Miközben az NCIS minden egyes tagja próbálja magát túltenni Kate értelmetlen halálán, addig Gibbs-t szörnyű rémálmok gyötrik a balul sikerült akcióval kapcsolatban. Ám most mindannyiuknak az a feladata, hogy forró nyomon szerezzenek meg minden lehetséges információt Todd ügynök gyilkosáról, a terrorista Ari-ról. S ráadásul Gibbs-szel olyan hírt közölnek, ami még a magánéletére is nagyban kihat.

Ari Haswari – hogy még nagyobb fájdalmat okozzon Gibbsnek – elrabolja Dokit. Gibbs közben ráállítja Tonyt Zivára, később pedig valaki rálő Gibbsre és Jennyre Haswari terepjárójából. Ziva találkozót beszél meg Arival, és – miután Ari puskát szegez Gibbsre és bevallja Kate megölését – lelövi.

Évekkel ezelőtt Gibbs ügynök volt az, aki elkapott egy aberrált kéjgyilkost, akitől minden nő rettegett Georgetown-ban. Kyle Boone már csak a kivégzésére vár a siralomházban, amikor az utolsó kívánsága az, hogy találkozhasson Gibbs-szel. Ám miután a férfi továbbra sem vallja be, hogy hová rejtette el áldozatait, az NCIS csapatnak a saját módszereivel kell megoldania az ügyet.

Egy, a polgárháború idejéből származó koporsóban találnak egy viszonylag friss holttestet, mellette pedig egy mobiltelefont. A törzsőrmester minden valószínűség szerint hullarablásba keveredhetett. Ziva eközben teljes értékű NCIS ügynökként tér vissza Gibbs főnökének parancsára. Gibbs azonban nehezen barátkozik meg a gondolattal, hogy Ari féltestvérével dolgozzon.

Amikor egy tiszthelyettest agyonlőnek az autópályán, az NCIS nyomozásba kezd. Az első nyom az a tény, hogy az áldozat kettős életet élt, ezért Gibbs-ék ezen indulnak el. Ám fordul a kocka, amikor kiderül, hogy az áldozat búcsúlevelet is hagyott. Ez pedig új megvilágításba helyezi a dolgokat.

Az NCIS elvállal egy igen különleges ügyet, amikor is egy tengerész feleségét megölik az Interneten keresztül. A nyomozás alatt kiderül, hogy további két feleség, akik ugyancsak Internetes élőszex-oldalt látogattak pedig eltűntek. Amíg a csapat a keresésükre indul, megpróbálják lenyomozni az ügyben érintett rendszergazdát és fényt deríteni az állítólagos gyilkosságra.

Egy vidámparkban eltűnik egy kisgyermek édesapja. A férfi sorhajóhadnagy, akinek a hatéves kisfia hívja fel az NCIS-t. Kiderül, hogy a férfi egy titkos projekten dolgozott, s talán ezért rabolhatták el. A fiú leírása alapján pedig az is világossá válik, hogy FBI ügynököknek kinéző férfiak figyelték őket.

Egy bérgyilkos-házaspár autóbalesetet szenved, majd mindketten az életüket veszítik. A jelek szerint azonban éppen Washingtonba készültek, ahol egy katonákkal teli rendezvényre voltak hivatalosak, s feltételezhetően egy magas-rangú vezetőt szándékoztak megölni. Tony és Ziva ezért átveszik a helyüket.

Kellemetlen helyzetbe kerülnek a NCIS emberei, amikor is Tony válik gyanúsítottá egy gyilkossági ügyben. Quantico-ban ugyanis egy nő holttestére bukkannak és a nyomok egyértelműen DiNozzo bűnösségére utalnak. A csapat tagjai persze minden követ megmozgatnak, hogy bebizonyítsák társuk ártatlanságát, miközben sejtik, hogy Tony-t minden bizonnyal csapdába csalták.

A vezérkari főnököt már jó ideje egy bizonyos radikális emberi jogi csoport fenyegeti, amikor McGee három lövéssel végez egy valószínűsíthető merénylővel. Az újoncot nagyon megviseli az eset, miközben minden jel arra utal, hogy McGee hibázott. Ráadásul a boncolás során kiderül, hogy az áldozat egy John Benedict nevű álruhás rendőrnyomozó. Az NCIS emberei Gibbs vezetésével pedig mind azon vannak, hogy a próbaidős McGee nevén ne essen csorba.

A tengerészeti bázison egy valóság-show-t forgatnak, amikor az egyik modell rejtélyes körülmények között az életét veszti. Az NCIS csapatára vár hát a feladat, hogy megtalálják a szupermodell gyilkosát. A nyomozás kezdetén pedig azonnal világossá válik számukra, hogy a szerencsétlenül járt áldozat egy szerelmi háromszög egyik tagja volt. Eközben Shepard igazgatónő megorrol Gibbs-re, amiért az nem hajlandó részt venni egy fontos díjkiosztó ünnepségen.

Egy akció során Tony és Ziva bennreked egy fém konténerben, amikor éppen csempészeket akarnának lebuktatni. Miközben Ziva nagyon rosszul lesz, mert nem bírja a bezártságot, Tony nyomozni kezd odabent, hátha talál valami említésre méltót a DVD filmek mellett. Bomba helyett azonban egy hatalmas láda hamis pénzre bukkannak.

