Halloween előtti éjszakán holtan találnak egy tengerészgyalogost a kocsijában. Kiderül, hogy az áldozatot mérgezték és megverték még Irakban, mert nagy mókamester volt és a trükkjeivel veszélybe sodorta a társait, azonban úgy tűnik, hogy a halálának nem is a munkájához, inkább a zűrös családjához volt köze.

Gibbs hajóját megtalálják egy kikötőben két holttesttel a felszínén. Kiderül, hogy Gibbs a hajót a keresztlányának, Frank unokájának adta. Mikor azonban Mexikóba érnek rádöbbennek, hogy Mike Frank egész családjával együtt felszívódott.

Egy katonai cirkáló vitorlásra bukkan a nyílt vízen, s a fedélzeten két holttestet találnak. Az NCIS-t riasztják az esethez. Leon gyorsan rájön, hogy Gibbs egyik hajójáról van szó, amelyet még a keresztlányának adott, és Mike Franksnél hagyott Mexikóban. Gibbs és Leon mindent megtesz azért, hogy igazolja: Mike önvédelemből lőtte le a két férfit.

Leon Vance személyesen látogat el egy gyilkossági helyszínre, amelyen az egész csapat nagyon meglepődik. Később azonban kiderül, hogy felismerte a módszert, amellyel az orvost meggyilkolták. Kait, a koreai kormány által kiképzett bérgyilkost ugyanis egy korábbi akcióban meglőtte. A csapat rájön, hogy Kai azokon akar bosszút állni, akik érzéketlen gyilkológéppé tették.

A csapat ezúttal szó szerint a sötétben tapogatózik: egy internetszolgáltató elleni támadás során egész Washingtonban elmegy az áram. A központban később egy hadnagy holttestére bukkannak, aki maga is részt vett a szabotázsakcióban. Áram nélkül azonban egyetlen elektronikus berendezés sem működik, s a csapatnak régimódi módszerekhez kell folyamodnia.

Egy kukoricaföld közepén két kisfiú játék közben egy tengerészgyalogos holttestére bukkan. Az őr vezetőt egy póznához kötözték, a fejére zsákot húztak, a jobb kezét pedig levágták. Az NCIS csapata rájön, hogy a férfi kezét ahhoz használták, hogy egy szigorúan őrzött kormányépületbe jussanak be az ujjlenyomatának a segítségével.

Egy tengerészgyalogost egy imaszőnyegen kuporogva, a fején egy tompa tárggyal ütött sebbel, halálra fagyva találják meg kirándulók. Majd hamarosan kiderül, hogy a férfi nemrég tért át az iszlám hitre. Több gyanúsított is szóba jöhet, hiszen a felesége csalta a tengerészgyalogost, az édesapja pedig nem nézte jó szemmel, hogy más hitre tért át. Eközben Gibbs édesapja látogatóba érkezik karácsonyra.

Az erdőben két erdész holttestet talál. Rövidesen kiderül, hogy a férfi a haditengerészet pilótája volt, aki szabadidejében különböző cégeknél vállalt teszt-pilóta feladatokat. A holttest körül háti rakéta darabjait találják meg, ám a két rivális cég számára is ismeretlen alkatrészekre nincs magyarázat. Gibbs ekkor úgy dönt, hogy McGee vezesse a nyomozást.

A Szaúdi királyi család sarja, Saif herceg az Egyesült Államok tengerészgyalogságának egyik bázisán kap repülőpilóta kiképzést. A hangár mellett azonban felrobban a herceg autója, s a testőre az életét veszti. Az NCIS úgy véli, hogy merényletet terveznek a herceg ellen, ezért megszervezik az őrzését és megkezdődik a nyomozás. Az ügyet azonban az is bonyolítja, hogy Tony apja megérkezik a városba.

Tony és Ziva különleges megbízást kapnak. Egy sikkasztási ügy szemtanúját kell épségben az Egyesült Államokba kísérniük. Rövidesen kiderül azonban, hogy a repülőgépen velük együtt utazik a tanút követő gyilkos is.

A rendőrség egy katona autóját üldözi, ami felrobban. Az NCIS radioaktív anyagot talált a kocsiban de nem volt veszélyes a sugárzás. A nyomozás közben megtalálják a katona öccsét de kiderül, hogy az ügyvéddel tárgyalt aki már korábban megpróbálta akadályozni Gibbs nyomozását. Később Ducky kideríti, hogy a kocsiban nem az autó tulajdonosa ült hanem egy másik katona. Eközben Tony-ék egy raktárra bukkannak ahol nemrég bombát gyártottak.

Egy országúti fuvarozással foglalkozó vállalat egyik sofőrjét meggyilkolják. A társa, aki évekkel korábban tengerészgyalogosként szolgált, Gibbs segítségét kéri az igencsak zűrösnek tűnő ügyben. Az NCIS azonban ezúttal kénytelen az FBI közreműködésével nyomozni, s ez korántsem alakul zökkenőmentesen.

Gibbs ügynök és csapata ezúttal egy ezredes meggyilkolásának ügyében kezd el nyomozni. A dolog érdekessége, hogy a halott férfi özvegye Gibbs anyósa. Valami azonban nem stimmel a vallomásával, és ez mindenki számára nyilvánvalóvá válik. Kérdés, hogy Gibbs hajlandó-e összetűzésbe kerülni az öregasszonnyal.

Amikor egy tengerészgyalogos lövöldözésbe keveredik, majd az életét veszti, természetes, hogy az NCIS-csapata kezd bele a nyomozásba. Ám ahogy egyre mélyebbre ásnak az áldozat múltjában, mind különösebb dolgokra bukkannak, s Gibbs és társai számára világosság válik, hogy a tiszt jó ideje kettős életet élt, s viselkedése igencsak rossz fényt vetett a tengerészetre.

A tengerparton egy több napja halott búvár holttestére találnak. A csapat a partiőrség segítségével kezd nyomozni.

Gyilkosság történik az NCIS poligráf-specialistájának éjszakai műszakja alatt. Majd kiderül, hogy a nő párhuzamosan máshol is alkalmazásban áll. Így hát, Gibbs-nek és a csapatának kell kiderítenie, hogy mi is történhetett...

Jeffrey Hutton százados eszméletlen állapotban hajt bele egy kórház előtt parkoló autóba, s mire az orvosok odaérnek hozzá, már az életét veszti. Az NCIS csapat kapja a feladatot, hogy kiderítsék, vajon mi is történhetett. Tony rájön, hogy a férfi testvére, Dana Hutton, aki a CNN riportere, már pár napja eltűnt, miközben a legjobb barátja és mentora néhány napja az életét vesztette...

Egy roncstelep tulajdonosa és annak unokája, egy autó összepréselése során azt veszik észre, hogy vér szivárog a kocsiból. Az NCIS-hez kerül az eset, mert egy levágott lábú tengerészt találnak a csomagtartóban. Abby-t eközben nélkülözniük kell, mert meghívják Mexikóba, hogy tartson az ottani kollégáknak előadást a halott ügyekről.

Az NCIS csapatát valósággal sokkolja a hír, hogy az egyik munkatársuk gyilkosság áldozatává vált. Ám a nyomozást mindenképpen nekik kell lefolytatniuk. Gibbs ekkor meglepő összefüggést talál a bűntény körülményeivel kapcsolatosan...