A csapat tagjait elfogják. Szerencséjükre Bra'tac kiszabadítja őket és együtt folytatják a harcukat a Föld megmentéséért. Az idő pedig fogytán van. A két Goa'uld űrhajó pályára állt a Föld körül, s már készülődnek a támadáshoz. 

Carter egy Goa'uld gazdatestévé válik, akit a rendszerurak meg akarnak öletni, mert keresztezte útjaikat.

A CSK-1 csapata segít egy menekülő embernek, de bűnpártolás miatt egy egyirányú kapun keresztül egy börtönbolygóra küldik őket, ahol nekik is be kell tartaniuk a helyi szabályokat.

A CSK-1 tagjai egy olyan világba zárva találják magukat, ahol újra és újra át kell élniük legszörnyűbb rémálmaikat.

A CSK-1 fogságba esik, amikor Daniel megpróbál megmenteni egy nőt az öngyilkosságtól, aki azután rászoktatja Danielt a Goa'uld szarkofág használatára.

A CSK-1 visszatér Cimmeriára a vikingek rokonainak segélyhívása után, ugyanis a bolygót megtámadta a Goa'uld Hórusz (Heru-ur).

O'Neillt megtámadja egy idegen szerkezet és súlyosan megbetegszik, a CSK-1 többi tagja megpróbál segíteni neki és megakadályozni, hogy a szerkezet átvegye a Csillagkapu Parancsnokság irányítását.

Teal'c fiát magával viszi Apófisz és a CSK-1 visszatér Chulakra, hogy kiszabadítsa. Azonban amikor megtalálják a fiút, úgy tűnik, hogy ő nem akar velük menni.

Daniel visszatér Abydosra, hogy elmondja Sha're apjának, hogy még nem sikerült megtalálnia a lányát. Odaértekor kiderül, hogy Sha're már otthon van. Eközben O'Neill és Carter tudomására jut, hogy egy újságíró tud a csillagkapu létezéséről és ezt nyilvánosságra is akarja hozni.

Amikor Teal'cet megcsípi egy óriási rovar, a teste elkezd átváltozni. A CSK-1-nek kell megtalálnia számára a gyógymódot.

A CSK-1 találkozik a Tok'rákkal, egy olyan Goa'uld csoporttal, akik szembenállnak a rendszerurakkal. Carternek nehéz döntést kell hoznia apja romló egészségével kapcsolatban.

Miközben a csapat a Tok'rákkal való együttműködésért és szövetségért küzd, Sam apjának állapota rosszabbodik. Eközben kiderül, hogy egy lehetséges áruló van a Tok'rák közt, és ez veszélybe sodorja az egész kolóniát - ugyanakkor esélyt ad a CSK-1-nek a bizonyításra.

A CSK-1 egy indián világba utazik egy ritka ásvány kitermeléséről tárgyalni, de a bolygó szellemeinek nem tetszik a csapat tevékenysége.

A CSK-1 megpróbálja megmenteni az időjárásbefolyásoló szerkezetet, amit egy békés bolygóról loptak el. Kiderül, hogy a felelősöket a Földön kell keresni.

O'Neill szembetalálkozik egy idegen szerkezettel, ami egy új nyelvet tölt le közvetlenül az agyába, mely segítségével fény derül pár megválaszolatlan kérdésre, és mellesleg egy új ékzár is használhatóvá válik...

A Csillagkapu Parancsnokság az egyik CSK csapat megmentése során egy olyan világhoz kapcsolódik, amit épp egy fekete lyuk készül elnyelni. Azonban rá kell ébredniük, hogy nem tudják megszüntetni a kapcsolatot.

A CSK-1 egy haldokló öregembert hoz magával a Csillagkapu Parancsnokságra, aki azonban nem az, akinek hiszik. A gépezetről, amit egy Goa'uld elleni fegyvernek véltek, kiderül, hogy kicserélte Ma'chello és Daniel Jackson tudatát...

A CSK-1 elfogja Apófiszt, de kiderül, hogy hatalma erősen megfogyatkozott és a többi rendszerúr üldözi.

A CSK-1 attól tart, hogy ők vittek halálos betegséget egy békés bolygóra és így ők a felelősek a világ fokozatos pusztulásáért.

Amikor egy kisfiú figyelmezteti a Csillagkapu Parancsnokságot, hogy egy láthatatlan hadsereg készül támadásra, a Parancsnokság a Tok'rák segítségét kéri.

A CSK-1 a kapu használata során bekövetkezett rendellenesség miatt visszatér 1969-be, ahol találkoznak a fiatal Hammond főhadnaggyal.

O'Neill 2077-ben ébred fel a hibernálásból és megtudja, hogy minden ismerőse meghalt. (Folytatás a 3. évadban.)