Egy hotelben felrobban egy bomba ami megöli a SecNav-et és megsebesíti Tom Morro-t és Delilát McGee barátnőjét. Gibbs megbízatása véget ér és hazajön. Tony Izraelbe akar utazni Ziva-hoz amikor valaki rálő.

Tony Izraelbe megy megkeresni Ziva-t, ezért együtt kell működnie a Moszaddal. Az új haditengerészetért felelős miniszter gyors eredményeket vár a csapattól, de hónapok múlva sem tudják még, hogy ki adott megbízást a robbantásra. Gibbs-ék azonban mégsem adják fel.

Egy haditengerész öngyilkos merényletet tervez. Illegális robbanószert vásárol, kibérel egy kisrepülőgépet és elindul a célpontja felé olyan alacsonyan, hogy a radarok ne tudják érzékelni. McGee-nek azonban zseniális ötlete támad, pedig igazán nincs jó formában, ugyanis elvesztette az igazolványát.

Egy afganisztáni nő meggyilkolása kapcsán Mike Franks menyéhez vezetnek a szálak. Gibbs pedig visszaemlékszik, hogy két évvel korábban Mike kért tőle egy szívességet, amit nem tudott teljesíteni. Ezért most elutazik Kabulba, hogy személyesen járjon utána a dolgoknak.

DiNozzo képtelen aludni, mert nem bírja kiverni a fejéből Ziva-t, és ez rányomja a bélyegét a munkájára is. Egy halott haditengerész mellett talált rágógumi pedig tizenöt évvel korábbi emlékeket juttat eszébe, és kiderül, hogy a két eset közt összefüggés van.

Egy tengeri fúrótorony felrobban, és egy tengerész az életét veszti. A nyomozást a parti őrség részéről Borin ügynök vezeti, és Gibbs-nek feltűnik, hogy a nőt lelkileg mennyire megviseli a dolog. Dokit is kiborítja közben egy furcsa sípolás, és az, hogy képtelen megtalálni a hang forrását.

Elsőre úgy tűnik, hogy véletlenül lett egy rablás áldozata Dawson szakaszvezető, de azért felmerülnek tisztázatlan kérdések az ügyben. Gibbs-nek a fiúkra kell bíznia a nyomozást, mert sürgősen az apjáért kell mennie. Az öreg Jackson ugyanis ragaszkodik ahhoz, hogy együtt látogassák meg azt a pilótát, aki megmentette őt a háborúban. DiNozzo és McGee persze egymással rivalizálva ássák bele magukat az ügybe.

A haditengerészeti támaszponton cserbenhagyásos gázolás történik. Gibbs-ék hamar megtalálják az autót, de a tulajdonos azt állítja, hogy nem ő vezette. Felfogadott ügyvédje ellenőrzi és igazolja védence alibijét, de hiába is régi ismerőse Gibbs-nek, az ügyvédi titoktartás miatt nem mondhatja el, ami a tudomására jutott. A nyomozás közben Tony-ról kiderül, hogy egy anonim alkoholistákat támogató csoport tagja.

A haditengerészetért felelős miniszterasszony zsebében bepoloskázott tollat találnak. DiNozzo közben rálel a Nemzetbiztonsági Hivatal egyik elemzőjének, Ellie Bishop-nak a két évvel korábban készült anyagára, amelyben megjósolja egy ilyen eset előfordulásának lehetőségét. Gibbs ragaszkodik hozzá, hogy Bishop részt vegyen az ügy felderítésében, bár senki nem érti, hogy miért.

Bishop elég jól veszi az akadályokat, amelyekkel az első napokban szembesül. Egy meggyilkolt tengerészgyalogos ügyében nyomozva Gibbs legnagyobb csodálkozására Fornell ügynököt újra volt feleségükkel, Diane-nal találja. Azon pedig már mindketten megdöbbennek, hogy a nő korábbi barátja és az ügy szálai összefonódást mutatnak.

Már nagyon karácsonyi hangulatban van az egész csapat, amikor McGee megtudja egy Afganisztánból épp hazaérkezett barátjától, hogy kislánya megbetegedett. Kiderül, hogy más haditengerészek gyermekeit is megtámadta egy furcsa kór. Járványtani ismereteivel Jimmy Palmer is segíteni tud Abby-nek a laborban. Vance igazgató eközben egyáltalán nem örül annak, hogy Jackie apja látni akarja az unokáit, és durván elküldi, de az ünnep mégis megenyhíti a szívét.

Egy haditengerész dróntámadás áldozatává válik, s a szálak egy korábbi afganisztáni akcióhoz és Behnam Parsa-hoz vezetnek. A csapatnak az ügyben a Védelmi Minisztériummal közösen kell nyomoznia, ezért az NCIS központjába Gibbs "majdnem exe" érkezik - ahogy a fiúk Hollis Mann alezredest nevezik. McGee mondvacsinált okokra hivatkozva nem akar elmenni Delilah-val a hírszerző gálára, de egyrészt Abby hatására, másrészt mivel az ügy is jól halad, mégis elkíséri a lányt.

