Mivel Leon Vance felesége is meghalt a merényletben, érintettsége folytán nem vehet részt a nyomozásban. Eli David haláláért a Moszad igazgatóhelyettese, Ilan Bodnar az irániakat teszi felelőssé. David iráni barátja közben segíteni akar a nyomozásban, de őt is meggyilkolják. A bérgyilkosnak utalt pénz eredete után nyomozó McGee felfedezi, hogy az egész mögött Bodnar és egy hírhedt fegyverkereskedő áll. Zivát ugyan hajtja a bosszúvágy, de az apja méltó meggyászolását mindenek fölé helyezi.

Lyle és Chad meghalnak egy autóbalesetben. A két család közt azonban már hosszú ideje feszült a kapcsolat, amely a két apa találkozásakor a tettlegességig fajul. Az autóroncs betört szélvédője eközben régi, fájdalmas emlékeket ébreszt Abbyben.

Gabe Crow őrvezető gyakorlatozás közben veszíti életét. A csapat kideríti, hogy illegális verekedésekkel szerzett plusz pénzt, de bizonyos sérüléseire ez mégsem magyarázat. Közben Leon Vance a felesége hagyatékát rendezgetve megtalálja egy széf kulcsát, amelyben egy köteg pénz és iratok vannak. Az igazgató azonban nem érti a helyzetet, de Gibbs tud válaszokat a kérdéseire.

Gibbséknek sikerül elkapniuk a második legkeresettebb internetbűnözőt, aki meghackelte az NCIS számítógépközpontját és felelős egy ügynök haláláért is. Remélik, hogy általa eljutnak a felbujtóhoz, de a férfi nem sok hajlandóságot mutat arra, hogy bármi információt kiadjon. Gibbsnek ekkor régimódi eszközökhöz kell folyamodnia, hogy megtörje az elkövetőt.

Roth százados öngyilkos lett, de nem lehet tudni, hogy miért. A helyszínről Doki és Palmer visszaindulnak a tetemmel az NCIS-központba, de útközben defektet kapnak, s mint utóbb kiderül, nem is véletlenül. Sajnos azonban így az életük is veszélybe kerül.

Egy sorozatgyilkos fantomképe gondot okoz Gibbs egyik barátjának, ugyanis kísértetiesen hasonlít a fiára. Gibbs erre puhatolózni kezd a rendőrségnél, de minden igyekezete ellenére furcsa dolgok derülnek ki. Közben Tony a Bahamákra utazik egy gyakornok kíséretében, hogy elfogjon egy haditengerészt, aki meglépett a támaszpontról 200 ezer dollárral.

Kabulban meggyilkolnak egy tengerészgyalogost. Az áldozat felesége felkeresi Gibbst, és megmutat neki egy videoüzenetet, amelyet a férje egy nappal a halála előtt küldött, ezért arra kéri, hogy foglalkozzon az üggyel. Miután az özvegyhez betörnek, Gibbs és McGee elutaznak Afganisztánba, míg Ziva otthon próbál meg segíteni Vance-nek.

Holtan találják egy hadihajó orvosát. Gibbs csapata nyomoz a hajón, ahol McGee apjába, az alezredesbe botlanak, aki előző nap érkezett oda szemlét tartani. Apa és fia között nem felhőtlen a kapcsolat, mert az alezredes nem sokra becsüli Tim munkáját, ugyanis „aktakukacnak” tartja a fiát. A nyomok közben egyértelműen arra utalnak, hogy a hajóorvost a gyógyszer-nyilvántartás miatt ölték meg, és lassan az is kiderül, hogy kinek a betegségét akarták titokban tartani…

Egy tengerészgyalogos százados férje eltűnik, s csak a levágott gyűrűsujját találják meg a szemétben. Amikor a nőt felhívják és a telefonban lövések hallatszanak, Gibbsék szinte biztosak benne, hogy a férfit már nem találják meg élve, de azért folytatják a nyomozást. Tonyt közben egyre nagyobb nyugtalansággal tölti el Ziva viselkedése, mert érzi, hogy a lány titokban kutakodik apja gyilkosának megbízója után…

