Miután a Teylát kereső csapat Michael bolygóján rekedt, Carter ezredes, Dr. Keller és Alicia Vega százados a megmentésükre indulnak, miközben Michael az űrből továbbra is figyeli az eseményeket.

Miután Teyla megszülte a gyermekét, az expedíció tagjainak figyelme új parancsnokuk felé fordul, akinek szokatlan vezetési módszerei enyhe elégedetlenséget szülnek Atlantiszon.

Ronont foglyul ejtik a lidércek, hogy megtérítsék őt a hívőjüknek, és Sheppard alezredesék csupán az áruló Tyre segítségére számíthatnak, ha meg akarják menteni barátjuk testét és lelkét.

Sheppard csapata megtalálja az űrben sodrodó, elhagyatott Daedalus-t. A hajónapló utolsó bejegyzése egy bizonyos "Sobol" ezredestől származik, akiről azonban korábban senki sem hallott.

McKay viselkedése drámaian megváltozik, amelynek valós hátteréről túl későn kezdenek el társai tanakodni.

Sheppard, Beckett, és Vega csapata egy bolygón megtalálják Michael egyik kísérleti laborját, ahol az Iratus bogarak és emberek keresztezését végezte.

A Todd nevű Lidérc le szeretne bonyolítani egy tárgyalást egy másik lidérc kaptárhajóval, ezért Teylát Lidérc királynővé alakítják.

Dr. Daniel Jackson Atlantiszra megy, hogy az Ősök közé tartozó Janus munkáit tanulmányozza.

Todd az elrabolt Apolló nevű hajóval Janus bázisa felé tart, ahol Jackson és McKay szokatlan vendéglátója készül végleg leszámolni a Lidércekkel. Sheppard és Zelenka az Utazók segítségével próbálják megmenteni barátaikat.

Az expedíció által áttelepített, Lidércekre immunis Balaran nevű nép túlélőknek új otthonukból is távozniuk kell, amikor azok ellenük fordulnak a Lidércek zsarolása után.

Michael a teremtényeivel megszállja Atlantiszt, hogy végre felhasználhassa Teyla gyermekét a kísérleteihez, azonban nem akar megállni a rablótámadásnál, ezért eldönti, hogy kiteljesíti bosszúját és felrobbantja a várost.

Miközben Sheppard-öt foglyul ejti egy régi ellensége és Woolsey összebarátkozik az expedíció egy új, rejtélyes tagjával, McKay és Zelenka felfedezik Atlantisz új bolygójának őslakóit, valamint, hogy mire van szükségük az életben maradáshoz.

A Földön Dr. McKay-t egyik tudós riválisa meghívja egy úttörő találmányának tesztelésére, és McKay úgy dönt, hogy Kellert viszi magával az estélyre. Végül azonban csak McKay tudása segíthet megelőzni egy totális katasztrófát.

Sheppard és Lorne csapata átvizsgálnak egy elhagyatott lidérc kaptárat, amely Atlantisz közelében bukkant elő a hipertérből. Miközben McKay és Keller próbálnak rájönni a kaptár titkára, kiderül, hogy a hajó nem is olyan élettelen, mint azt először hitték.

Egy Neeva nevű bűnöző egy Ős szerkezetet használ fel arra, hogy testet cserélhessen Dr. Kellerrel, így a tolvajnő Atlantiszon, Keller pedig az ő bűnöző társai mellett ébred, akiket üldöznek a helyi település lakói.

Sheppard nyomozó egy Lidérc utáni hajtóvadászatba kezd Las Vegasban.