Egy bikinis szépségversenyen az egyik fellépő hölgyet holtan találják egy közeli nyilvános mosdóban. Az áldozat Tiffany Jordon altiszt, akiről később kiderül, hogy állapotos volt. Lisa, a lány barátnője nem sok információval tud szolgálni, de a barátja szemtelensége felkelti Dinozzo figyelmét. Eközben arra is fény derül, hogy egy férfi, akit alig két hete engedtek ki a börtönből, számos levelet írt Tiffany-nak, melyek arra utalnak, hogy mániákusan és betegesen vonzódott a lányhoz.

Georgetown-ban egy altisztet támadnak meg az otthonában. Jessica Smith azt állítja, hogy egy terepszínűruhás ember volt az, aki az életére tört. A lány látszólag zavarodott, és azt állítja, hogy állandóan figyelik és folyamatosan lehallgatják. Gibbs és csapata a helyszínre utaznak, hogy kivizsgálják a furcsa esetet. Nem sokkal ezután azonban, egy kétségbeesett telefonhívást követően felakasztva találják Smith altisztet. Majd kiderül, hogy az FBI is nyomoz az ügyben.

Egy részeg hallgató, egy főiskolai beavató buli közben rátalál egy holttestre. A szerencsétlenül járt kadét pedig nem más, mint a kiváló katona, Turner őrmester. A vizsgálatok bizonyítják a gyilkosságot, ráadásul az is kiderül, hogy az áldozatot a halála előtt még meg is kínozták. Turner valóságos zseni volt: matematikából és fizikából is sokkal előrébb járt a társainál. A számítógépén az NCIS hamarosan talál is egy kódolt e-mailt, amelyben közlik Turner-rel, hogy meg fog halni.

Miután egy altiszt életét veszti Irakban, az általa bérelt raktárban a lány, akire a személyes dolgait hagyta, az autóban egy csontvázat talál. A lány szerint Justin Dobbs altisztnek egykor köze lehetett egy harmadéves diáklány eltűnéséhez, amit azonban a rendőrség soha nem tudott rábizonyítani. Eközben azonban az altiszt katonatársai elismerően nyilatkoznak Justin Dobbs-ról, s kizártnak tartják, hogy köze lenne bármilyen gyilkossághoz. A csontvázról pedig egyértelműen kiderül, hogy az eltűnt lányé.

Az NCIS egy különleges ügynökének címezve érkezik egy boríték, amelyen egy rúzsfolt is található. Dinozzo persze a hatalmas egoizmusától vezérelve, azonnal kinyitja a levelet, amelyből fehér por száll ki. Az NCIS épületét lezárják, Dinozzo-t és Kate-et pedig alapos kivizsgálásra kórházba szállítják. Kiderül, hogy a borítékban egy genetikailag módosított vírust, egy speciális pestisfajtát küldött a feladó. S az ellenszer elküldésének feltétele, hogy az NCIS nyilvánosságra hoz egy régi aktát.

Szabályosan kivégeznek két hadnagyot egy országúton, amikor azok szabadságra mennek. Az autó alján ráadásul robbanószert rejtettek el és, ha egy véletlen folytán az éppen munkába álló Tony nem veszi észre, akkor több ember halálát okozta volna. Kiderül, hogy a gyilkosság csak álca volt, mert a fő célpont az NCIS és a különleges ügynökei. Egy Gibbs felett álló személy ráadásul célzást is tesz arra, hogy valószínűsíthetően ennél sokkal komolyabb dolog áll az ügy hátterében.

Miközben az NCIS minden egyes tagja próbálja magát túltenni Kate értelmetlen halálán, addig Gibbs-t szörnyű rémálmok gyötrik a balul sikerült akcióval kapcsolatban. Ám most mindannyiuknak az a feladata, hogy forró nyomon szerezzenek meg minden lehetséges információt Todd ügynök gyilkosáról, a terrorista Ari-ról. S ráadásul Gibbs-szel olyan hírt közölnek, ami még a magánéletére is nagyban kihat.

Ari Haswari – hogy még nagyobb fájdalmat okozzon Gibbsnek – elrabolja Dokit. Gibbs közben ráállítja Tonyt Zivára, később pedig valaki rálő Gibbsre és Jennyre Haswari terepjárójából. Ziva találkozót beszél meg Arival, és – miután Ari puskát szegez Gibbsre és bevallja Kate megölését – lelövi.

Évekkel ezelőtt Gibbs ügynök volt az, aki elkapott egy aberrált kéjgyilkost, akitől minden nő rettegett Georgetown-ban. Kyle Boone már csak a kivégzésére vár a siralomházban, amikor az utolsó kívánsága az, hogy találkozhasson Gibbs-szel. Ám miután a férfi továbbra sem vallja be, hogy hová rejtette el áldozatait, az NCIS csapatnak a saját módszereivel kell megoldania az ügyet.

