Az NCIS a tengerészeti helyszínelők elit csapata, amely a haditengerészethez köthető bűncselekmények után nyomoz Leroy Jethro Gibbs, különleges ügynök vezetésével, aki valaha maga is a tengerészetnél szolgált.

Az Egyesült Államok elnöke a különgépére hívja meg ebédre az egyik új parancsnokot. A parancsnok azonban az ebéd után rosszul lesz és furcsa körülmények között meghal. Néhányan az elnök elleni merényletre gyanakodnak és az NCIS-t is beavatják a nyomozásba. Leroy Jethro Gibbs, az NCIS vezetője kénytelen bevonni egy titkos-ügynököt, Caitlin Todd-ot is. A lánynak pedig kissé furcsának tűnnek az NCIS eszközei.

Egy tengerésztiszt gyakorlat közben életét veszti - nem nyílik ki az ejtőernyője. Gibbs és társai nyomoznak az ügyben, és az újonnan az NCIS-hez csatlakozott Caitlin Todd is. Kiderül, hogy a tengerésznek volt ugyan tartalék-ernyője, ám ópiumidokat találtak a szervezetében, ráadásul az ejtőernyő köteleivel sem volt minden rendben.

Egy fiatalokból álló csapat az éjszaka közepén lövésekre lesz figyelmes a tengerparton, Virginia-ban, majd megjelenik egy üres motorcsónak is. Nem sokkal később egy halott tengerészt vet partra a víz. A jelek pedig arra utalnak, hogy a férfi minden bizonnyal illegális drogcsempészetbe keveredett.

Néhány fiatal búvárkodás közben a korallokat tanulmányozza, amikor találnak egy halott matrózt súlyokkal a lábán. Az a különös a dologban, hogy a matróz díszegyenruhát és díszkardot visel. Gibbs és csapata azon a hajón néznek körül először, ahol a fiatalember szolgált. Kiderül, hogy a matróz egy valóságos számítógépes zseni volt és szerepjátékkal is játszott.

Egy nemzeti park vadásza talál egy tartályt, amin a Tengerészet jele látható. A tartályban egy férfi elsorvadt holttestére bukkannak, s az NCIS feladata, hogy kiderítse a részleteket. Úgy tűnik, hogy a tartály - amit átalakították teherszállításra - egy vadászrepülőről származik. A férfi pedig egy hadnagy volt és ahogy egyre több részlet derül ki, egyre bonyolultabbá válik a helyzet.

Egy közlegény az eltávozáson kábítószert vesz be és önkívületi állapotban találnak rá. A legutóbbi drogtesztje azonban negatív volt és az NCIS komoly gond előtt áll: nem csak a drogot kell beazonosítaniuk, de az altiszt állítására - miszerint nem drogozott - is rá kell cáfolniuk. Az anyahajón az NCIS nyomozása közben újra rosszul lesz egy altiszt. A tünetek alapján a fiú rendszeres drogfogyasztó, de az utolsó tesztje neki is negatívnak bizonyult.

Egy raktár előtt egy véletlen folytán kiömlik egy tartály sav. A hordóból hirtelen egy holttest is kifordul, amelyet szinte lehetetlen azonosítani. Az NCIS számára nagyon kevés nyom áll a rendelkezésre, amin elindulhatnak. Kiderítik azonban, hogy nagy valószínűséggel azért tették felismerhetetlenné az áldozatot, mert valaki beférkőzött az egyik tengeralattjáró fedélzetén szolgáló tiszt helyére.

Egy tolmácsként dolgozó tengerész vezetés közben az életét veszti, az NCIS a boncoláskor komoly belső vérzést állapít meg nála. Majd találnak egy marék smaragdot a gyomrában, ami feltételezhetően a tengerész halálát okozhatta. Az NCIS Kubába utazik, hogy utánajárjon, miért és kinek a megbízásából csempészte be a smaragdokat a szerencsétlenül járt tengerész.

Jim Kidwell őrnagy temetése után valaki felhívja az özvegyet és azt állítja, hogy ő Jim és valójában nem is halt meg. A feleség pedig biztos benne, hogy a férje hangját hallotta. Amikor Gibbs elrendeli, hogy lehallgató-készüléket tegyenek az őrnagy telefonjára, kiderül, hogy már van rajta egy igen komoly berendezés. Az elhunyt aktáit zárolták, ráadásul egy álezredes is felbukkan az ügyben, aki hamis információkat közöl az NCIS embereivel. Világossá válik tehát, hogy valamelyik hivatalnak érdekében áll a nyomozás leállítása.

Egy szörnyű állapotban lévő nő kér segítséget éjszaka az országút mellett, akiről kiderül, hogy élve temették el, de sikerült kiszabadulnia a föld alól. Mivel amnéziában szenved és csak arra emlékszik, hogy egy hadihajó fedélzetén bomba van elrejtve, az NCIS emberei kapják az ügyet. Caitlin különös figyelmet szentel az elesett nőnek, bár minden jel arra utal, hogy a helyszínelők egy terroristával állnak szemben. Ám nem minden az, ami elsőre annak látszik.

A CIA egyik kémműholdját kezelő fiatalember a saját szórakozására használja fel a modern technikát. Miközben a tengerparton egy meztelenül napozó lányt néz műholdon keresztül, nem messze a lánytól történik egy gyilkosság is. A hajóhadnagyot leszúrták, az NCIS ezért nyomozást kezd az ügyben, de a CIA tagadja, hogy műholdfelvétellel rendelkezne a történtekről...

Egy hajléktalan egy levágott lábat talál egy kukában. A rajta lévő tetoválás miatt egyértelmű, hogy a láb tulajdonosa pedig nem más, mint egy tengerész. A bokában található kapocs alapján egy kórház segítségével hamar beazonosítják, hogy kié a végtag, ám a fiatalember hivatalosan már két éve halott...

