Nimueh, a mágusok kiirtásáért bosszút esküdött varázslónő újra felbukkan. Az általa feltámasztott fekete lovag sorra hívja ki párbajra Camelot lovagjait, akiknek esélye sincs egy halhatatlan harcossal szemben. Arthur megelégeli társai elestét, és dacból ő maga hívja ki a lovagot párbajra, ezért Merlinnek nincs más választása, mint hogy mágikus segítséghez folyamodjon.

Egy druida egy kisfiúval érkezik a cameloti piacra, de Uther Pendragon királyságában már druidának lenni is halálos bűn. A férfit kivégzik, és hajtóvadászat indul az őrök által megsebesített kisfiúért, aki Merlint látszólag már ismerve kér segítséget az ifjú varázslótól. A kisfiút megszánó Morgana úgy dönt, akár az élete árán is visszajuttatja őt a népéhez.

Arthur egy messzi királyságból érkezett trónörökös és lánya, Sophia életét menti meg egy csapat banditától. Sophia szinte rögtön magába bolondítja Arthurt, szándékai azonban cseppet sem nemesek. Sophia és apja ugyanis a legendás Avalon földjéről kiszorult tündérek, akik visszajutásukat az ifjú herceg életének feláldozásától remélik.

Ismeretlen fertőzés támadja meg Uther gyámleányát, Morganát. Amikor még Gaius is tehetetlennek bizonyul a halálos betegséggel szemben, a király úgy dönt, lehetőséget ad a semmiből megjelenő, magát csodadoktornak valló Edwynnek. Miután Edwyn sikeresen visszahozza Morganát a halál küszöbéről, sorozatos hibákat vél felfedezni Gaius munkásságában, akit így a király kénytelen felmenteni kötelezettségei alól. Miközben Merlin mágikus bogarakat talál Edwynnél, a húsz évvel ezelőtti Nagy Irtás titkos jegyzőkönyve igazolja Gaius gyanúját, hogy Edwyn valami rosszban sántikál.

Merlint egy griff támadja meg, de egy magát Lancelotként bemutató idegen kimenti a lény karmai közül. Élete megmentéséért cserébe Merlin nemesi származást igazoló oklevelet hamisít a kis faluból származó Lancelot-nak, hogy felvehessék a cameloti lovagok közé. Amikor azonban fény derül a hamisításra, Lancelot lovagi pályafutásának úgy tűnik, minden érdeme ellenére befellegzett. A sebezhetetlennek bizonyuló griff mindeközben végső támadásra indul Camelot ellen.

Camelot régi ellensége, a varázslónő Nimueh bosszút áll Merlinen, amiért megállította az általa okozott járványt: csellel eléri, hogy Merlin mérgezett kehelyből igyon azon a lakomán, ami Camelot és az egyik szomszédos királyság közti békekötést ünnepli. Miközben a kölcsönös gyanúsítás miatt kiújul a viszály a két hatalom között, Arthur, apja tiltása ellenére, útnak indul, hogy elhozza Gaiusnak a Merlin meggyógyításához szükséges gyógynövényt.

Rejtélyes, természetfeletti járvány söpör végig a városon, a halottak száma napról napra nő. Míg Gaius és Merlin az ellenszeren dolgozik, Uther és Arthur a betegség okozóját akarja megtalálni. Merlin megsajnálja a kovács lányát, Gwent, ezért mágiával gyógyítja meg a kórtól szenvedő apát. A bámulatos gyógyulás azonban szemet szúr a királynak, és Gwen lesz az első számú gyanúsított, akit halálra is ítélnek.

Az évente megrendezett lovagi tornára Albion egész területéről érkeznek lovagok a bajnoki cím reményében. Merlin, akit Arthur herceg szolgájának neveznek ki, rájön, hogy az egyik lovag fekete mágiát használ és valószínűleg Artúr életére tör. Ám nem várt akadályokba ütközik, amikor ezt Artúrral és a királlyal is közölni akarja.

A fiatal Merlin (Colin Morgan) Camelotba érkezik nagybátyjához, az udvari doktor Gaiushoz (Richard Wilson), hogy okot és célt találjon ébredező természetfeletti képességeinek. De ez a Camelot még korántsem a legendák dicső királysága. Guinevere, azaz a szépséges Gwen (Angel Coulby) a kovács egyszerű lánya, Morgana (Katie McGrath) a várban élő úrhölgy, Artúr Pendragon (Bradley James) pedig ugyan erős és jószívű, de pökhendi herceg, aki folyton összetűzésbe kerül apjával, a keménykezű Uther Pendragonnal (Anthony Head), aki nem ismer kegyelmet, ha mágiáról van szó. Merlinnek folyton egyensúlyoznia kell a mágia használata és elhallgatása, a jó ügy szolgálata és a lebukás között, hogy egyszer az a hatalmas varázsló válhasson belőle, aki Artúr királlyal egyesíti majd Albion földjét.