Az NCIS központjában megszólal a telefon... Wilkerson hadnagy az, és azonnal szüksége van segítségre, mert elrabolták, majd ezzel meg is szakad a hívás. Gibbs persze értesíti Wilkerson felettesét, aki elmondja neki, hogy a nő részt vett egy nukleáris szállítmány megtervezésénél. Közben pedig kiderül, hogy Wilkerson egy civil szervezetnél is dolgozik, akik pedofilokat kapnak el az interneten keresztül.

A NCIS csapata egy felettébb kényes ügyben folytat nyomozást. Két tengerészgyalogos feleségével végeztek különös kegyetlenséggel, és minden jel arra utal, hogy sorozatgyilkossal van dolguk. Így a nyomozóknak nemcsak az elkövetőt kell megtalálniuk, hanem versenyt kell futniuk az idővel, hogy nehogy bekövetkezzen az újabb tragédia.

Gibbs és a csapata egy autószerelő-műhelyt számolnak fel, ahol a tengerészet katonái drága kocsikat bontottak szét, és adtak el alkatrésznek. Az akció során azonban egy hűtőládát is találnak, amelyben egy nemrégiben elhunyt kapitány feje van. A felesége elmondja, hogy a kapitány hamvait a kívánsága szerint a négy égtáj felé szórták szét. De Gibbs szerint a teste bizonyosan nem lett elhamvasztva, ezért elkezdik kutatni az összefüggéseket.

Egy mentőautó, amelyben egy tengerész holttestét szállítják, felrobban. Gibbs és a csapat azonnal megállapítják, hogy az áldozat Lance Corporal Danforth volt. Hamarosan azonban felbukkan egy szemtanú, aki szerint a tiszt még él, s az NCIS tagjai is arra a következtetésre jutnak, hogy valószínűleg egy másik katona halt meg a balesetben.

Egy altiszt szétmarcangolt hullájára bukkannak ez egyik nemzeti parkban, s a jelek szerint a férfival egy medve végzett. Doki azonban a boncolás során kideríti, hogy a férfi már jóval a medvetámadás előtt halott volt: minden bizonnyal szíven szúrták. Hamarosan az is kiderül, hogy több fiatal lány tűnt el a park azon területén, és mindannyian feltűnően hasonlítanak egymásra.

Egy 15 éves fiú túszokat ejt az iskolája egyik tantermében, miközben azzal fenyegetőzik, hogy felrobbantja magát és a többieket, ha nem kerítik elő az édesanyját. Mivel Gibbs önszántából bevonul túsznak, DiNozzo veszi át a főnök szerepét. Kiderül, hogy a kamasz édesanyja már korábban meghalt, ugyanakkor a fiú nem önszántából cselekszik. Minden bizonnyal valaki irányítja...

Egy befagyott tó jege alatt két fiatal egy holttestre bukkan. Amikor pedig az NCIS a helyszínre érkezik, további holttestek kerülnek elő. Rövidesen kiderül, hogy a későbbi három áldozatot az elsőnek előkerült főtörzsőrmester fegyverével lőtték le. Hamarosan számos fegyvert is találnak a tóban, és egy gyilkos golyót, amely újabb bonyodalmakat okoz.

Egy kódfejtőt, akinek tanúskodnia kellett volna egy ügyben, holtan találnak saját házában. A hadnagy minden bizonnyal fejbe lőtte magát, vagy legalábbis minden jel erre utal. Gibbs szerint mégis gyilkosságról van szó, ami viszont azt jelenti, hogy tégla van a Pentagonban?

Miközben Abby az NCIS csapatával karöltve egy szokványosnak mondható gyilkossági ügyön dolgozik, valaki az életére tör. Gibbs-ék számára nyilvánvaló, hogy Abby túl közel kerülhetett egy eset megoldásához, ezért akarják őt mindenáron eltenni láb alól. A kétségbeesett csapattagok azonnal belevetik magukat a nyomozásba, hogy versenyt fussanak az idővel, a tét pedig ezúttal a barátjuk élete.

Ziva és Tony egy gyanúsítottat kísér be az NCIS központba, de mivel a férfi nem akar beszállni a liftbe, Ziva kénytelen erőszakot alkalmazni. A férfi azonban később meghal, Gibbs pedig nem tudja eldönteni, hogy Ziva felelős-e a haláláért. Az NCIS igazgatóját nem sokkal ezután elrabolják, méghozzá a halott férfi bátyja, aki az öccsére és a lefoglalt nagy értékű drogra akarja lecserélni a túszát.

Egy akció során Gibbs nagyon súlyosan megsérül egy hajón történt robbanásban. Miközben a kezelőorvos szerint az állapota teljesen rendben van, Gibbs mégsem akar felébredni a kómából. A főnök nélkül az NCIS persze a feje tetejére áll. Többek között Abby és Ziva felpofozzák egymást, DiNozzo pedig nehezen bír a csapattal. Eközben az is kiderül, hogy a robbanás után talált holttest egy beépített NCIS ügynöké volt.

Gibbs végre magához tér, de nem emlékszik a történtekre. A doktor szerint bizonyosan lelki eredetű az amnéziája, de Gibbs úgy tűnik, hogy az elmúlt 15 évre nem emlékszik, és azt sem tudja, hogy jelenleg az NCIS ügynöke. Kiderül, hogy Gibbs-nek volt egy lánya az első feleségétől, de meghalt, amikor Gibbs harcolt a Sivatagi Viharban. Eközben a nyomozás halad, a hajó kapitánya felismer egy terroristát, aki az NCIS beépített ügynökének adta ki magát.