Holtan találnak egy tengerészt műanyag fóliába csomagolva, akit a gyilkos kiemelt figyelemmel, és pontossággal megtisztított. Hamarosan kiderül, hogy egy sorozatgyilkossal van dolga a csapatnak az úgynevezett "Kikötői Vándorral". Ebből kifolyólag Vance létrehoz egy új csapatot az sorozatgyilkos lekapcsolására. A másik munkacsoport vezetője a már Spanyolországban debütált Erika Barett lesz. Ziva leleplezi a barátját, hogy valójában CIA-ügynök. Bonyodalmat okoz az, amikor DiNozzo együtt tölt egy éjszakát Barett-tel, így Gibbs szerint Tony elveszítette a racionális ítélőképességét. Vagyis megszegte a tizenkettes szabályt a "ne randizz munkatárssal" címmel!

Az új csapat a Pentagon gyilkossági ügyében nyomoz. Az esetnek nagyon egyszerű a megoldása, mert a tettest rögzítette egy videokamera. Nem is sejtik, hogy az állítólagos gyilkosnak egy különleges maszk volt a segítségére.

Miután az NCIS csapata a "kétarcú" szemét elküldte üzenet formájában, kiderült, hogy egy olyan személyhez tartozik, aki szerepel a nyilvántartásban. Ezzel párhuzamosan pedig a "Kikötői Vándor" egy újabb áldozatot követelt: Danny Price tíz évvel ez előtt 2001-ben DiNozzo társa volt a baltimore-i rendőrség gyilkossági osztályán. Dr. Mallard tájékoztatja Gibbs-et, hogy Palmer elrontott boncolási jegyzőkönyve szerint történt a legutóbbi gyilkosság, ami összefügg a jelenlegi baltimore-i üggyel. Ebből arra következtetnek, hogy van közöttük egy belső ember, aki hozzáfér az NCIS adatbázisához.

Újabb bizonyítékok kerülnek az NCIS nyomozóinak birtokába, így már biztosak abban, hogy a “Kikötői Vándor” köztük van. A csapat ekkor a nyomozásba kénytelen egy CIA-ügynököt is bevenni. Gibbs azt szeretné, ha a barátai mellette lennének, ezért Washingtonba hívja Mike Franks-et, akiről azonban kiderül, hogy a sorozatgyilkos következő áldozata.

A Kikötői Vándor újonnan kiszemelt áldozata nem más, mint Ziva. A tettes úgy próbálja őt Ray lakására csalni, hogy egy telefonüzenetet hagy neki. Az NCIS csapata pedig csak azután ér a helyszínre, hogy Ziva-t már elrabolta. A csapatot azonban meglepetés fogadja, amikor is megjelenik a Kikötői Vándor és fel akarja adni magát. Ám Gibbs és a többiek hamar rájönnek, hogy ez része az őrült tervének, és egyáltalán nincsenek biztonságban.

Tonyt eszméletlenül találták: életét golyóálló mellénye mentette meg, s fegyvere tanúsága szerint ő is lőtt kétszer, ám nem emlékszik semmire. Mivel egy másik NCIS-ügynök véres jelvényét találják a helyszínen, Gibbs Kate nővérét hívja segítségül az amnézia feloldására. A beszélgetés során egy titkos megbízatás részleteire derül fény.

Thomas Hill közlegény egy meglepetésbulira érkezett meg több szúrt sebbel, amelyekbe bele is halt. Miközben a csapat az ügyön dolgozik, Tony bűntudatosan egy középiskolai osztálytársát próbálja felkutatni, akit emlékezete szerint gatyájánál fogva felakasztott egy zászlórúdra annak idején.

A meggyilkolt tengerészgyalogos tárcájából Tim névjegykártyája kerül elő, ráadásul az ő nagymamájával beszélt utoljára az áldozat telefonon. Mint kiderült, Booth hadnagy a temperamentumos nagyi tanítványa volt.