McGee nem tudja feldolgozni, hogy Delilah megsebesült, mert saját magát hibáztatja, főleg amikor kiderül, hogy a lány a gerincsérülése miatt tolószékbe kényszerül. Gibbs-ék közben mindent elkövetnek, hogy Parsa nyomára bukkanjanak. Együttműködve a nemzetbiztonságiakkal egy pakisztáni telefonhívás nyomán eljutnak ahhoz az emberhez, aki segített a terroristának kijutni a városból. Sajnos azonban a "szállító" a saját jól megfontolt érdekében sem tudja Parsa úticélját.

A Parsa utáni hajsza folytatódik, és Bishop egyre jobban belelovallja magát az ügybe. A nő ekkor kénytelen bevallani Gibbs-nek, hogy már hat éve foglalkozik a terroristával, és már nemcsak a szörnyet látja benne, hanem az embert is. Végül a katonaság villámakciója segítségével sikerül elkapniuk Parsa-t, aki hajlandó kiadni minden információt egyetlen feltétellel: beszélgetni akar Bishop-pal.

Egy felborult kisteherautóból fegyverek és golyóálló katonai mellények kerülnek elő, és ez utóbbiakról kiderül, hogy hibásak. Gibbs-ék sajnos már csak a sofőr holttestét találják meg. A nyomok egy szolgálathoz vezetnek, amelyik a külföldön állomásozó katonákhoz juttatja el az otthoni csomagokat. Az NCIS-nek erről a Védelmi Minisztériumot is értesítenie kell, ezért kapóra jön, hogy Delilah, aki most szokja az életet a kerekesszékben, épp meglátogatja McGee-t.

Tony-nak és az apjának találkozóját megzavarja egy incidens, amelynek következtében DiNozzo nem foglalkozhat az üggyel, pedig érdekes dolgok derülnek ki a férfiról, akit lelőtt. Nyomozás közben az Adams hotelben McGee és Bishop meglátják Tony apját egy fiatal terhes nővel, amely persze újabb bonyodalmat okoz.

Jimmy nagy izgalommal várja, hogy megszülessen a gyermek, akit örökbe készülnek fogadni. Tony-t közben az apja felkéri, hogy szervezze meg az esküvőjét, de még ezelőtt egy óriási megrázkódtatáson kell átesnie. A saját lakásában védőörizetben tartott kiöregedett rockénekes nagyon otthonosan érzi magát, ami nem marad következmények nélkül.

Dan McLane képviselő, volt NCIS ügynök holttestét New Orleansban találják meg. Dwayne Pride, akit mindenki "Király"-nak hív, valamikor egy csapatban volt Gibbs-szel, ezért most is hozzá fordul segítségért. Még mielőtt Gibbs-ék belefolyhatnának a nyomozásba, az FBI lefoglalja a tetemet és elviszi az NCIS központjából. Gibbs persze azonnal elutazik Pride-dal New Orleansba, és magával viszi Bishop-ot, míg DiNozzo és McGee Washingtonból segítik a nyomozást.

A kibővített csapat a "Kiváltságos"-nak nevezett gyilkos módszerét másoló tettes után nyomoz, New Orleans-ban és Washingtonban egyaránt. Ahogy egyre közelebb kerülnek a megoldáshoz, annál furcsább dolgokra derül fény. Pride és Gibbs nehéz perceket élnek át, de Tony-nak sem könnyű, mert valaki egy vudu babát küld a számára.

Tony és McGee együtt kezdenek méregtelenítésbe, amely nem tesz jót a hatékonyságuknak, pedig egy nagyon szövevényes ügyet kellene megoldaniuk. Egy halott haditengerész után nyomozva kiderül, hogy a férfi megpróbált segíteni egy tiszttársának, egy lánynak, aki szexuális erőszak áldozata lett, de nincs rá bizonyítéka, mert bedrogozták. A lány szégyelli a történteket, és nem hajlandó együttműködni, de Abby-nek végül sikerül elnyerni a bizalmát.

Roe szakaszvezető szenvedélyes fotós. Egyik Afganisztánban készült képe miatt egy katonát bíróság elé állítanak. Roe a per koronatanúja lenne, de nem jelenik meg a tárgyaláson. A holttestét nem sokkal ezután egy hajléktalanok lakta háztömbben találják meg, a halál oka heroin-túladagolás, és látszólag öngyilkosság történt. Mivel McGee egy bőrbetegség miatt pár napig nem borotválkozhat, így neki kell beépülnie a hajléktalanok közé.

Kendall admirális megkéri Vance igazgatót, hogy segítsen hazahozni Marseille-ből a lányát, Amanda-t, akiért nagyon aggódik, mert rossz társaságba keveredett. Vance ekkor egy internetbiztonsági konferencia ürügyén DiNozzo-t küldi Európába. McGee és Bishop is csodálkoznak, hogy miért épp őt, de közben meg kell oldaniuk egy gyilkossági ügyet, ezért nem sokat foglalkoznak a dologgal. Tony azonban komoly bajba kerül Marseille-ben, és nagy szüksége lesz a csapat segítségére.

A haditengerészet egyik úszó börtöneként működő hajóján tűz üt ki, és megszökik két rab. Mivel Gibbs-nek sajnos meghal az édesapja, így el kell utaznia Stillwater-be, a csapat ezért nélküle kezdi el a nyomozást. Vance igazgató kifejezetten megtiltja, hogy szóljanak a főnöknek, azonban csakhamar kiderül, hogy az ügy nagyon is Gibbs-re tartozik.