A Gibbs csapat új ügynököt keres Ziva helyére, azonban Tony úgy dönt, hogy egy kis magánnyomozást folytat az ügyben. Később Abby és McGee is csatlakoznak a nyomozáshoz, és hamarosan kiderítik, hogy Ziva meghalt. Tony azonban nem akarja ennyiben hagyni a dolgot, így a csapat elindul bosszút állni Ziva gyilkosán. McGee-t és Tony-t elkapják, de hamarosan kiderül, hogy Ziva rejtélyes módon életben maradt.

Az NCIS egy hármas gyilkosságban nyomoz, ahol az áldozatok állítólag egy legénybúcsún voltak, ám kiderül, hogy az esküvőt már rég lefújták. Eközben Ziva próbál visszakerülni a csapatba, ám ez nem megy neki olyan könnyen.

A tengerből egy holttest bukkan elő, ami feltehetőleg a Damokles-ről származik. Mindenki úgy tudja, hogy a hajón nem maradt túlélő, de az NCIS ismer valakit, aki túlélte a süllyedést. A halott tengerészgyalogos nem vízbefulladt, hanem lelőtték, így az NCIS kérdőre vonja Ziva-t aki egy Moszad ügynökkel együtt túlélte a balesetet, ő azonban nem beszélhet az ügyről, mert azzal hazaárulást követne el. Ziva végül tisztázódik, belőle is hivatalos NCIS ügynök lesz, és minden kapcsolatot megszüntet a Moszaddal.

Halloween előtti éjszakán holtan találnak egy tengerészgyalogost a kocsijában. Kiderül, hogy az áldozatot mérgezték és megverték még Irakban, mert nagy mókamester volt és a trükkjeivel veszélybe sodorta a társait, azonban úgy tűnik, hogy a halálának nem is a munkájához, inkább a zűrös családjához volt köze.

Gibbs hajóját megtalálják egy kikötőben két holttesttel a felszínén. Kiderül, hogy Gibbs a hajót a keresztlányának, Frank unokájának adta. Mikor azonban Mexikóba érnek rádöbbennek, hogy Mike Frank egész családjával együtt felszívódott.

Egy katonai cirkáló vitorlásra bukkan a nyílt vízen, s a fedélzeten két holttestet találnak. Az NCIS-t riasztják az esethez. Leon gyorsan rájön, hogy Gibbs egyik hajójáról van szó, amelyet még a keresztlányának adott, és Mike Franksnél hagyott Mexikóban. Gibbs és Leon mindent megtesz azért, hogy igazolja: Mike önvédelemből lőtte le a két férfit.

Leon Vance személyesen látogat el egy gyilkossági helyszínre, amelyen az egész csapat nagyon meglepődik. Később azonban kiderül, hogy felismerte a módszert, amellyel az orvost meggyilkolták. Kait, a koreai kormány által kiképzett bérgyilkost ugyanis egy korábbi akcióban meglőtte. A csapat rájön, hogy Kai azokon akar bosszút állni, akik érzéketlen gyilkológéppé tették.

A csapat ezúttal szó szerint a sötétben tapogatózik: egy internetszolgáltató elleni támadás során egész Washingtonban elmegy az áram. A központban később egy hadnagy holttestére bukkannak, aki maga is részt vett a szabotázsakcióban. Áram nélkül azonban egyetlen elektronikus berendezés sem működik, s a csapatnak régimódi módszerekhez kell folyamodnia.

Egy kukoricaföld közepén két kisfiú játék közben egy tengerészgyalogos holttestére bukkan. Az őr vezetőt egy póznához kötözték, a fejére zsákot húztak, a jobb kezét pedig levágták. Az NCIS csapata rájön, hogy a férfi kezét ahhoz használták, hogy egy szigorúan őrzött kormányépületbe jussanak be az ujjlenyomatának a segítségével.

Egy tengerészgyalogost egy imaszőnyegen kuporogva, a fején egy tompa tárggyal ütött sebbel, halálra fagyva találják meg kirándulók. Majd hamarosan kiderül, hogy a férfi nemrég tért át az iszlám hitre. Több gyanúsított is szóba jöhet, hiszen a felesége csalta a tengerészgyalogost, az édesapja pedig nem nézte jó szemmel, hogy más hitre tért át. Eközben Gibbs édesapja látogatóba érkezik karácsonyra.

Az erdőben két erdész holttestet talál. Rövidesen kiderül, hogy a férfi a haditengerészet pilótája volt, aki szabadidejében különböző cégeknél vállalt teszt-pilóta feladatokat. A holttest körül háti rakéta darabjait találják meg, ám a két rivális cég számára is ismeretlen alkatrészekre nincs magyarázat. Gibbs ekkor úgy dönt, hogy McGee vezesse a nyomozást.