A fiatal Merlin anyja tanácsára Camelotba utazik, ahol nagybátyja, az udvari doktor Gaius segédjének álljon, titkon remélve, hogy választ találhat a kérdésére: miért kapta a sorstól természetfeletti képességeit? De a keménykezű Uther Pendragon uralma alatt tilos a mágia bárminemű használata, és minden varázslónak és mágikus lénynek halál a büntetése. Uther legújabb áldozata egy varázsló, akinek anyja megesküszik, hogy bosszúból végez a király fiával, az ifjú Artúrral.

Amanda, a gyönyörű halhatatlan mestertolvaj, akit az első szezon A hölgy és a tigris (The Lady and the Tiger) c. epizódjában ismerhettünk meg, most visszatér a városba. Találkozik MacLeoddal és azt állítja, hogy feladta eddigi bűnöző életvitelét. Mac egy szavát sem hiszi - különösen amikor két fickó rájuk lő.

A skót először azt hiszi, hogy a fickók Figyelők, de később kiderül, hogy valójában FBI ügynökök, akik háború előtti pénzhamísító eszközök után nyomoznak, s úgy sejtik, ezek Amanda tulajdonában vannak...

Amandának az a szándéka, hogy a korabeli dátum megváltoztatásával hamis pénzt készít. Palance, az egyik FBI ügynök, társa meggyilkolásával csapdába csalja MacLeodot és Amandát, és a kliséket követeli tőlük. Mac-nek és Amandának meg kell "halniuk", hogy Palance bűnösségéről bizonyítékot szolgáltassanak.

Létezik egy titokzatos zóna, ahol a rendőrség teljességgel tehetetlen. Egy olyan szekta lakja, amelynek karizmatikus vezetője azt vallja, hogy az ember életében felesleges minden anyagi tulajdon. Dawson egyik emberével figyelteti a szektát, azonban a férfit meggyilkolják. Dawson MacLeodhoz fordul segítségért, aki minden erejét megfeszítve igyekszik megtörni a titokzatos vezér hatalmát.

Amikor MacLeod és Richie szemtanúi lesznek egy terrorista támadásnak egy nagykövet ellen, Richie valóságos szuperhősként - halhatatlansága tudatában - közbeavatkozik. A támadás végeredményeképpen az egyik terrorista meghal, és egy másikat - Annie Devlint, egy halhatatlant - elfogják.

Annie bosszút esküszik Richie ellen, és amikor megszökik MacLeod feladata, hogy felkészítse Richie-t, hogy esélye legyen ellene a harcban. Közben a visszaemlékezésekből megtudjuk, hogy MacLeod és Annie régen barátok voltak. Mac most felkeresi a nőt, hogy felújítsák ezt a barátságot, és a két halhatatlan, - akik mindketten mostanában veszítették el szeretteiket - támaszra talál egymásban.

A végén Richie legyőzi Annie-et, de nem tudja megölni, és MacLeod meggyőzi a nőt, hogy tegyen le a vérbosszúról.

Pallin Wolf egy halandó egyike azoknak a renegát Figyelőknek, akik azt hiszik, hogy a halhatatlanokat el kell pusztítani. A férfi becsalogat egy halhatatlant a házába egy elzárt szobába és kihasználva a teljes sötétséget - miközben ő infraszemüveget használ - a fejét veszi.

Eközben Mac és Tessa egy étteremben találkozik egy jövendőmondóval, aki figyelmezteti Tessát, hogy veszélyben van. Amikor Wolf elrabolja Tessát, MacLeod visszamegy Gretához, hogy a segítségét kérje. De Greta csupán egy szélhámos, nem valódi jövendőmondó, így kevés segítséget nyújthat a skótnak.

Mac végül rátalál Wolf házára, ahol a férfi már várja. A sötét szobában reménytelen dolognak tűnik, hogy legyőzheti a halandót, azonban hirtelen eszébe jut egy doboz gyufa, melyet Greta adott neki, a telefonszámával. Meggyújtva a gyufákat, előnyére változtatja hátrányát, és megöli Wolf-ot.

Időközben Tessa és Richie odakint várnak rá a kocsinál, amikor egy fiatal narkós ki akarja őket rabolni, és mindkettejüket lelövi. Míg Mac Tessát gyászolja, Richie visszatér - épségben, sértetlenül: halhatatlan lett. Tessa azonban meghalt.

Harminc évvel ezelőtt a halhatatlan Quenten Barnest villamosszékben kivégezték, de ő megígérte, hogy visszatér. Miután megszökött a sírból, ahol az elmúlt évtizedek alatt raboskodott, Barnes elkezdi levadászni azokat az embereket, akik annakidején felelősek voltak a kivégzéséért.

