Gibbs ügynök csapata szerencsésen megúszta a robbantást, csak Tim sérült meg könnyebben. Dokinak szívrohama volt, de Palmer gondoskodásának köszönhetően gyorsan javul. A miniszter eközben elrendeli Dearing likvidálását.

A fegyvertár egyik munkatársát, akiről semmit sem tudtak a robbantás óta, megtalálják az autójában a tó fenekén, majd kiderül, hogy bizonyosan meggyilkolták. Abbynek közben ismét rémálmai vannak, amiről csak Gibbsnek hajlandó beszélni. Doki pedig rájön, hogy Jimmy csak szánalomból hívta be segíteni.

Doki exhumáltat egy 12 éve elhunyt haditengerészt, mert utólag gyanúsnak találja a halálának körülményeit. Közben holtan találnak egy másik haditengerészt, s rövidesen kiderül, hogy a két eset között összefüggés van, és Gibbs úgy határoz, hogy Doki vezesse a nyomozást.

Egy eltűnt helikopter legénységének három tagját megtalálják, míg a pilótát nem. A nyomozás a parti őrség hatáskörébe tartozik, ám az NCIS is besegít. Tony és Tim találják meg a pilóta holttestét, de a gép roncsai még mindig nem kerülnek elő. A túlélők állapota és az ellentmondó vallomások miatt így aztán a csapat tovább nyomoz. Ráadásul a fiúk azért munka közben is találnak időt arra, hogy Borin ügynöknek udvaroljanak.

Egy tengerészt meggyilkolnak, és a nyomok egy zálogházba vezetnek. Az üzletben azonban Gibbs döbbenten fedezi fel az apja legjobb barátjának hősi kitüntetését. Kérdései pedig fájó emlékeket kavarnak fel a két öreg katona lelkében.

Westcott százados részletesen elmondja, hogy hogyan támadták meg őt és Torres hadnagyot, majd hogyan verték össze őket, és a támadóik hogyan hurcolták el az utóbb holtan talált barátját, akin már nem tudott segíteni. A százados viselkedéséből Gibbs rájön, hogy a poszttraumásstressz-szindrómában szenved, amelynek következtében az agyában néha a valóság összekeveredik a háborús emlékekkel.

Az új bizonyítékok arra ösztönzik Gibbst, hogy tovább foglalkozzon Wescott századossal, mert ha az emlékeit fel tudná dolgozni, az az ügy megoldását jelenthetné. Ziva közben jegyet szeretne szerezni az operába, de nem jár sikerrel. Tony azonban kitalálja, hogy hogyan segítsen neki.

Megpróbálnak elrabolni két fiatal lányt, de az egyiküknek sikerül kiszabadulnia. A nyomok pedig egyértelműen lánykereskedelemre utalnak. Munka közben azonban Tonyt csak az érdekli, hogy ki is az a titokzatos Schmeil, akinek a látogatása Zivát teljesen felvillanyozza.

Megpróbálják megölni Fornell ügynököt, a nyomok pedig egy kocsmához vezetnek. Gibbs és Fornell mindkettejük volt feleségébe, Diane-ba botlik a helyszínen, akiről kiderül, hogy az adóhatóság különleges ügynöke. Hárman együtt kell, hogy dolgozzanak egy nagy pénzmosási ügy felgöngyölítésén, amely persze nem megy súrlódások nélkül.

Egy haláleset kapcsán kiderül, hogy nagy adag megsemmisítésre váró bankjegyet tulajdonítottak el. Gibbséknek ezúttal a titkosszolgálattal kell együttműködniük az ügy felderítésében. Közben DiNozzo apja érkezik New Yorkból, hogy a fiával karácsonyozzon, de Tony ennek egyáltalán nem örül…

Az esti edzése után Zivát a legnagyobb megdöbbenésére az apja várja a kocsijában. Titokban jött Washingtonba, hogy bebizonyítsa, mennyire megváltozott, és egyrészt kibéküljön a lányával, másrészt Vance segítségét kérje, mert inog az igazgatói pozíciója a Moszadnál. Ziva azonban nem tud megbocsátani neki, mert rájön, hogy az apja ezúttal is hazudott neki.

Mivel Leon Vance felesége is meghalt a merényletben, érintettsége folytán nem vehet részt a nyomozásban. Eli David haláláért a Moszad igazgatóhelyettese, Ilan Bodnar az irániakat teszi felelőssé. David iráni barátja közben segíteni akar a nyomozásban, de őt is meggyilkolják. A bérgyilkosnak utalt pénz eredete után nyomozó McGee felfedezi, hogy az egész mögött Bodnar és egy hírhedt fegyverkereskedő áll. Zivát ugyan hajtja a bosszúvágy, de az apja méltó meggyászolását mindenek fölé helyezi.

Lyle és Chad meghalnak egy autóbalesetben. A két család közt azonban már hosszú ideje feszült a kapcsolat, amely a két apa találkozásakor a tettlegességig fajul. Az autóroncs betört szélvédője eközben régi, fájdalmas emlékeket ébreszt Abbyben.

