Tonyt eszméletlenül találták: életét golyóálló mellénye mentette meg, s fegyvere tanúsága szerint ő is lőtt kétszer, ám nem emlékszik semmire. Mivel egy másik NCIS-ügynök véres jelvényét találják a helyszínen, Gibbs Kate nővérét hívja segítségül az amnézia feloldására. A beszélgetés során egy titkos megbízatás részleteire derül fény.

Thomas Hill közlegény egy meglepetésbulira érkezett meg több szúrt sebbel, amelyekbe bele is halt. Miközben a csapat az ügyön dolgozik, Tony bűntudatosan egy középiskolai osztálytársát próbálja felkutatni, akit emlékezete szerint gatyájánál fogva felakasztott egy zászlórúdra annak idején.

A meggyilkolt tengerészgyalogos tárcájából Tim névjegykártyája kerül elő, ráadásul az ő nagymamájával beszélt utoljára az áldozat telefonon. Mint kiderült, Booth hadnagy a temperamentumos nagyi tanítványa volt.

Egy furgon által elütött férfiről azt feltételezik, hogy hírhedett bérgyilkos volt. A következő kiszemelt áldozatra Ziva vigyáz, de a tiltakozó delikvens folyton meglóg a védőőrizetből. Eközben Abby a fél veséjét akarja adni egy betegnek, ám a jelentkezők közt van még valaki más is, aki megfelelne - mint kiderül, az illető DNS-e pontosan egyezik Abby-ével.

A parti őrség altisztjét lelövik egy üresnek látszó hajón, melyen egy – állításuk szerint politikai okokból menedékjogot kérő – libanoni család rejtőzik. Nyomozás közben a csapat új nőt keres Gibbsnek, hátha a randizás csökkentené főnökük munkamániáját, s nekik is több nyugtuk lenne.

Két áldozatot is találnak, akik szó szerint halálra itták magukat vízzel: a halálos szomjúság oka kábítószer miatti kiszáradás. A csapatot eközben a randizgató Doki boldogsága tartja lázban.

Gibbs és Fornell volt feleségének legújabb férjét elrabolták, s Diane – az emiatt nem épp boldog – exeket kéri, hogy kerítsék elő. Az üggyel kapcsolatban egyre több halott kerül elő, s Victor, az eltűnt férj egyre gyanúsabb lesz.

Egy elhunyt katonák holttestét szállító repülő felrobban, ám a DNS-vizsgálat során kiderül, hogy Gabriela Flores hadnagy teteme nem volt a gépen. A csapat kutatást indít az Afganisztánban leányiskolát újjáépítő hadnagynő után, hátha élve megúszta az iskolát ért támadást, s az eset Gibbs számára felidézi egy rokonszenves katonalány emlékét a múltból.

Gibbs és Zíva elindul Afganisztánba, hogy Florest felkutassák, majd hazaérkezvén ártalmatlanítanak egy fanatikusan nyugatellenes terrorista családot az ügy kapcsán.

A családközpontú évadban Tony is sorra kerül: apját tökrészegen találják meg a rendőrök egy autóban szunyókálva, ám ennél is nagyobb baj, hogy a csomagtartóban egy hulla hever.

A Haditengerészet egyik ezredesét holtan találják egy szállodai szobában. A nyomozás során kiderül, hogy az ezredes a barátnőjét várta, akinek később trükkös módszerrel sikerül is felvennie a kapcsolatot az NCIS csapatával. Az állapotos nő retteg, mert úgy érzi, hogy követik őt, és nem a barátjának, hanem neki kellett volna meghalni, mert valójában rá vadásznak. Eközben Palmer a leendő apósát vezeti körbe az NCIS bázison, aminek senki sem örül. DiNozzo-t pedig az ex-feleségével heccelik, aki meghívta őt karácsonyozni.

Egy haditengerészt meggyilkolnak a saját autójában, s egy idős szemtanú szerint az autóból egy fiatal nő szállt ki, aki nem a hadnagy felesége volt. A nyomozás során egy régen eltűnt ismerős is visszatér, aki nem más, mint E.J. Barrett. Gibbs közben a haditengerészetért felelős minisztertől kér segítséget, mert úgy gondolja, hogy tudja, ki a gyilkos és, hogy mi a terve...