Joe Dawson megtudja, hogy Barnes visszatért és megpróbálja bevonni MacLeodot Barnes elfogásába. Mac azonban úgy dönt, nem avatkozik közbe, hacsak Barnes nem kerül az útjába, ám amikor felbukkant a városban Mac régi barátja, Michael Moore, megtudjuk, hogy Barnes annakidején megölte Michael feleségét, és régóta bosszút forral Michael ellen is.

Így most már Mac is belekeveredett az ügybe. Meggyőzi Dawsont, hogy mutassa meg neki a Figyelők anyagát Barnesról, de az nem sokat segít. Amikor megölik a hóhért és a papot, akik jelen voltak Barnes kivégzésénél, világossá válik, hogy a következő Michael lesz... A történet érdekes fordulatot vesz, és MacLeodnak végül olyan döntést kell hoznia, mely két személy "életére" is hatással lesz.

Greg Powers, MacLeod halhatatlan barátja, meghívja a skótot fotókiállítására. A galérián a férfi képein látható erőszak, és a tény, hogy Greg milyen keményszívű, cinikus alakká vált, mélységesen megdöbbenti MacLeodot.

A Hegylakó közben találkozik egy fényképésszel, aki ötven évvel ezelőtt a barátnője volt. A ma 73 éves Linda Duncanben 50 évvel ezelőtti mentorát és szeretőjét ismeri fel, emiatt Linda ápolónője kételkedik az idős, beteg asszony elmeállapotában.

Amikor MacLeod megtudja, hogy Linda haldoklik, úgy érzi, el kell mondania neki az igazat. Közben Greg bevonja önpusztító életébe Richie-t, és kockázatos játékra csábítva a fiút rábeszéli egy veszélyes motorbicikli-mutatványra. Greg emiatt összeütközésbe kerül MacLeoddal. Csalódottságában, mert úgy érzi halhatatlansága miatt nem képes már valódi érzelmekre megtámadja Richie-t, és Lindát, majd a kórház tetején kihívja MacLeodot. Amikor Mac legyőzi és kardja már csak centiméterekkel van a nyakától, Greg megtörik, és elismeri, hogy nem akar meghalni.

MacLeod úgy dönt, végére jár öreg barátja, Darius halálának. Találkozik Joe Dawsonnal, egy könyvesbolt-tulajdonossal, akinek megvan a maga titka: Dawson egy ősi titkos szervezet tagja, akik Figyelőknek nevezik magukat, és a halhatatlanok életét kísérik figyelemmel. Nemzedékről nemzedékre adják tovább az összegyűjtött tudást...

MacLeod találkozik régi társával, Hugh Fitzcairnel, aki elmondja neki, hogy titokzatos dolgok történnek mostanában: néhány halhatatlan barátja gyanús körülmények között eltűnt. MacLeod rájön, hogy valaki követhette Fitz-et és arra is rádöbben - túl későn - hogy Fitz jelenléte látogatásával Dariust is veszélybe sodorta.

A skót saját templomában holtan talál rá Dariusra és amikor Fitzcairnt elrabolják, MacLeod nem nyugszik, amíg meg nem találja a felelősöket. Öreg barátja gyilkosainak nyomát követve MacLeod rájön, hogy egy csapat halandó halhatatlanokra vadászik, és még a szent hely sem jelent menedéket előlük. MacLeod még éppen időben talál rájuk, hogy megmentse Fitzcairnt, és szembeszálljon James Hortonnal, a renegát Figyelők vezetőjével, de Horton kicsúszik a markából.

Amikor egy halhatatlan nevelt lányát megerőszakolják, a halhatatlan a fiatalember nyomába ered. MacLeod, aki a fiú apjának vendége, úgy érzi, meg kell védenie a családot a megállíthatatlan veszélytől. Megpróbálja meggyőzni a halhatatlant, hogy bízza az igazságszolgáltatásra az ügyet, de a férfi nem hallgatja meg az érveit, és megostromolja a házat.

Amikor a halálos késszúrás nem öli meg, Alfred Cahill azt hiszi, hogy őt egy magasabb hatalom választotta ki, hogy kereszteshadjáratot viseljen a "perverzió" ellen. Prostituáltakat és kerítőket gyilkol, veszélybe sodorva Tessa egyik régi barátnőjét, aki időközben call-girl lett. MacLeod megpróbálja elmagyarázni halhatatlanságát Cahillnek, de nem tudja meggyőzni és végül arra kényszerül, hogy a férfi fejét vegye.

Richie találkozik egy gyönyörű, fiatal lánnyal, aki megmutatja neki a divat világát. Később Richie féltékenységében rátámad egy világhírű divattervezőre, aki nem más, mint egy veszélyes halhatatlan.