A csapat visszafelé tart a Földrõl Atlantisz felé, amikor a hajójuk irányíthatatlanná kezd válni.

Az egyik kutatócsapat Ford nyomaira bukkan, akit egykori társai próbálnak megnyugtatni és hazahívni. Fogságba ejti őket azonban egy Ronan Dex nevű férfi, aki ugyanezen a bolygón rejtőzködött el.

Egy lidérc támadás után McKay nem teljesen önmaga, mert a testét meg kell osztania egy kollegájával. A furcsa viselkedése miatt bolondnak tartják.

Sheppardék egy vad civilizáció elől menekülve egy fejlett városba jutnak, amelyről kiderül, hogy politikai tárgyalásokat folytat a lidércekkel.

McKay megpróbál tökéletesíteni egy olyan Ős energiatermelő technológiát, mely hamarosan nem várt fordulatot vesz. Teyla és Ronan egy Belkan nevű kereskedőcsoportot látogat meg, ahol megtudják, hogy a férfi világának vannak túlélői és közöttük van egykori mestere is.

A csapat egy elzárt világ lakóinak kérésére lidérc utáni hajtóvadászatba kezd. Megdöbbenve veszik tudomásul, hogy egy fiatal lidérc lány együtt él egy apjának tartott emberrel, aki a speciális főzetének köszönhetően mesterségesen el tudja nyomni az éhséget. Dr. Beckett megpróbálja a kivonat titkát felfedni.

Ford egy különleges csoport vezetőjeként visszatér, hogy egy kaptárhajó elleni támadáshoz segítséget kérjen Atlantisztól.

Sheppard fogságba esik a lidérc hajóban, miután Ford terve nem úgy sül el, ahogy szerették volna.

Sheppard időtorzulás miatt közel egy évig magára marad egy olyan bolygón, amelynek lakói Ősök.

McKay a tenger mélyén találja magát egy Puddle Jumperben, ahol Sam Carter érkezik a segítségére.

Az egyik civilizáció egy fejlett Ős szerkezetnek köszönhetően sértetlenül vészelte át az elmúlt évszázadokat, de az uralkodói házban kitört viszályban Sheppard csapatának kellene döntést hoznia.

Weir és Sheppard fenyegetést jelentenek a városra, amikor egy idegen életforma veszi át testük felett az irányítást.

A Genii újra felbukkan és zsarolással járműveket akarnak szerezni egy nagyszabású lidérc elleni akcióhoz.

Michael Kenmore hadnagy egy küldetést követően amnéziában szenved. A felépülését elősegítő terápiában a város vezetése személyesen vesz részt.

A csapat egy olyan világba látogat, amely éppen megsemmisül egy vulkán miatt.

Michael és egy lidérc királynő meglepő ajánlatot tesz a város vezetésének, ha segítenek emberekké alakítani ellenfeleiket Dr. Beckett retrovírusával.

Sheppard egyedül próbálja a Föld felé tartó lidérc kaptárokat megállítani, később a Daedalus és az Orion siet segítségére. Ezalatt Dr. Weirnek a Földön kell felelősséget vállalnia Atlantisz vezetése során hozott döntéseiért.