Gabe Crow őrvezető gyakorlatozás közben veszíti életét. A csapat kideríti, hogy illegális verekedésekkel szerzett plusz pénzt, de bizonyos sérüléseire ez mégsem magyarázat. Közben Leon Vance a felesége hagyatékát rendezgetve megtalálja egy széf kulcsát, amelyben egy köteg pénz és iratok vannak. Az igazgató azonban nem érti a helyzetet, de Gibbs tud válaszokat a kérdéseire.

Gibbséknek sikerül elkapniuk a második legkeresettebb internetbűnözőt, aki meghackelte az NCIS számítógépközpontját és felelős egy ügynök haláláért is. Remélik, hogy általa eljutnak a felbujtóhoz, de a férfi nem sok hajlandóságot mutat arra, hogy bármi információt kiadjon. Gibbsnek ekkor régimódi eszközökhöz kell folyamodnia, hogy megtörje az elkövetőt.

Roth százados öngyilkos lett, de nem lehet tudni, hogy miért. A helyszínről Doki és Palmer visszaindulnak a tetemmel az NCIS-központba, de útközben defektet kapnak, s mint utóbb kiderül, nem is véletlenül. Sajnos azonban így az életük is veszélybe kerül.

Egy sorozatgyilkos fantomképe gondot okoz Gibbs egyik barátjának, ugyanis kísértetiesen hasonlít a fiára. Gibbs erre puhatolózni kezd a rendőrségnél, de minden igyekezete ellenére furcsa dolgok derülnek ki. Közben Tony a Bahamákra utazik egy gyakornok kíséretében, hogy elfogjon egy haditengerészt, aki meglépett a támaszpontról 200 ezer dollárral.

Kabulban meggyilkolnak egy tengerészgyalogost. Az áldozat felesége felkeresi Gibbst, és megmutat neki egy videoüzenetet, amelyet a férje egy nappal a halála előtt küldött, ezért arra kéri, hogy foglalkozzon az üggyel. Miután az özvegyhez betörnek, Gibbs és McGee elutaznak Afganisztánba, míg Ziva otthon próbál meg segíteni Vance-nek.

Holtan találják egy hadihajó orvosát. Gibbs csapata nyomoz a hajón, ahol McGee apjába, az alezredesbe botlanak, aki előző nap érkezett oda szemlét tartani. Apa és fia között nem felhőtlen a kapcsolat, mert az alezredes nem sokra becsüli Tim munkáját, ugyanis „aktakukacnak” tartja a fiát. A nyomok közben egyértelműen arra utalnak, hogy a hajóorvost a gyógyszer-nyilvántartás miatt ölték meg, és lassan az is kiderül, hogy kinek a betegségét akarták titokban tartani…

Egy tengerészgyalogos százados férje eltűnik, s csak a levágott gyűrűsujját találják meg a szemétben. Amikor a nőt felhívják és a telefonban lövések hallatszanak, Gibbsék szinte biztosak benne, hogy a férfit már nem találják meg élve, de azért folytatják a nyomozást. Tonyt közben egyre nagyobb nyugtalansággal tölti el Ziva viselkedése, mert érzi, hogy a lány titokban kutakodik apja gyilkosának megbízója után…

Egy Moszad-ügynököt meggyilkolnak egy parkolóházban. Orli Elbaz, a Moszad új igazgatónője jelentkezik Vance-nél, hogy felajánlja az együttműködését az ügyben. Ziva és Tony Berlinbe utaznak, hogy elkapják Ilan Bodnart, de helyette a testvérére bukkannak. Gibbs eközben rájön, hogy Orli Elbaz megpróbálta átverni őt…

Szerencsére Ziva és Tony csak könnyebben sérülnek meg a balesetben. Gibbséknek a belbiztonság megtiltja a további nyomozást, de persze ez Vance igazgatónak nincs ínyére. Ilan Bodnar videoüzenete egy időre félrevezeti McGee-t, de Doki akaratlanul segít megtalálni a helyes irányt. Ziva eközben egyedül vág neki, hogy megbosszulja az apja halálát…

Egy hadihajó szakácsa úgy érzi, hogy megfigyelik, ezért az NCIS-hez fordul segítségért. A nyomozás során kiderül, hogy önként jelentkezett egy olyan programba, amelynek során a megfigyelés hatását tesztelik különböző embereken, csak éppen nem emlékszik erre, mert korábban megtámadták, leütötték és agyrázkódást szenvedett. Közben a Bodnar halálát hivatalból vizsgáló ügyész komoly gondokat okoz Gibbs csapatának…

Parsons ügyész a bizonyítékok manipulálásával és az igazságszolgáltatás hátráltatásával vádolja Gibbst. A csapat Gibbs utasítása ellenére nyomozásba kezd, és kiderítik, hogy Parsons egészen magasan pozicionált emberekről is rendelkezik olyan információkkal, amelyeknek nem lenne jó nyilvánosságra kerülniük. Közben egy haditengerész feleségének csomagot kézbesítenek, amelyben a tiszt erősen radioaktív levágott feje van…