Egy évvel eltűnése után, mikor már majdnem mindenki feladta a reményt, Morgana visszatér Camelotba. Merlin attól tart, hogy a lány talán emlékszik eltűnésének körülményeire, és a varázsló lebukik a király előtt. Uther ünnepséget szervez, ám nem sokkal ezután gonosz varázs kezd dolgozni Camelotban, és a királyt hallucinációk gyötrik, ráadásul eközben ellenség közeleg Camelot felé.

A nagy sárkány segítségével Merlin visszatér Camelotba, ahol közel a vereség: Morgause és Cenred közös erővel igyekeznek megdönteni a meggyengült Uther hatalmát.

Amikor Merlin felfedez egy titkos kamrát, véletlenül kiereszt egy goblint. A csibész lény megszállja Gaiust, aki emiatt teljesen kifordul régi, bölcs énjéből. Eközben a király hirtelen kopasszá válik, és a királyi házat szélbántalmak kezdi gyötörni.

Merlin és Artúr egy kocsmai verekedésbe keverednek, és egy titokzatos férfi, Gwaine kel segítségükre, aki saját életét kockáztatva menti meg az övéket. Gwaine súlyosan megsérül, és hősiességéért hálából Artúr Camelotba viszi, hogy Gaius meggyógyítsa őt. A magához tért Gwaine rögvest "munkához" is lát: iszik, flörtöl a hölgyekkel és sok bajt okoz Merlin számára, akit megbíztak felügyeletével.

Merlin váratlanul találkozik Taliesinnel, az idős varázslóval, aki elviszi őt a kristály barlangba, és megmutatja neki a jövőt. Ám a gesztus inkább átokká válik, amikor Merlin meglátja, hogy Morgana Uther meggyilkolására készül.

Uther ki akarja házasítani Artúrt a látogatóba érkező hercegnővel, Elenával. Azonban Merlin megsejti, hogy Elena nem az, akinek mondja magát...

Gwen lehetetlen döntés elé kerül, amikor választania kell, kinek az életét menti: Elyanét, egyetlen testvére életét vagy Artúrt.

Artúr kalandútra indul, hogy bebizonyítsa, méltó Camelot trónjára. Ezért a halász király aranyszigonyát akarja megszerezni. Miután Artúr kilép a vár védelmező falain, Morgana sötét varázslattal, védelmet ígérve adja át neki a Főnix Szemét. Ám ahelyett, hogy megvédené, a karkötő elveszi a herceg életerejét.

Merlin mesterének új oldalát ismerheti meg, amikor Camelotba érkezik Alice, Gaius régi szerelme. Ám amikor Merlin rájön, hogy Alice a gonosz Manticore hatalma alatt áll, kénytelen szólni mesterének a nő sötét terveiről.

Amikor Morgana álmában Guinevere lesz Camelot királynője, Morgause arra bátorítja, hogy fedje fel Uther előtt Artúr és Gwen viszonyát. Hiszen, ha a király tudomást szerez róluk, mindent meg fog tenni, hogy fia ne vegyen feleségül egy szolgálót.

Camelot legendás tornáján egyetlen szabály létezik: nincsenek szabályok. Marcona harcosok kezdik megtölteni Camelotot. Gili is megérkezik, aki kis termete ellenére a győzelemre pályázik - egy kis segítséggel: varázslattal...

Arthur és Merlin veszélyes küldetésre indulnak, hogy megszerezzék a halhatatlanságot adó ereklyét. Ám mielőtt megszerezhetnék a kupát, egy rabszolga-kereskedő foglyai lesznek.

Morgana Camelot új királynője. A gonosz úrnő szövetségese Morgause, és halhatatlan serege, így Uther számára nem sok esély maradt, hogy visszaszerezze hatalmát. Vajon Artúr meg tudja-e menteni Camelotot Morgana gonoszságától?