Egy, a polgárháború idejéből származó koporsóban találnak egy viszonylag friss holttestet, mellette pedig egy mobiltelefont. A törzsőrmester minden valószínűség szerint hullarablásba keveredhetett. Ziva eközben teljes értékű NCIS ügynökként tér vissza Gibbs főnökének parancsára. Gibbs azonban nehezen barátkozik meg a gondolattal, hogy Ari féltestvérével dolgozzon.

Amikor egy tiszthelyettest agyonlőnek az autópályán, az NCIS nyomozásba kezd. Az első nyom az a tény, hogy az áldozat kettős életet élt, ezért Gibbs-ék ezen indulnak el. Ám fordul a kocka, amikor kiderül, hogy az áldozat búcsúlevelet is hagyott. Ez pedig új megvilágításba helyezi a dolgokat.

Az NCIS elvállal egy igen különleges ügyet, amikor is egy tengerész feleségét megölik az Interneten keresztül. A nyomozás alatt kiderül, hogy további két feleség, akik ugyancsak Internetes élőszex-oldalt látogattak pedig eltűntek. Amíg a csapat a keresésükre indul, megpróbálják lenyomozni az ügyben érintett rendszergazdát és fényt deríteni az állítólagos gyilkosságra.

Egy vidámparkban eltűnik egy kisgyermek édesapja. A férfi sorhajóhadnagy, akinek a hatéves kisfia hívja fel az NCIS-t. Kiderül, hogy a férfi egy titkos projekten dolgozott, s talán ezért rabolhatták el. A fiú leírása alapján pedig az is világossá válik, hogy FBI ügynököknek kinéző férfiak figyelték őket.

Egy bérgyilkos-házaspár autóbalesetet szenved, majd mindketten az életüket veszítik. A jelek szerint azonban éppen Washingtonba készültek, ahol egy katonákkal teli rendezvényre voltak hivatalosak, s feltételezhetően egy magas-rangú vezetőt szándékoztak megölni. Tony és Ziva ezért átveszik a helyüket.

Kellemetlen helyzetbe kerülnek a NCIS emberei, amikor is Tony válik gyanúsítottá egy gyilkossági ügyben. Quantico-ban ugyanis egy nő holttestére bukkannak és a nyomok egyértelműen DiNozzo bűnösségére utalnak. A csapat tagjai persze minden követ megmozgatnak, hogy bebizonyítsák társuk ártatlanságát, miközben sejtik, hogy Tony-t minden bizonnyal csapdába csalták.

A vezérkari főnököt már jó ideje egy bizonyos radikális emberi jogi csoport fenyegeti, amikor McGee három lövéssel végez egy valószínűsíthető merénylővel. Az újoncot nagyon megviseli az eset, miközben minden jel arra utal, hogy McGee hibázott. Ráadásul a boncolás során kiderül, hogy az áldozat egy John Benedict nevű álruhás rendőrnyomozó. Az NCIS emberei Gibbs vezetésével pedig mind azon vannak, hogy a próbaidős McGee nevén ne essen csorba.

A tengerészeti bázison egy valóság-show-t forgatnak, amikor az egyik modell rejtélyes körülmények között az életét veszti. Az NCIS csapatára vár hát a feladat, hogy megtalálják a szupermodell gyilkosát. A nyomozás kezdetén pedig azonnal világossá válik számukra, hogy a szerencsétlenül járt áldozat egy szerelmi háromszög egyik tagja volt. Eközben Shepard igazgatónő megorrol Gibbs-re, amiért az nem hajlandó részt venni egy fontos díjkiosztó ünnepségen.

Egy akció során Tony és Ziva bennreked egy fém konténerben, amikor éppen csempészeket akarnának lebuktatni. Miközben Ziva nagyon rosszul lesz, mert nem bírja a bezártságot, Tony nyomozni kezd odabent, hátha talál valami említésre méltót a DVD filmek mellett. Bomba helyett azonban egy hatalmas láda hamis pénzre bukkannak.

Az NCIS központjában megszólal a telefon... Wilkerson hadnagy az, és azonnal szüksége van segítségre, mert elrabolták, majd ezzel meg is szakad a hívás. Gibbs persze értesíti Wilkerson felettesét, aki elmondja neki, hogy a nő részt vett egy nukleáris szállítmány megtervezésénél. Közben pedig kiderül, hogy Wilkerson egy civil szervezetnél is dolgozik, akik pedofilokat kapnak el az interneten keresztül.

A NCIS csapata egy felettébb kényes ügyben folytat nyomozást. Két tengerészgyalogos feleségével végeztek különös kegyetlenséggel, és minden jel arra utal, hogy sorozatgyilkossal van dolguk. Így a nyomozóknak nemcsak az elkövetőt kell megtalálniuk, hanem versenyt kell futniuk az idővel, hogy nehogy bekövetkezzen az újabb tragédia.