Alvarez őrmestert lelövik, miközben éppen tengerészeket toboroz az erre fenntartott irodájában. Az NCIS-nek nehéz a feladata, hiszen a jelek arra utalnak, hogy csakis egy profi mesterlövész lehet az elkövető, aki nagyon messziről célzott. Majd Gibbs-ék találnak is egy fenyegető levelet az őrmester holmijai között, ráadásul a gyanúsított alibije is hamisnak bizonyul. Közben azonban újabb gyilkosság történik...

Az NCIS ezúttal is egy gyilkosság ügyében kezd nyomozást. Az áldozat egy sorhajóhadnagy, akit meztelenül megkötözve hagytak ott egy út mellett. A helyi serif hölgy, aki mindent megtesz, hogy randevúzhasson Gibbs-szel, összefüggést fedez fel egy másik közelben történt gyilkossággal. Úgy tűnik tehát, hogy sorozatgyilkosról van szó.

Néhány hete Irakban a Szaddam Husszein kétmillió dollárját szállító autó csapdába esett. A sofőrt holtan találták, a felelős beosztású tiszt pedig a pénzzel együtt eltűnt. Ryan ezredes azonban két napja álnéven tért vissza az Államokba, a washingtoni repülőtéren rögzítette őt az FBI kamerája. A Pentagon nem tud róla semmit, ezért kizárt, hogy titkos küldetésről lenne szó, s az FBI szerint maga az ezredes rendezte meg a támadást. Azonban felmerül a kérdés, hogy az igaz hazafiként ismert Ryan ezredes vajon miért tett ilyet? Gibbs-ék erre keresik a választ.

Gibbs ügynök és társai éppen azt vizsgálják, hogy hogyan kaphatott munkát az NCIS-nél - még ha "csak" a büfében is - egy Hámász terrorista, miközben Dr. Mallard-ot az éjszaka közepén hívják be egy fontos boncoláshoz. A holttest azonban nagyon is él, olyannyira, hogy a dokit és Gerald-dot túszul ejti a boncteremben. Nem sokkal később pedig - Abby fóbiája miatt - Kate is a kezei közé kerül. Morrow igazgató és Gibbs az FBI bevonásával próbálják megoldani az ügyet. Ám gyorsan kell cselekedniük, mielőtt bárkinek is komoly baja esne.

Chris Gordon altiszt holttestére furcsa körülmények között találnak rá: egy illegális buli alagsori mennyezetére felkötözve. Doki a helyszínre érkezve megállapítja, hogy a tisztet már a halála után öltözették fel, Gibbs pedig arra gyanakszik, hogy a férfit elütötték, hiszen a nyomok a parkolóba vezetnek. A boncolás később mindezt alátámasztja, tehát már csak a gyilkosság lehetséges okait kell számba venni. Az NCIS aztán a nyomozás közben Gordon altiszt szobájában 40 ezer dollár készpénzre bukkan.

Egy gyilkosság miatt elítélt altiszt, Jack D. Curtin kijátszva a profi biztonsági rendszert megszökik a börtönből és két civilre ráijeszt a saját házukban. Az NCIS rájön, hogy Jack, aki a felesége megölése miatt került rács mögé, a börtönben tovább folytatta a nyomozást és perdöntő bizonyítékokra bukkant. S minden jel arra utal, hogy szökésének oka: a valódi tettesen bosszút állni.

Egy irodaházban röviddel azután, hogy új riasztót szerelnek fel, több téves riasztás is történik. Az egyik ilyen alkalommal azonban egy brutális kegyetlenséggel meggyilkolt NCIS ügynökre találnak a liftben, akit Gibbs és társai is ismertek. Gibbs felelősnek érzi magát Christopher Pacci haláláért, mert néhány nappal korábban nem hallgatta meg a kollégáját, aki tanácsért fordult hozzá.

Az NCIS egy eltűnt tengerész-őrmester után nyomoz. Gibbs-ék általában nem szoktak ilyen ügyekbe beavatkozni, de a férfi képes arra, hogy élesítsen egy atomfegyvert. Arra gyorsan rájönnek, hogy a férfit egy bárból erőszakkal vitték el, majd az is kiderül, hogy az utóbbi években több bombaszakértő is eltűnt.

Brutális kegyetlenséggel meggyilkolt tengerésztisztre bukkannak egy erdőben. Kiderül, hogy az áldozat egy fegyverszakértő volt, akinek a halálát egy rakéta okozta. Gibbs-ék a helyi bázison kezdik a nyomozást, ahol minden jel arra utal, hogy a férfi illegális fegyverkereskedelemmel foglalkozott.

Gyakorlatozás közben egy hadnagy az életét veszti, amikor egy magas sziklafalról ereszkedik alá és a karabinere eltörik. Minden jel arra utal, hogy baleset történt, azonban Abby kideríti, hogy a törött karabiner darabjai nem azonos anyagból készültek. Valaki tehát direkt kicserélte az egyik alkatrészt.

Gibbs-t hosszú idő elteltével sem hagyja nyugodni egy régi, befejezetlen ügy. Még Todd ügynököt is újból kihallgatja és jellemrajzot kér tőle arról a bizonyos terroristáról, aki egykor betört az NCIS központba, túszul ejtette Kate-et, Dokit és Gerald-ot, majd meglőtte Gibbs-t. Abby és McGee is felajánlják a segítségüket, ugyanis McGee az FBI arcfelismerő szoftverét fejlesztette tovább, egy sokkal komolyabb programot megalkotva. Nem is sejtik, hogy eközben a férfi éppen arra készül, hogy Bush-t és Sharon-t foglyul ejtse.