A CSK-1 megpróbálja megmenteni az időjárásbefolyásoló szerkezetet, amit egy békés bolygóról loptak el. Kiderül, hogy a felelősöket a Földön kell keresni.

O'Neill szembetalálkozik egy idegen szerkezettel, ami egy új nyelvet tölt le közvetlenül az agyába, mely segítségével fény derül pár megválaszolatlan kérdésre, és mellesleg egy új ékzár is használhatóvá válik...

A Csillagkapu Parancsnokság az egyik CSK csapat megmentése során egy olyan világhoz kapcsolódik, amit épp egy fekete lyuk készül elnyelni. Azonban rá kell ébredniük, hogy nem tudják megszüntetni a kapcsolatot.

A CSK-1 egy haldokló öregembert hoz magával a Csillagkapu Parancsnokságra, aki azonban nem az, akinek hiszik. A gépezetről, amit egy Goa'uld elleni fegyvernek véltek, kiderül, hogy kicserélte Ma'chello és Daniel Jackson tudatát...

A CSK-1 elfogja Apófiszt, de kiderül, hogy hatalma erősen megfogyatkozott és a többi rendszerúr üldözi.

A CSK-1 attól tart, hogy ők vittek halálos betegséget egy békés bolygóra és így ők a felelősek a világ fokozatos pusztulásáért.

Amikor egy kisfiú figyelmezteti a Csillagkapu Parancsnokságot, hogy egy láthatatlan hadsereg készül támadásra, a Parancsnokság a Tok'rák segítségét kéri.

A CSK-1 a kapu használata során bekövetkezett rendellenesség miatt visszatér 1969-be, ahol találkoznak a fiatal Hammond főhadnaggyal.

O'Neill 2077-ben ébred fel a hibernálásból és megtudja, hogy minden ismerőse meghalt. (Folytatás a 3. évadban.)

Hammond tábornok megpróbálja kiszabadítani a CSK-1-et Hathor börtönéből. Eközben Teal'c visszatér Chulakra, hogy a Jaffák közt lázadást szítson a Goa'uldok ellen.

A CSK-1-nek meg kell találnia és meg kell semmisítenie egy Goa'uld rendszerurat, aki az egyiptomi forradalom óta a Földön rejtőzik és vallási kultusz vezetőjének adja ki magát.

O'Neillnak, a CSK-1-nek és az asgardoknak tárgyalniuk kell a Goa'uld rendszerurakkal, hogy megkíméljék a Földet egy megsemmisítő támadástól.

Miután a CSK-1 visszatér egy küldetésről, Daniel hangokat hall és mindenféléket lát. A CSK-1 attól tart, hogy Daniel skizofrén lett...

A Csillagkapu Parancsnokság beleegyezik, hogy kölcsönösen megosztják ismereteiket egy fejlett társadalommal, de a csere veszélybe kerül amikor a CSK-1 rájön, hogyan is bánnak ott a gyerekekkel.

Dr. Samantha Carter és Kawalsky őrnagy egy párhuzamos valóságból érkezik és menedéket kér az Csillagkapu Parancsnokságnál, mivel az ő világukat megtámadták a Goa'uldok, kényelmetlen perceket okozva O'Neillnak és Carternek.

A CSK-1-et foglyul ejti egy fejvadász, aki azt tervezi, hogy átadja őket Szókarisznak, hacsak nem segítenek elfogni egy Goa'uldot.

A CSK-1 felfedez egy Jaffa kiképző tábort, ahol az ifjak halálos hadi játékokat gyakorolnak.

Daniel Jackson újra találkozik feleségével, de a következmények fájdalmasak.

A CSK-1 egy olyan világba kerül, ahol mindenki amnéziától szenved. Egy régi ismerőssel is találkoznak.