Egy lány tűnik fel az NCIS irodájában, és Gibbs-et keresi. Kiderül hogy a lány Gibbs halott lányának, Kelly-nek volt a barátnője. Azért kereste fel Gibbs-et, mert egy katona zaklatja őt. Gibbs elintézi a katonát, de a lányt később elrabolják. A nyomok egy régi gyárépületbe vezetnek.

Egy admirálist megölnek egy taxiban a sofőrrel együtt. Gibbs és csapata rájön, hogy a célpont nem az admirális volt, hanem a sofőr. A sofőr Burundiából származott, és hét éve jött az Egyesült Államokba. Kiderül hogy nem ő az első burundi taxisofőr akit ugyan olyan körülmények között öltek meg.

Abby egy cserkész csoportot vezet körbe a laborjában, amikor az AFIS ujjlenyomat azonosítón találomra leellenőrzi egy kiscserkész ujjlenyomatát. Az AFIS azonosítja, és kiderül, hogy a gyereket elrabolták. Gibbs-nek és csapatának sikerül azonosítani a gyerek apját, akit gyilkosság vádjával köröz a rendőrség.

Egy tizedes megszökik a haditengerészet kórházából. Sürgősen meg kell találni, mert ezüst csillag kitüntetésre terjesztették fel. A katona viszont látszólag megőrült, elrabolta egyik orvosát, és szökésben van. Miután elkapják őt, kiderül, hogy szteroidokkal van tele a szervezete.

Egy arab tengerészt megölnek egy mecsettől 2 saroknyira. Látszólag rablótámadás, mert eltűnt minden értéke. Dr. Mallardnak nehezére esik felboncolni az illetőt a katona vallása miatt. Kiderül hogy több arab származású katonát is megöltek az elmúlt időszakban, mert nem voltak hajlandóak terroristának állni.

Gibbs és csapata egy raktárat figyel meg, ahol egy ellopott radart tárolnak. A megfigyelést egy névtelen e-mail alapján végzik, hogy elkapják a tolvajokat, azonban egy embert megölnek a raktár mellett, ráadásul a radart is sikerült észrevétlenül kicsempészni a raktárból.

Gibbs és csapata egy drogcsempészettel gyanúsított tengerész házához érkezik, amikor McGee-t megtámadja egy kutya. A házban megtalálják a katonát, akit látszólag egy kutya ölt meg. A gyanúsított a kutya lesz, de Abby meg van győződve ártatlanságáról, ezért mindent megtesz, hogy tisztázza a kutyát.

Az NCIS épületét ellepik az FBI emberei. La Grenouille gyilkosa után nyomoznak, és mivel az igazgatónőnek kapcsolata volt vele, gyanússá válik Gibbs és csapata is. Miután mindenkit kihallgatnak, Gibbs, Ziva, McGee és Dr. Mallard elmennek Gibbs házába, hogy elkezdjenek maguk is nyomozni La Grenouille gyilkosa után.

Egy katonát megölnek Irakban, és a katona felesége kiharcolja hogy az ügyet a washingtoni NCIS vizsgálja. Az igazgatóhelyettes kiküldi Tony-t és Nikki-t Irakba, hogy kiderítsék ki ölte meg a századost. Eközben Gibbs, Ziva és McGee Washingtonban nyomoz, hogy kinek állt szándékában megölni a katonát.

Egy sorozatgyilkos után nyomoznak, Ziva beépül. Mikor Tony megtalálja az ötödik áldozatot a férfi lakásán, Ziva-nak szólnak, hogy letartóztatják a férfit. A Gyilkos rájön, hogy Ziva beépített ember, ezért le akarja lőni őt, de Ziva lefegyverzi. Kiderül, hogy nem egy gyilkos van, hanem kettő.

Egy építkezésen találnak egy hullát, miközben Dr. Mallard lemegy, hogy felhozza a hordágyat, dr. Palmer talál egy útlevelet az áldozatnál. Palmer csak egy pillanatra nem figyel, és az útlevél eltűnik, Palmer elkezdi üldözni a tolvajt, de az rálő. Gibbs és csapata mindent bevet, hogy Palmer azonosítani tudja a tolvajt.

