Sheppard egyedül próbálja a Föld felé tartó lidérc kaptárokat megállítani, később a Daedalus és az Orion siet segítségére. Ezalatt Dr. Weirnek a Földön kell felelősséget vállalnia Atlantisz vezetése során hozott döntéseiért.

A város életét felforgatja egy Lucius Luvin nevű férfi, akit csodálnak az emberei és hamarosan az egész expedíciót megbolondítja.

A hihetetlen technológiai szinten álló Asura fajról kiderül, hogy hajdanán Atlantisz lakói voltak és egyáltalán nem békében váltak el az Ősöktől.

Dr. Weir egy súlyos veszteség okozta sokk után egy Washington melletti szanatóriumban ébred, ahol újra kell gondolnia az elmúlt két évét.

Sheppard fogságba esik és egy Genii vezető cellájában találja magát, ahol megismerkedik egy kaptárjától elszakadt különleges lidérc katonával.

Egy új tudományos felfedezés reményében Samantha Carter alezredes Atlantiszra viszi Dr. McKay húgát, aki évekkel ezelőtt feladta tudományos karrierjét, hogy családot alapíthasson.

Sheppard és társai egy másik Atlantisz csapat megmentésére indulnak, de emiatt ők is csapdába esnek. Nem sokkal ezután lidércek támadnak rájuk, akiknek a technológiája egyre nagyobb hatást gyakorol Sheppardék viselkedésére.

Az új McKay-Carter Intergalaktikus Kapuhíd kipróbálása közben a Daedalus felveszi a kapcsolatot egy Ős űrhajóval két galaxis között, amelynek legénysége újból birtokba veszi a várost és ezért az expedíció tagjainak vissza kell térnie a Földre.

A parancs ellenére Sheppardék visszamennek Atlantiszra, hogy az ott ragadt O'Neillt és Woolseyt kimenekíthessék.

Sokan szellemszerű alakokat kezdenek el látni, miközben néhány bálna megjelenik Atlantisz mellett. Bár a kapcsolat homályos, a bálnákat tanulmányozva McKay rájön, hogy egy szörnyű katasztrófa van készülőben.

Sheppardék újra találkoznak Lucius Luvinnal, aki egy ősi technológiát felhasználva megment egy falut, amelynek lakossága ezért hősként kezdi el ünnepelni. A hírek eljutnak Acastus Kolyához is, aki elhatározza, hogy végleg leszámol az alezredessel.

McKay egy Ős szerkezet hatása alá kerül, ami az életét veszélyezteti, ha nem tanul meg felemelkedni.

A csapat rádöbben, hogy egy atlantiszi számítógépes játékban szereplő két civiziláció a valóságban is létezik és nekik köszönhetően háborúra készülnek egymás ellen.

Egy idegen civilizáció módosított lidérc eszközben vészelte át az elmúlt évszázadokat, de a holdjukba rejtett űrbázisuk a pusztulás szélére kerül az atlantiszi felderítők megérkezése után.

Dr. Weir általános pihenőnapot rendel el az expedíció tagjainak, de minden hamarosan rémálommá változik, amikor a városban váratlanul felrobban egy bomba.

Az expedíció egy Õs épületre bukkan az Atlantiszt körülvevő óceán mélyén.

Sheppard csapatának ki kell derítenie, hogy mi történt a Taranis bolygó lakosságával, akikkel nemrég megszakadt a kapcsolatuk. A helyzetük bonyolódik, mikor egy föld alatti bázist találnak, ahol egy régi ellenségük szövögeti terveit.

Abe Ellis ezredes, az Apollo nevű új földi csatahajó kapitánya azt a parancsot kapja, hogy vezényeljen le egy támadást az emberformájú replikátorok ellen, akik a bolygójukon űrhajókat kezdtek el építeni, hogy elpusztítsák Atlantiszt és a Földet.