Amikor Merlin felfedez egy titkos kamrát, véletlenül kiereszt egy goblint. A csibész lény megszállja Gaiust, aki emiatt teljesen kifordul régi, bölcs énjéből. Eközben a király hirtelen kopasszá válik, és a királyi házat szélbántalmak kezdi gyötörni.

A nagy sárkány segítségével Merlin visszatér Camelotba, ahol közel a vereség: Morgause és Cenred közös erővel igyekeznek megdönteni a meggyengült Uther hatalmát.

Egy évvel eltűnése után, mikor már majdnem mindenki feladta a reményt, Morgana visszatér Camelotba. Merlin attól tart, hogy a lány talán emlékszik eltűnésének körülményeire, és a varázsló lebukik a király előtt. Uther ünnepséget szervez, ám nem sokkal ezután gonosz varázs kezd dolgozni Camelotban, és a királyt hallucinációk gyötrik, ráadásul eközben ellenség közeleg Camelot felé.

Miután kiszabadult a nagy sárkány, Camelot iránti gyűlölete kegyetlen támadásra hajtja.

Amikor 300 év után ismét fellobbannak Idirsholas tüzei, Gaius Medhir lovag visszatérésétől tart. Morgause visszatért, hogy véget vessen Uther uralmának.

Alvarr, a kegyetlen warlock mindent megtenne Camelot elpusztításáért, és azért, hogy ismét szabad legyen a varázslat az országban. Még Utherrel is harcba szállna ezért, ám ehhez először a régi vallás egyik jelképét, a Neathid kristályt is meg kell szereznie.

Camelot rivális királysága békeköveteket küldött, ám valójában háború kiprovokálásán ügyködik - még a varázslatot is hajlandó bevetni a cél érdekében.

Merlin véletlen felfedezést tesz, és egy szépséges, Freya nevű druida lányt talál egy fejvadász ketrecében. Gaius tanácsa ellenére kiszabadítja Feyát. Ám, hogy biztonságban tudhassa a lányt, nehéz döntést kell hoznia...

Miután egy titokzatos harcos párbajra hívta Artúrt, kiszámíthatatlan és pusztító eseménysorozat vette kezdetét. Ezért Artúr és Merlin különös kutatásba kezd.

Uther udvarából véglegesen ki akar űzni mindenféle mágiát, ezért felbérli a rettegett Arediant, a hírhedt boszorkányüldözőt, aki a végsőkig képes elmenni, ha valahol varázslatot szimatol.

Lady Catrina neve mostantól Catrina királyné, ő Camelot "first lady"-je. Ám amikor fény derül troll mivoltára, még nagyobb hatalma lesz Uther felett, és ez már az egész birodalomra hatással van.

Lady Catrina és különös szolgálója, Jonas Camelotba érkeznek.Uther szívesen fogadja őket, ám Artúr korántsem ilyen lelkes; nem tetszik neki, ahogyan apja és Lady Catrina flörtölnek egymással.

A rettegett Hengist tévedésből Gwent rabolja el Morgana helyett, ezért Artúr és Morgana Uthertől kér segítséget, de a király nem hajlandó kifizetni a váltságdíjat. Artúr elindul, hogy kiszabadítsa a lányt.

Morgana megrémül, amikor rájön, lehet, hogy varázsereje van, mert a rémálmai sorra valósággá válnak. Gaius a lány védelme érdekében megpróbálja elterelni a gondolatait, de Merlin úgy véli, itt az ideje, hogy Morgana is tisztán lásson.

Artúr mindenképpen meg akarja nyerni a következő lovagi tornát. Ám arról nem tud, hogy a többi versenyző egyike, egy bizonyos Myror csak azért nevezett, hogy megölje Artúrt.

Egy Camelot alatt rejtőző, sötét folyosón kincsekkel teli, ősi sírt találnak. Gaius könyörögve kéri a királyt, zárják vissza a termet, mert attól tart, hogy ez Cornelius Sigan, a gonosz varázsló sírhelye. Cornelius megátkozta Camelotot, és megesküdött rá, hogy egy nap még visszatér.

Vadászat közben Artúr egy soha nem látott szörnyszerű lénnyel találkozik. Gaius rájön, hogy ezt a szörnyet egy régóta halott király rémálmai teremtették, és harapása mindig halálos. Második találkozásukkor pedig Artúrt is megmarja; Merlin a haldokló herceg megmentésére indul.

Egy alkimista a királyság legjobb kovácsának, Gwen apjának, Tomnak nagy összeget ajánl egy munkáért. Amint kiderül, hogy mágiáról van szó, Tom visszautasítja a munkát, de már késő: elfogják és a király kivégezteti. Gwen összeomlik, Morgana pedig bosszút esküszik - akár az alkimistával is hajlandó szövetkezni, hogy Uther meghaljon.

Arthur ritka prédát ejt a vadászaton: az egyik utolsó egyszarvút. Ezzel azonban tudtán kívül átkot hoz az egész királyságra. A termés elrohad, az ivóvíz homokká változik. Egy rejtélyes alak jelenik meg, hogy próbának vesse alá Arthurt, de a gőgös fiatal trónörökös úgy tűnik, még királysága pusztulása árán sem képes elismerni, hogy hibázott.

Egy zsarnok és hadserege fosztogatja azt a falut, ahonnan Merlin is származik. A király politikai okokból megtagadja a segítségnyújtást, ezért Merlin hazatér, hogy megpróbáljon segíteni. Morgana, Gwen, és végül Arthur is csatlakozik hozzá, de csodára ők sem képesek, hiszen egy csapat földművesből kellene hadsereget formálni csupán néhány nap alatt. Merlinnek választania kell: hagyja egykori faluját elpusztulni, vagy varázserejével menti meg barátait, de egyben fel is fedi valódi kilétét.