Egy Moszad-ügynököt meggyilkolnak egy parkolóházban. Orli Elbaz, a Moszad új igazgatónője jelentkezik Vance-nél, hogy felajánlja az együttműködését az ügyben. Ziva és Tony Berlinbe utaznak, hogy elkapják Ilan Bodnart, de helyette a testvérére bukkannak. Gibbs eközben rájön, hogy Orli Elbaz megpróbálta átverni őt…

Szerencsére Ziva és Tony csak könnyebben sérülnek meg a balesetben. Gibbséknek a belbiztonság megtiltja a további nyomozást, de persze ez Vance igazgatónak nincs ínyére. Ilan Bodnar videoüzenete egy időre félrevezeti McGee-t, de Doki akaratlanul segít megtalálni a helyes irányt. Ziva eközben egyedül vág neki, hogy megbosszulja az apja halálát…

Egy hadihajó szakácsa úgy érzi, hogy megfigyelik, ezért az NCIS-hez fordul segítségért. A nyomozás során kiderül, hogy önként jelentkezett egy olyan programba, amelynek során a megfigyelés hatását tesztelik különböző embereken, csak éppen nem emlékszik erre, mert korábban megtámadták, leütötték és agyrázkódást szenvedett. Közben a Bodnar halálát hivatalból vizsgáló ügyész komoly gondokat okoz Gibbs csapatának…

Parsons ügyész a bizonyítékok manipulálásával és az igazságszolgáltatás hátráltatásával vádolja Gibbst. A csapat Gibbs utasítása ellenére nyomozásba kezd, és kiderítik, hogy Parsons egészen magasan pozicionált emberekről is rendelkezik olyan információkkal, amelyeknek nem lenne jó nyilvánosságra kerülniük. Közben egy haditengerész feleségének csomagot kézbesítenek, amelyben a tiszt erősen radioaktív levágott feje van…

Egy hotelben felrobban egy bomba ami megöli a SecNav-et és megsebesíti Tom Morro-t és Delilát McGee barátnőjét. Gibbs megbízatása véget ér és hazajön. Tony Izraelbe akar utazni Ziva-hoz amikor valaki rálő.

Tony Izraelbe megy megkeresni Ziva-t, ezért együtt kell működnie a Moszaddal. Az új haditengerészetért felelős miniszter gyors eredményeket vár a csapattól, de hónapok múlva sem tudják még, hogy ki adott megbízást a robbantásra. Gibbs-ék azonban mégsem adják fel.

Egy haditengerész öngyilkos merényletet tervez. Illegális robbanószert vásárol, kibérel egy kisrepülőgépet és elindul a célpontja felé olyan alacsonyan, hogy a radarok ne tudják érzékelni. McGee-nek azonban zseniális ötlete támad, pedig igazán nincs jó formában, ugyanis elvesztette az igazolványát.

Egy afganisztáni nő meggyilkolása kapcsán Mike Franks menyéhez vezetnek a szálak. Gibbs pedig visszaemlékszik, hogy két évvel korábban Mike kért tőle egy szívességet, amit nem tudott teljesíteni. Ezért most elutazik Kabulba, hogy személyesen járjon utána a dolgoknak.

DiNozzo képtelen aludni, mert nem bírja kiverni a fejéből Ziva-t, és ez rányomja a bélyegét a munkájára is. Egy halott haditengerész mellett talált rágógumi pedig tizenöt évvel korábbi emlékeket juttat eszébe, és kiderül, hogy a két eset közt összefüggés van.

Egy tengeri fúrótorony felrobban, és egy tengerész az életét veszti. A nyomozást a parti őrség részéről Borin ügynök vezeti, és Gibbs-nek feltűnik, hogy a nőt lelkileg mennyire megviseli a dolog. Dokit is kiborítja közben egy furcsa sípolás, és az, hogy képtelen megtalálni a hang forrását.

Elsőre úgy tűnik, hogy véletlenül lett egy rablás áldozata Dawson szakaszvezető, de azért felmerülnek tisztázatlan kérdések az ügyben. Gibbs-nek a fiúkra kell bíznia a nyomozást, mert sürgősen az apjáért kell mennie. Az öreg Jackson ugyanis ragaszkodik ahhoz, hogy együtt látogassák meg azt a pilótát, aki megmentette őt a háborúban. DiNozzo és McGee persze egymással rivalizálva ássák bele magukat az ügybe.