Watson százados feleségét és kislányát elrabolják, őt pedig megzsarolják: amennyiben még viszont akarja látni élve a családját, pontosan kell cselekednie. Az emberrablók 2 millió dollár váltságdíjat követelnek, és web-kamerán keresztül figyelik a kétségbeesett férfit. A százados titkárnője eközben felveszi a kapcsolatot az NCIS-szel és közli, hogy hallotta, amint a számítógép "beszél" a főnökéhez.

Egy tereprendezési terv végrehajtása közben egy munkagép földalatti üregre bukkan, amelyben egy női holttestet találnak. Kiderül, hogy a szerencsétlen nőt láncra verve tartották a föld alatt, egy szépen berendezett szobában. Egy furcsa nyom alapján pedig behatárolható, hogy honnan jöhetett az elkövető. Egy jelentés szerint egy tengerésznő már négy hónapja eltűnt, s az NCIS szerint ugyanaz történhet vele is, mint a már megtalált halott lánnyal.

Nyugat-Virginiában egy gabonamező közepén egy üres katonai helikoptert találnak. A gabonák között furcsa körök vannak és a pilótáknak nyoma sincsen. Ám Gibbs szerint egyértelmű, hogy nem földönkívüliek rabolták el a két századost. DiNozzo-ék később megtalálják az egyiküket, aki azonban láthatóan nem hajlandó együttműködni.

Az NCIS embereit a Norfolk-i bázisra hívják, ahol két matróz egy katonai egyenruhát viselő női holttestet talált. Az áldozatot valószínűleg megerőszakolták, majd megfojtották. Ducky figyelmét különösen felkelti az ügy, mert nagyon emlékezteti egy tíz évvel azelőtti esetre. Akkor az elkövető egy jelet hagyott maga mögött, miszerint egyszer még visszatér.

A Quantico-i katonai bázison haláleset történik: egy bomba tép szét egy civilt. DeLuca őrmester ragaszkodik a baleset tényéhez, de Gibbs és Ducky hamar rájönnek, hogy minden jel szerint a férfi gyilkosság áldozata lett. A tett helyszínén ugyanis egy másik megégett holttestet is találnak, mely már legalább féléves lehet. A NCIS szerint egy valódi sorozatgyilkos temetőjére bukkantak.

Az NCIS feladata ezúttal egy úgynevezett lehetséges célpont védelme. A nőnek ugyanis, aki egykor vadászpilóta volt, felrobbantották az autóját. Az FBI szerint pedig lehetséges, hogy az afganisztáni háborúban véletlenül lebombázott 10 civil életét akarják így rajta megbosszulni.

Ernie Yost tizedes a vitézség rendjéből azt állítja, hogy hosszú évekkel ezelőtt megölt egy tengerészgyalogost, ám mivel a férfi már nagyon koros, nem hisz neki senki. Az NCIS feladata, hogy ebben a zavaros ügyben utánajárjon, vajon tényleg történt-e gyilkosság.

Egy szívműtéten átesett parancsnok a kórházi szobában felgyullad, látszólag saját magától. Abby azonban később kideríti, hogy gyilkosság történt. Dinozzo-ék a hajón kezdik a nyomozást, ahol a parancsnok a halála előtt szolgált, s mint kiderül, a férfit elég sokan nem szívlelték a stílusa miatt.

Egy katonai bázison az egyik tiszt feleségét támadják meg a saját lakásában, és majdnem megerőszakolják. A nő lelövi a támadóját, majd azt állítja, hogy még soha nem látta azelőtt. Ám a kórházban a félig eszméletlen állapotban fekvő súlyos sérült közli, hogy mindez csak egy játék volt és éppen, hogy a nő hívta fel magához... Gibbs-ék szerint az egyikük pedig bizonyosan nem mond igazat.

Két rab megszökik, amikor egy rabszállító sofőrje hirtelen rosszul lesz. Az egyikük azonban Tony, aki beépített ügynökként vesz részt az akcióban. Az NCIS ugyanis úgy intézte, hogy a rabok elmenekülhessenek, s az egyikük elvezesse őket számos elrabolt műkincshez, amin a források szerint 48 órán belül túladnak. A nyomkövető azonban felmondja a szolgálatot, így Tony-ra még nagyobb felelősség hárul.

Brian McAllister hadnagy eltűnése újra előtérbe kerül, amikor egy magánnyomozó azt állítja, hogy nagyon közel jutott a megoldáshoz. McAllister-nek immár két éve nyoma veszett, s akkor tetemes összeget ajánlottak fel a nyomravezetőnek. Gibbs és csapata a Fekete-tóhoz mennek, ahonnan a vízből egy autót emelnek ki, melyben emberi csontokat is találnak. Kétséget kizáróan a hadnagy csontvázát találták meg, már csak azt kellene kideríteni, hogy vajon gyilkosság történt-e.

Egy altisztet meggyilkolnak mialatt az éppen egy telefonos operátorral beszél. Az operátor pedig azonnal értesíti a rendőrséget, amikor a telefonban erőszakos dulakodás hangjait hallja. Gibbs-ék a helyszínen azonban nem találnak holttestet, csak gyilkosságra utaló jeleket. Ám az idő előrehaladtával a bizonyítékokból egyre inkább az derül ki, hogy az altiszt megrendezte a saját halálát, és úgy intézte, hogy legyen egy a fültanú is.

Egy hordó kerül elő, benne három, a felismerhetetlenségig szétszabdalt holttesttel. Ducky a boncasztalnál jön rá, hogy az egyikük talán Michael Grant államügyész lehet, akinek egykor egy speciális műtéti beavatkozása volt. Ducky tanúskodott egy ügyben, ahol Grant volt az államügyész és feltehetőleg a másik két áldozat is részt vett a tárgyaláson. Az elítélt azonban már halott, de a Ducky retteg attól, hogy valaki az életére tör. Hamarosan pedig újabb hordót találnak.

