Egy bolygó nomád lakosai az erdő szélén sétálva egy meztelen emberre bukkannak. A CSK1 időközben épp arra a bolygóra készül, mivel Jonas úgy sejti, hogy ott található a sokat emlegetett Elveszett Város. Megérkezésükkor kiderül, hogy a férfi, akire a helyiek bukkantak, nem más, mint Daniel Jackson.

Az Apofisz csodafegyverének elpusztítására szőtt terv balul elsülni látszik, ráadásul Apofisz épp Jonas Quinn otthona, a Kelowna fölött áll meg az űrhajójával. Apofisz egy kristályt keres, amit a korábbi goa'uld lakosok hagytak itt, benne rengeteg fontos információval. A kérdés már csak az, hogy sikerül-e Daniel-nek és Jonas-nak kijutnia Apofisz hajójának fogságából.

Egy tinédzser srác érkezik a Csillagkapu Parancsnokságára és O'Neill ezredes belépőkártyájával próbál bejutni. Azt állítja, hogy ő Jack, és nem tudja megmagyarázni, mi történt, de reggel ilyen fiatalként ébredt. A felnőtt Jack-et eközben pedig sehol nem találják...

Daniel-t hangok zavarják, majd nem sokkal később megálmodja, hogy Ry'ac és Bra'tac egy bolygón raboskodnak egy rabszolgatáborban. Teal'c hisz Daniel-nek, így a CSK1 a fiú és mestere kiszabadítására indul.

A CSK1 egy teljesen kihalt bolygón egy kupolára bukkan, amibe belépve meglepő látvány fogadja a csapatot: egy buja, virágzó kert. A közelben pedig egy város is található, amelynek lakosai magas technológiai szinten állnak. A CSK1 felveszi a kapcsolatot a helyiekkel, azonban néhányan eltűnnek, míg mások nem emlékeznek bizonyos dolgokra.

A CSK1 tagjai egy lezuhant űrhajó felfedezése során - ami tele van hibernált utasokkal - érthetetlen módon elveszítik az eszméletüket. Amikor magukhoz térnek, Daniel furcsán kezd viselkedni. Hamarosan kiderül, hogy Daniel-ben legalább egy tucatnyi személyiség van jelen.

Miközben a P3X-403 bolygón egy elhagyatott bányát tárnak fel, Edwards ezredes egyik embere, Ritter hadnagy eltűnik. A CSK1 a bolygóra érkezik, hogy segítsen a keresésben. Daniel a kutatások során az Unas-ok létezésének nyomait véli felfedezni a bolygón. S hamarosan óriási feszültségekre is fény derül, melyek akár még háborúhoz is vezethetnek.

A hajótörést szenvedett és a CSK1 által megmentett Warrick arra kéri a CSK1-et, hogy cserébe az ionmeghajtó tanulmányozásáért, segítsenek neki megnyerni egy jelentős pénzdíjjal járó versenyt. Carter őrnagy lelkesedése határtalan, és ezt még az sem csillapítja, hogy ez a verseny az egyike a legveszélyesebbeknek...

Felger kutatási programja és állása veszélybe kerül, amikor újfent nem tud eredményt felmutatni. Elkeseredésében azt állítja, hogy fontos felfedezés küszöbén áll. Azonban az ígéret mögött egyelőre nincs tartalom, az idő pedig egyre szorítja a tudóst...

A CSK1 egy bolygón csupa nőkből álló csoporthoz keveredik. Elmesélik, hogy a bolygó ura megtiltotta, hogy életben tartsák a nőnemű gyerekeket, ám ők ellopják őket, és esélyt adnak nekik a túlélésre. Ehhez azonban szimbiótákra van szükségük. Carter alternatívát kínál nekik a szimbiótákkal szemben: a Tretonin-t.

Teal'c és Bra'tac egy rosszul sikerült találkozó helyszínén egy eddig ismeretlen, furcsa páncélzatú harcossal találják magukat szemben. A harcosról kiderül, hogy mesterségesen, génmanipulációval hozták létre. Eközben Daniel és dr. Lee Hondurasban emberrablók fogságába esik, miközben egy nagy erejű, ősi gépet keresnek.

Carter vezetésével terv készül Anubisz bázisának felkutatására, ahol kiderül, hogy a rettegett ellenfélnek a birtokában van egy goa'uld királynő, valamint több ezer újfajta harcos. Eközben O'Neill egy régi harcostársával - akivel komoly konfliktusuk volt - Daniel kiszabadítására indul a vadonba. Azonban senki sem számol azzal, hogy az Ősök gépét sikerül aktiválni.

Carter hajótörést szenved a Prométheusz fedélzetén. Miközben a menekülésen töri a fejét, a társain keresztül még jobban megismeri önmagát, őket és az eddigi életét...

Jonas otthona, Kelowna végveszélybe kerül, mint kiderül, hála a korábban végrehajtott nukleáris robbantás következményeként. Az egyetlen megoldás az, ha egy csapat lefúr a föld mélyébe, és egy törésvonal mentén felrobbant egy bombát...

Daniel állandóan volt barátnőjéről álmodik, és álmaiban egyre közelebb kerül az Elveszett Város megtalálásához. Sam közben romantikus kapcsolatba kerül egy nyomozóval, aki elől el kell rejtenie a Parancsnokságon élt életét.

Az új Alfa bázist váratlanul támadás éri, melynek következtében az emberek, a Jaffák és a Tok'rák között megkezdődik az egymásra mutogatás. A helyzet súlyossága pedig már a szövetség felbomlásával fenyeget...

Az elnök utasítására egy forgatócsoport érkezik a Parancsnokságra, hogy rögzítsék az ott zajló tevékenységeket. A személyzet egy része azonban mindent bevet, hogy elkerülje a kínos interjúkat...

A forgatás egy incidens után Hammond parancsára befejeződik, azonban a tábornok hamarosan felülvizsgálja korábbi álláspontját. Ugyanis Kinsey szenátor ismételten vizsgálatot indít a Parancsnokság tevékenységének feltárására.

Egy raktárépületben szörnyű mészárlás történik, melynek gyanúsítottja egy fiatal lány, Anna, aki szemmel láthatóan semmit sem tud arról, hogy mi történt, ám a biztonsági kamera szerint bizonyos a bűnössége. A CSK1 hamarosan a helyszínre érkezik, és igyekszik megoldani a furcsa esetet, amely egy titkos kísérletig, és egy goa'uld jelenlétéig vezet.

Az új elnök első napján értesül a Csillagkapu Parancsnokság létezéséről. Részben Kinsey nyomására vizsgálatot rendel el, amelynek célja az esetleges működésbeli visszásságok feltárása. Hamarosan megkezdődik a politikai játszma a Parancsnokság, és Kinsey szenátor között az elnök kegyeiért.

Az elnök egy új vezetőt nevez ki a Parancsnokság élére, aminek sem a CSK1, sem Kinsey szenátor nem örül. Mindenki igyekszik őt meggyőzni a saját igazáról, miközben a CSK1 kétségbeesetten kutatja az Elveszett Várost, hiszen a Földet minden eddiginél nagyobb veszély fenyegeti...

O'Neill az Ősök tudásának hála, ismét egyre furcsábban kezd viselkedni, miközben Anubisz seregei egyre csak közelednek. Vészesen fogy az idő, ráadásul a helyzetet kisszerű politikai csatározások is színesítik. Minden azon múlik, hogy időben rábukkan-e Jack O'Neill az agyában rejlő információra, amely végre elvezetheti a CSK1-et az Elveszett Városhoz.