A Szaúdi királyi család sarja, Saif herceg az Egyesült Államok tengerészgyalogságának egyik bázisán kap repülőpilóta kiképzést. A hangár mellett azonban felrobban a herceg autója, s a testőre az életét veszti. Az NCIS úgy véli, hogy merényletet terveznek a herceg ellen, ezért megszervezik az őrzését és megkezdődik a nyomozás. Az ügyet azonban az is bonyolítja, hogy Tony apja megérkezik a városba.

Tony és Ziva különleges megbízást kapnak. Egy sikkasztási ügy szemtanúját kell épségben az Egyesült Államokba kísérniük. Rövidesen kiderül azonban, hogy a repülőgépen velük együtt utazik a tanút követő gyilkos is.

A rendőrség egy katona autóját üldözi, ami felrobban. Az NCIS radioaktív anyagot talált a kocsiban de nem volt veszélyes a sugárzás. A nyomozás közben megtalálják a katona öccsét de kiderül, hogy az ügyvéddel tárgyalt aki már korábban megpróbálta akadályozni Gibbs nyomozását. Később Ducky kideríti, hogy a kocsiban nem az autó tulajdonosa ült hanem egy másik katona. Eközben Tony-ék egy raktárra bukkannak ahol nemrég bombát gyártottak.

Egy országúti fuvarozással foglalkozó vállalat egyik sofőrjét meggyilkolják. A társa, aki évekkel korábban tengerészgyalogosként szolgált, Gibbs segítségét kéri az igencsak zűrösnek tűnő ügyben. Az NCIS azonban ezúttal kénytelen az FBI közreműködésével nyomozni, s ez korántsem alakul zökkenőmentesen.

Gibbs ügynök és csapata ezúttal egy ezredes meggyilkolásának ügyében kezd el nyomozni. A dolog érdekessége, hogy a halott férfi özvegye Gibbs anyósa. Valami azonban nem stimmel a vallomásával, és ez mindenki számára nyilvánvalóvá válik. Kérdés, hogy Gibbs hajlandó-e összetűzésbe kerülni az öregasszonnyal.

Amikor egy tengerészgyalogos lövöldözésbe keveredik, majd az életét veszti, természetes, hogy az NCIS-csapata kezd bele a nyomozásba. Ám ahogy egyre mélyebbre ásnak az áldozat múltjában, mind különösebb dolgokra bukkannak, s Gibbs és társai számára világosság válik, hogy a tiszt jó ideje kettős életet élt, s viselkedése igencsak rossz fényt vetett a tengerészetre.

A tengerparton egy több napja halott búvár holttestére találnak. A csapat a partiőrség segítségével kezd nyomozni.

Gyilkosság történik az NCIS poligráf-specialistájának éjszakai műszakja alatt. Majd kiderül, hogy a nő párhuzamosan máshol is alkalmazásban áll. Így hát, Gibbs-nek és a csapatának kell kiderítenie, hogy mi is történhetett...

Jeffrey Hutton százados eszméletlen állapotban hajt bele egy kórház előtt parkoló autóba, s mire az orvosok odaérnek hozzá, már az életét veszti. Az NCIS csapat kapja a feladatot, hogy kiderítsék, vajon mi is történhetett. Tony rájön, hogy a férfi testvére, Dana Hutton, aki a CNN riportere, már pár napja eltűnt, miközben a legjobb barátja és mentora néhány napja az életét vesztette...

Egy roncstelep tulajdonosa és annak unokája, egy autó összepréselése során azt veszik észre, hogy vér szivárog a kocsiból. Az NCIS-hez kerül az eset, mert egy levágott lábú tengerészt találnak a csomagtartóban. Abby-t eközben nélkülözniük kell, mert meghívják Mexikóba, hogy tartson az ottani kollégáknak előadást a halott ügyekről.

Az NCIS csapatát valósággal sokkolja a hír, hogy az egyik munkatársuk gyilkosság áldozatává vált. Ám a nyomozást mindenképpen nekik kell lefolytatniuk. Gibbs ekkor meglepő összefüggést talál a bűntény körülményeivel kapcsolatosan...

Az előző rész folytatása! A gyilkossági nyomozás kapcsán a szálak Mexikóba, egy veszélyes drogkartellhez vezetnek, ezért Gibbs úgy dönt, hogy saját maga veszi kézbe az ügyet. Később aztán kénytelen felrúgni az írott és íratlan szabályokat, majd a meggyőződése ellen cselekedni, hogy ezzel a lépéssel megvédhesse a csapatát...