták. Amikor azonban az egyik rablás félresikerül, Brett elhatározza, hogy félreállítja Lisát, nehogy az mindent kifecseghessen...

A berlini fal leomlása után MacGyvert egy régi ismerőse arra kéri, hogy kutassa fel az NDK-ban rekedt unokáját, Mariát. Amikor Romburg 15 évvel ezelőtt a falon túlról megszökött a fiát lelőtték és a 8 éves kislányt elhurcolták. Csakhogy az öregnek nemcsak a családi tragédiájával kell szembenézni, hanem nagyon valós Stazi-ügynökökkel is, akik egy kimenekített kincset keresnek nála.

Egy bírósági megjelenés alkalmával megszökik a veszélyes sorozatgyilkos, Zito. MacGyvernek a csavaros elméjű Zito gondolatai között kell olvasnia, hogy a csapdáit elkerülje és a tényleges áldozatot, a pszichiáternőt megmentse az őrült ember mesterkedéseitől.

MacGyver szomorú kötelességének tesz eleget, amikor nagyapjának, Harrynak halála után a végrendeletét kívánja végrehajtani. Azonban az örökség nem várt bonyodalmakat okoz...

MacGyver barátnője Maria átgondolja a kapcsolatát a férfival és rájön, hogy szeretné szorosabbra fűzni a szálakat a férfival. MacGyver azonban kitér a téma elől és visszavonul a szobájába és egy vadnyugati álomvilágba menekül. A hölgyek azonban ott is gondot okoznak neki....

MacGyver autóval elakad egy tüntetés kellős közepében, ahol a bortermelők és a vendégmunkások csapnak össze. A szálak a vegyi üzemig nyúlnak, ahol piszkos üzelmekre jönnek ár a munkások. MacGyvernek ott kell maradnia, hogy felgöngyölje, kik okozták az egyik munkásvezető halálát.

MacGyver egy különös jelenségre lesz figyelmes: egy repülő csészealj landol egy pusztán. A környékbeliek hisznek a jelenségben és ezt kihasználva szélhámosok próbálnak hasznot húzni az emberek hiszékenységéből. Néha már MacGyver sem érti, mi zajlik körülötte, emberi vagy földönkívüli kéz műve-e, amit lát...

Colton mama észreveszi, hogy a fia baseballkártya-gyűjteményét ellopták. A tolvaj, egy kisfiú, elvezeti MacGyvert egy kereskedőhöz, aki hamis kártyák terjesztésével foglalkozik. MacGyver úgy látja, hogy a bandát csak Dexter húzhatja csőbe...

Egy nemzetközi sportrendezvény kapcsán MacGyver találkozik egy régi barátnőjével, Ellennel. A rendezvény egyik résztvevője az orosz jéghokis Nikolai, aki MacGyvernél kap szállást. MacGyver igyekszik megvédeni az oroszt az ellenséges ármányoktól, közben ő maga sétál be az Ellen által épített csapdába és első számú gyanúsítottjává válik egy gyilkosságnak, amit az ő arcával követtek el...

MacGyver felkeresi egy barátját, aki egy környezetvédelmi vizsgálatot végez egy nagyberuházás kapcsán. Ezek a vizsgálatok azonban veszélyeztetik az építési vállalkozó Bartlett terveit...

MacGyver részt vesz egy régészeti expedícióban, ahol Nagy Sándor sírját kutatják. A kutatásokat a pénzsóvár Hakin és Nikolaus van Leer szabotálja, mert ők egy nagy és értékes zafír iránt mutatnak érdeklődést...

Egy bevetés során MacGyver találkozik Earl Denttel, egy hajdani bűnözővel, aki jó útra tért. A rockerbanda, amelyhez korábban tartozott, azonban nem akarja ezt tudomásul venni, és azon mesterkednek, hogy Dentre varrjanak egy kemény ügyet. MacGyver azonban résen van és igyekszik beépülni a bandába...

Jim atyát, MacGyver egyik barátját meggyilkolják. Mivel az atya a hajléktalanok segítésén tevékenykedett, MacGyver a tettest és a tanúkat is közöttük keresi. Hamarosan nyomra is bukkan, ám a koronatanú fiú nem beszél...

MacGyvernek és Pete-nek bemutatnak egy videófelvételt egy dél-amerikai diktátor elleni merényletről. Ezzel lehetővé válik, hogy Pete egy régi barátnője Samantha legyen az ország új vezetője. Azonban a volt diktátor emberei mindenáron meg akarják szerezni a bizonyítékot jelentő kazettát.

Egy vadállatvédelmi program keretében végzett munka során MacGyver egy orvvadász csapdájába lép és súlyosan megsebesül. Az idős Lacey-nővérek, Faith és Hope találnak rá és rábírják, hogy maradjon náluk kosztkvártélyra, míg rendbe nem jön. De az idős hölgyeknek jól is jön MacGyver jelenléte, amikor gátlástalan csempészek rajtuk keresik társuk elrejtett pénzét.

Murdoc, a profi bérgyilkos újra munkára jelentkezik a szervezeténél. Hogy bizonyítson újra, a régi, ősi ellenfelét, MacGyvert kell megölnie. Menekülése során MacGyver súlyosan megsebesül és elveszíti az emlékezetét. Csak a megmentője kisfia hiszi el, hogy nem azonos a rettegett gyilkos Murdoc-kal.

A dakota indiánok ügyvédje Larry Whitecloud nagyon kiábrándult az építési vállalat ígéreteiből. Egy alkalommal egy épület a levegőbe repül. MacGyver megkísérli elmagyarázni, hogy az erőszak nem oldja meg a problémákat...

MacGyver megtudja, hogy Pete kórházban fekszik, mert zöldhályog-műtétre vár. Meglátogatja barátját, és kiderül, hogy Pete úgy érzi, MacGyver-nek sosem volt igazán szüksége őrá. Felelevenítik barátságuk legizgalmasabb pillanatait...