Decker különleges ügynök szívrohamban meghal, Shepard igazgatónő személyesen is részt vesz a temetésén, ahol elhangzik az Oshimaida név, Shepard-nak ismerősen cseng, ezért elkezd nyomozni. Az igazgatónőt elkíséri Tony és Ziva is, de őket lerázza, majd Frank segítségét kéri.

Gibbs ügynök megkapja az új csapatát, Lee ügynököt a jogi osztályról, Langer ügynököt az FBI-tól, és Keating ügynököt a számítástechnikusoktól. Egy halott őrmestert találnak egy lakókocsiparkban, Gibbs és új csapata nyomozni kezd, közben kiderül a csapatváltozás igazi oka.

A hadihajón, melyen Tony szolgál eltűnik egy tengerész. Az eltűnt tengerész feleségét Gibbs-ék holtan találják. Tony kimegy a partra, hogy nyomozzon az eltűnt tengerész után, amikor megtalálja a holttestét a katonának. Kiderül, hogy egy másik ember ment fel a hajóra az eltűnt nevében.

Két biciklista talál egy tetemet egy tóban, akiről kiderül, hogy a Pentagonban dolgozott összekötőként. A nő nevét nem hozzák nyilvánosságra, de Gibbs egyik régi bajtársa jelentkezik nála, hogy ismerte a nőt. Eközben egy telefonáló bejelenti, hogy hol van a gyilkos fegyver, ami Gibbs barátjáé, egy kongresszusi képviselőé.

Egy bár mögött megvernek két tengerészt, az egyik a helyszínen belehal sérüléseibe, míg a másik túléli, de súlyosan megsérül. Kiderül, hogy az a tengerész, aki túlélte, Gibbs szülővárosából, Stillwater-ből származik. Hamarosan a városkába utazik Gibbs, Ziva és McGee, ahol találkoznak Gibbs régi ellenségeivel és apjával.

Egy tengerészre szomszédnője talál rá, a katonát megkínozták. A nyomok a tengerész egykori feletteséhez vezetnek, akinek házához érkezve Tony és Gibbs szembesül Fornell ügynökkel, mert az egykori tengerészt, aki három hete vonult nyugdíjba, az FBI védőőrizet alá helyezte. A katonának egy drogbáró ellen kell tanúvallomást tennie, de ez nem történhet meg, ha gyilkossággal vádolja az NCIS.

Egy tengerészeti bázison élő házaspár zuhanyrózsájából vér folyik ki, kiderül hogy a bázis egyik elosztó tartályába egy holttestet helyezett el valaki. A holttest szájában egy weblap címét találták, mely egy videóra irányít át, a videóra az áldozat halála van felvéve. Az áldozat után nyomoznak, mikor eljutnak a második hullához.Gibbs-nek és csapatának kell kiderítenie ki a sorozatgyilkos.

Kirabolnak egy bankot egy tengerészeti bázison, a bankrablók megölnek egy őrt, és elmenekülnek a lopott pénzzel. Mivel az eset egy tengerészeti bázison történt, méghozzá Quanticoban, Gibbs és csapata kezdi a nyomozást, de sietniük kell, mert az FBI át akarja venni az ügyet. Közben megtalálják a rablók kocsiját a lopott pénzzel együtt, amiből úgy tűnik hogy talán nem is a bank pénzét akarták ellopni.

Gibbs és csapata feladatot kap az NCIS igazgatójától, hogy próbáljanak meg betörni egy szigorúan ellenőrzött tengerészeti létesítménybe. Tony és Ziva törnek be, de lebuknak. Mivel ez egy teszt volt, így különösebb következménye nem volt lebukásuknak, de kiderül hogy ők csak egy csali voltak, hogy kiderítsék ki a "tégla" az NCIS-ben.