Egy nő szemtanúja lesz egy kegyetlen gyilkosságnak, amint a szomszédját megfojtják. A rendőrség azonban semmilyen erre utaló jelet nem talál. Az áldozat a nő szerint ráadásul katona volt, mert egyenruhát viselt. Az NCIS hamar kideríti, hogy a gyilkosság valóban megtörtént, majd egy matracban fegyverek tárolására alkalmas rejtett dobozra bukkannak.

Egy katona holttestére találnak az egyik nemzeti parkban. A parkőr szerint a jelek véletlen balesetre utalnak, ám Gibbs természetesen nem hisz a véletlenekben. Moore őrmestert a tettes baseball ütővel vágta fejbe, mint az a részletes vizsgálatok során kiderül. A potenciális gyanúsítottak között található az őrmester felesége és barátja, akikkel Moore együtt volt kempingezni. Az időközben előkerült videofelvételen pedig jól látható, amint kempingezés közben összetűzésbe keverednek egy férfival.

Egy altiszt holttestét találják egy férfi lakásán, aki azt állítja, hogy ő nem az áldozattal tért haza az éjjel, hanem egy másik nővel. Bár mindkét szóban forgó lányt Amanda-nak hívják, mégis több bizonyíték is a férfi ellen szól. Abby-n van tehát a sor, hogy kiderítse, vajon a férfi igazat mondott-e vagy sem, miközben az NCIS emberei egy éjszakai bárban kezdik a nyomozást.

Egy fiatal lány postai küldeményként, egy tökéletesen eltávolított és szakszerűen tartósított emberi szempárt kap. A csomagot Paraguayból adták fel és gyaníthatóan nem a lánynak szánták, csak a postás kézbesítette rosszul. Rövidesen kiderül, hogy a kellemetlen ajándékot egy altiszt kapta volna. Az NCIS természetesen a férfi lakásán kezdi a nyomozást, aki értetlenül áll az eset előtt.

Egy bikinis szépségversenyen az egyik fellépő hölgyet holtan találják egy közeli nyilvános mosdóban. Az áldozat Tiffany Jordon altiszt, akiről később kiderül, hogy állapotos volt. Lisa, a lány barátnője nem sok információval tud szolgálni, de a barátja szemtelensége felkelti Dinozzo figyelmét. Eközben arra is fény derül, hogy egy férfi, akit alig két hete engedtek ki a börtönből, számos levelet írt Tiffany-nak, melyek arra utalnak, hogy mániákusan és betegesen vonzódott a lányhoz.

Georgetown-ban egy altisztet támadnak meg az otthonában. Jessica Smith azt állítja, hogy egy terepszínűruhás ember volt az, aki az életére tört. A lány látszólag zavarodott, és azt állítja, hogy állandóan figyelik és folyamatosan lehallgatják. Gibbs és csapata a helyszínre utaznak, hogy kivizsgálják a furcsa esetet. Nem sokkal ezután azonban, egy kétségbeesett telefonhívást követően felakasztva találják Smith altisztet. Majd kiderül, hogy az FBI is nyomoz az ügyben.

Egy részeg hallgató, egy főiskolai beavató buli közben rátalál egy holttestre. A szerencsétlenül járt kadét pedig nem más, mint a kiváló katona, Turner őrmester. A vizsgálatok bizonyítják a gyilkosságot, ráadásul az is kiderül, hogy az áldozatot a halála előtt még meg is kínozták. Turner valóságos zseni volt: matematikából és fizikából is sokkal előrébb járt a társainál. A számítógépén az NCIS hamarosan talál is egy kódolt e-mailt, amelyben közlik Turner-rel, hogy meg fog halni.

Miután egy altiszt életét veszti Irakban, az általa bérelt raktárban a lány, akire a személyes dolgait hagyta, az autóban egy csontvázat talál. A lány szerint Justin Dobbs altisztnek egykor köze lehetett egy harmadéves diáklány eltűnéséhez, amit azonban a rendőrség soha nem tudott rábizonyítani. Eközben azonban az altiszt katonatársai elismerően nyilatkoznak Justin Dobbs-ról, s kizártnak tartják, hogy köze lenne bármilyen gyilkossághoz. A csontvázról pedig egyértelműen kiderül, hogy az eltűnt lányé.

Az NCIS egy különleges ügynökének címezve érkezik egy boríték, amelyen egy rúzsfolt is található. Dinozzo persze a hatalmas egoizmusától vezérelve, azonnal kinyitja a levelet, amelyből fehér por száll ki. Az NCIS épületét lezárják, Dinozzo-t és Kate-et pedig alapos kivizsgálásra kórházba szállítják. Kiderül, hogy a borítékban egy genetikailag módosított vírust, egy speciális pestisfajtát küldött a feladó. S az ellenszer elküldésének feltétele, hogy az NCIS nyilvánosságra hoz egy régi aktát.

Szabályosan kivégeznek két hadnagyot egy országúton, amikor azok szabadságra mennek. Az autó alján ráadásul robbanószert rejtettek el és, ha egy véletlen folytán az éppen munkába álló Tony nem veszi észre, akkor több ember halálát okozta volna. Kiderül, hogy a gyilkosság csak álca volt, mert a fő célpont az NCIS és a különleges ügynökei. Egy Gibbs felett álló személy ráadásul célzást is tesz arra, hogy valószínűsíthetően ennél sokkal komolyabb dolog áll az ügy hátterében.