Egy haditengerész-parancsnokra holtan találnak rá egy építkezésen. Az NCIS csapata persze azonnal nyomozásba kezd, de az áldozat férje csak nehezíti a dolgukat. Ziva régi barátja, Ray eközben visszatér a városba, hogy megbeszélje Ziva-val a kapcsolatukat, de a felbukkanása nem véletlen, ugyanis ő is belekeveredik a nyomozásba...

Gibbs éppen a szokásos reggeli kávéját fogyasztja a jól megszokott kávézójában, amikor is fegyveres támadás történik, és megáll az idő. Gibbs előtt lepereg egy élet, amely ugyan nem az övé, de lehetett volna, ha máshogy cselekszik eddigi életében...

Egy virágüzlet késő este halálos fenyegetést kap, amely aztán két ember életének kioltásával végződik. Az NCIS kapja meg az ügyet, mivel az egyik áldozat a haditengerészet ezredese volt. Tony-t pedig teljesen felvillanyozza az eset - az áldozatok titkos élete miatt...

Két piti bűnöző ki akar rabolni egy házat, de meglepetésükre a helyszínen egy holttestet találnak. A nyomozás közben kiderül, hogy az áldozat pszichiátere biztos benne, hogy a férfi nem lehetett öngyilkos. A szálak pedig később egy titkos kormányprogram felé vezetnek.

Az NCIS csapata egy olyan ügyben jár el, amely egy másik nemzetvédelmi szervezetet is érint, így kénytelenek sötétben tapogatózni. Ziva-t közben megbízza Vance igazgató, hogy tartson egy kiselőadást a munkájáról - pályaválasztás előtt álló diákoknak...

Miután ismeretlen személy titkos kormány-közeli dokumentumokat szivárogtat ki, az NCIS és a PsyOps közös akcióba kezd. Az a feladatuk, hogy rájöjjenek, vajon kinek állhatott mindez érdekében...

Az NCIS csapata ezúttal egy különlegesen érzékeny ügyben kell, hogy eljárjon. Gibbs-ék egy halott tengerész esetét vizsgálják, ahol azonban a legfőbb gyanúsított Vance igazgató egy közeli rokona...

Egy piknikező pár váratlanul egy gyilkosság helyszínén találja magát. Az áldozat egy tengerész, aki Kolumbiában látott el szolgálatot. Gibbs rájön, hogy az ottani lázadók elraboltak egy tengerészeti lelkészt is, így Ziva-ékat a helyszínre küldi, ahol az ügynöknő egykori kiképzője lesz a segítségükre...

Egy titkos tengerészeti dokumentumokat őrző raktár szinte porig ég. Gibbs-ék feladata, hogy kiderítsék, kiszivároghattak-e bizalmas információk az eset során, miközben ráadásul egy halott ember kilétére is fényt kell deríteniük. Tony pedig kénytelen együtt dolgozni az ügyön egy régi ismerősével...

Az NCIS csapata egy tengeralattjárón történt gyújtogatásban vizsgálódik. Ez összefüggésbe hozható a korábbi tűzesetekkel, ráadásul súlyos nemzetbiztonsági fenyegetést is jelent. Tony és Ziwa pedig egészen Olaszországig követik a nyomokat.

Dorneget ügynök fogában poloskát talál a fogorvosa. Ez a felismerés pedig az egész NCIS tevékenységét veszélybe sodorhatja. Később aztán kiderül, hogy az egész mögött a régóta körözött Harper Dearing áll.

Vance igazgató nyomtalanul eltűnik a hazaúton, és senki sem tudja, hogy hova tűnhetett, vagy ki rabolhatta el. Gibbs és csapat tagjai persze rögtön vizsgálódni kezdenek, amikor is váratlan telefonhívást kapnak. Eközben pedig közeleg Jimmy várva várt esküvőjének napja...