Egy furgon által elütött férfiről azt feltételezik, hogy hírhedett bérgyilkos volt. A következő kiszemelt áldozatra Ziva vigyáz, de a tiltakozó delikvens folyton meglóg a védőőrizetből. Eközben Abby a fél veséjét akarja adni egy betegnek, ám a jelentkezők közt van még valaki más is, aki megfelelne - mint kiderül, az illető DNS-e pontosan egyezik Abby-ével.

A parti őrség altisztjét lelövik egy üresnek látszó hajón, melyen egy – állításuk szerint politikai okokból menedékjogot kérő – libanoni család rejtőzik. Nyomozás közben a csapat új nőt keres Gibbsnek, hátha a randizás csökkentené főnökük munkamániáját, s nekik is több nyugtuk lenne.

Két áldozatot is találnak, akik szó szerint halálra itták magukat vízzel: a halálos szomjúság oka kábítószer miatti kiszáradás. A csapatot eközben a randizgató Doki boldogsága tartja lázban.

Gibbs és Fornell volt feleségének legújabb férjét elrabolták, s Diane – az emiatt nem épp boldog – exeket kéri, hogy kerítsék elő. Az üggyel kapcsolatban egyre több halott kerül elő, s Victor, az eltűnt férj egyre gyanúsabb lesz.

Egy elhunyt katonák holttestét szállító repülő felrobban, ám a DNS-vizsgálat során kiderül, hogy Gabriela Flores hadnagy teteme nem volt a gépen. A csapat kutatást indít az Afganisztánban leányiskolát újjáépítő hadnagynő után, hátha élve megúszta az iskolát ért támadást, s az eset Gibbs számára felidézi egy rokonszenves katonalány emlékét a múltból.

Gibbs és Zíva elindul Afganisztánba, hogy Florest felkutassák, majd hazaérkezvén ártalmatlanítanak egy fanatikusan nyugatellenes terrorista családot az ügy kapcsán.

A családközpontú évadban Tony is sorra kerül: apját tökrészegen találják meg a rendőrök egy autóban szunyókálva, ám ennél is nagyobb baj, hogy a csomagtartóban egy hulla hever.

A Haditengerészet egyik ezredesét holtan találják egy szállodai szobában. A nyomozás során kiderül, hogy az ezredes a barátnőjét várta, akinek később trükkös módszerrel sikerül is felvennie a kapcsolatot az NCIS csapatával. Az állapotos nő retteg, mert úgy érzi, hogy követik őt, és nem a barátjának, hanem neki kellett volna meghalni, mert valójában rá vadásznak. Eközben Palmer a leendő apósát vezeti körbe az NCIS bázison, aminek senki sem örül. DiNozzo-t pedig az ex-feleségével heccelik, aki meghívta őt karácsonyozni.

Egy haditengerészt meggyilkolnak a saját autójában, s egy idős szemtanú szerint az autóból egy fiatal nő szállt ki, aki nem a hadnagy felesége volt. A nyomozás során egy régen eltűnt ismerős is visszatér, aki nem más, mint E.J. Barrett. Gibbs közben a haditengerészetért felelős minisztertől kér segítséget, mert úgy gondolja, hogy tudja, ki a gyilkos és, hogy mi a terve...

Egy haditengerész-parancsnokra holtan találnak rá egy építkezésen. Az NCIS csapata persze azonnal nyomozásba kezd, de az áldozat férje csak nehezíti a dolgukat. Ziva régi barátja, Ray eközben visszatér a városba, hogy megbeszélje Ziva-val a kapcsolatukat, de a felbukkanása nem véletlen, ugyanis ő is belekeveredik a nyomozásba...

Gibbs éppen a szokásos reggeli kávéját fogyasztja a jól megszokott kávézójában, amikor is fegyveres támadás történik, és megáll az idő. Gibbs előtt lepereg egy élet, amely ugyan nem az övé, de lehetett volna, ha máshogy cselekszik eddigi életében...

Egy virágüzlet késő este halálos fenyegetést kap, amely aztán két ember életének kioltásával végződik. Az NCIS kapja meg az ügyet, mivel az egyik áldozat a haditengerészet ezredese volt. Tony-t pedig teljesen felvillanyozza az eset - az áldozatok titkos élete miatt...