Anubisz halála után a goa'uld-ok vezetője még nagyobb hatalom birtokosa lesz: ettől kezdve ő irányítja a szuperkatonákat. A rendszerurak ezt nem hagyhatják annyiban, ezért egy ellencsapásra készülnek, amelyhez a Föld támogatását kérik. Közben a CSK1 felkeresi az Asgard-okat, hogy segítsenek O'Neill ezredest megmenteni az Ősök tudásától.

A replikátorok újra pusztulással fenyegetik az Asgard-ok kolóniáját, ezért Thor fel akarja olvasztani O'Neill lefagyasztott testét. Időközben Carter a tovább erősödött Ötödik fogságába kerül, aki szerelmet vall neki.

Egy orosz tiszt kerül a bázisra, aki hamarosan furcsa betegség jeleit mutatja. A betegség megjelenése után hirtelen többen - köztük Daniel is - igen furcsán kezdenek el viselkedni. Daniel végül rájön, hogy Anubisz immár anyagtalan valója vándorol a bázison belül testről-testre, aki a Csillagkapun át akar elmenekülni. S ehhez testre van szüksége...

Öt nap múlva az elnök látogatást tesz a Parancsnokságon, azonban addig az újdonsült bázisparancsnoknak még rengeteg problémát kell megoldania. Talán ebben pedig az új személyi titkára is a segítségére lehet...

Egy szerencsétlen baleset következtében Daniel egy idegen bolygón reked a csapatától elszakadva. Ez a világ szinte ugyanolyan fejlett, mint a Föld. Dr. Jackson talál egy rádiót, amelynek a segítségével megpróbálja felvenni a kapcsolatot társaival.

Kifejlesztenek egy olyan szimulátort, amely a kiképzésben segíti majd a Parancsnokság embereit. Teal'c számára a feladat nagyon könnyűnek bizonyul, amit szóvá is tesz, ezért őt kérik fel a fejlesztések kipróbálására. A gépnek az a legfőbb jellemzője, hogy a felhasználó élményeiből meríti az eseményeket, és tanul. Teal'c hamarosan pedig komoly kihívással találja szemben magát...

Teal'c kiköltözik a városba, és hamarosan hírnévre tesz szert, mint olyan ember, aki mindig, mindenkinek segít. A Pentagon azonban fél, hogy Teal'c felhívja magára a figyelmet, ami persze be is következik...

Egy befolyásos milliomos állítja, hogy bizonyítéka van a Földön kívüli élet létezésére. A Parancsnokságon kétkedve fogadják a hírt, ám másnap Alec Colson a sajtónak bemutat egy valódi, élő Asgard-ot...

Teal'c-t magánéleti problémák aggasztják: a fia, Rya'c ugyanis egy Jaffa-k közül való lányt választott magának feleségül. Teal'c nem sokkal később újra találkozik Ishta-val, akinek a megmentésére kell indulnia, amikor az a Goa'uld Moloc fogságába kerül.

Egyik éjszaka hirtelen eltűnik a Csillagkapu a bázisról. A biztonsági kamera felvételén - Daniel szerint - úgy néz ki, mintha egy Asgard sugár hatására történt volna az incidens. Teal'c megpróbál egy hajóval visszatérni a Földre. Carter szerint pedig a Trust egyik volt ügynöke állhat a történtek mögött...

A Parancsnokság üzenetet kap a galaxis pereméről. Legnagyobb megdöbbenésükre az üzenet küldője Carter pontos mása. A replikátor pedig Carter azt kéri O'Neill parancsnoktól, hogy végezzenek vele...

A Prométheusz az Atlantisz felfedezésére indul, amikor az út elején vészjelzést fog. A hajó ezért irányt változtat, hogy megmentse az üzenet küldőjét. Az üzenet küldőjének azonban más céljai vannak, és hamarosan már az övé is a Prométheusz, amelynek fedélzetén Daniel Jackson is ott ragad...

A CSK1 különös felfedezésre jut: Harry Maybourne, a korábbi NID ezredes ugyanis igazán jól él azon a bolygón, ahová egykor elmenekült. Olyannyira, hogy I. Arkhan király szerepében uralkodik a bolygó felett...

Az orosz Chekov ezredes meglátogatja O'Neill tábornokot a Csillagkapu Parancsnokságon, hogy informálja egy fontos dologról. Elmondása szerint az orosz hadsereg a legmagasabb készültségben van, mert azt hiszik, hogy az amerikaiak között áruló van. Daniel Oroszországba utazik, ahol az oroszok fogságában találja Kinsey-t, aki goa'uld hangon beszél.

Egy borbély Indiana-ból egy árverésen hozzájut egy kőhöz. Ezután furcsa látomásai lesznek a CSK1-ről, O'Neill-ről és a többiekről. Mindent lát, ami valaha megtörtént a CSK1-gyel, s ezeket a barátainak is elmeséli. Ezzel azonban tönkreteszi az életét: a barátai és a családja elhagyják. Ám ő továbbra is ragaszkodik azokhoz, amikről hallucinál...

A lázadó Jaffák Dakara szent városának a bevételére készülnek. Eközben a rendszerúr, Ba'al segítséget kér a Földtől egy közös ellenség legyőzéséhez. A Replikátorok ugyanis támadást indítottak a Goa'uld-ok ellen, ami az egész Galaxisra fenyegetést jelenthet...

A titokzatos fegyver sem Anubis, sem pedig a Replikátorok kezébe nem kerülhet. Ezért a CSK1-nek előbb kell megtalálnia, mert a fegyver képes megállítani a Replikátorok támadását és ettől függhet az egész Galaxis sorsa...

A goa'uld-dok az egész galaxist veszélyeztetik, amikor Daniel-nek ismét döntenie kell a halál és a felemelkedés között, amelyre Oma Desala megadja neki a második lehetőséget. O'Neill és Carter is a saját kapcsolatával foglalkozik, bár Carter-t láthatóan zavarba hozza O'Neill barátnője.

A CSK1 és O'Neill tábornok az időgépen visszautazik az ősi Egyiptomba, hogy a ZPM-met megszerezzék. Sikeresen végrehajtják az akciót, ám ezzel megváltoztatják a jövőt, melyben Daniel angoltanár, s Carter és Jack sem az, akiknek lenniük kellene. Csupán a videokamerára vett felvétel bizonyítja, hogy egy alternatív jelenben vannak...

Mivel a CSK1 múltbéli cselekedetei megváltoztatták az időt, az alternatív CSK1-nek vissza kell mennie a múltba, hogy rendbe tegye a jövőt. Daniel és Carter nehezen tudják meggyőzni a megváltoztatott jelenben lévő CSK1-et, végül mégis magukkal viszik őket. Teal'c azonban az alternatív jelenben ellenségként tűnik fel...