Gibbs és a csapata egy autószerelő-műhelyt számolnak fel, ahol a tengerészet katonái drága kocsikat bontottak szét, és adtak el alkatrésznek. Az akció során azonban egy hűtőládát is találnak, amelyben egy nemrégiben elhunyt kapitány feje van. A felesége elmondja, hogy a kapitány hamvait a kívánsága szerint a négy égtáj felé szórták szét. De Gibbs szerint a teste bizonyosan nem lett elhamvasztva, ezért elkezdik kutatni az összefüggéseket.

Egy mentőautó, amelyben egy tengerész holttestét szállítják, felrobban. Gibbs és a csapat azonnal megállapítják, hogy az áldozat Lance Corporal Danforth volt. Hamarosan azonban felbukkan egy szemtanú, aki szerint a tiszt még él, s az NCIS tagjai is arra a következtetésre jutnak, hogy valószínűleg egy másik katona halt meg a balesetben.

Egy altiszt szétmarcangolt hullájára bukkannak ez egyik nemzeti parkban, s a jelek szerint a férfival egy medve végzett. Doki azonban a boncolás során kideríti, hogy a férfi már jóval a medvetámadás előtt halott volt: minden bizonnyal szíven szúrták. Hamarosan az is kiderül, hogy több fiatal lány tűnt el a park azon területén, és mindannyian feltűnően hasonlítanak egymásra.

Egy 15 éves fiú túszokat ejt az iskolája egyik tantermében, miközben azzal fenyegetőzik, hogy felrobbantja magát és a többieket, ha nem kerítik elő az édesanyját. Mivel Gibbs önszántából bevonul túsznak, DiNozzo veszi át a főnök szerepét. Kiderül, hogy a kamasz édesanyja már korábban meghalt, ugyanakkor a fiú nem önszántából cselekszik. Minden bizonnyal valaki irányítja...

Egy befagyott tó jege alatt két fiatal egy holttestre bukkan. Amikor pedig az NCIS a helyszínre érkezik, további holttestek kerülnek elő. Rövidesen kiderül, hogy a későbbi három áldozatot az elsőnek előkerült főtörzsőrmester fegyverével lőtték le. Hamarosan számos fegyvert is találnak a tóban, és egy gyilkos golyót, amely újabb bonyodalmakat okoz.

Egy kódfejtőt, akinek tanúskodnia kellett volna egy ügyben, holtan találnak saját házában. A hadnagy minden bizonnyal fejbe lőtte magát, vagy legalábbis minden jel erre utal. Gibbs szerint mégis gyilkosságról van szó, ami viszont azt jelenti, hogy tégla van a Pentagonban?

Miközben Abby az NCIS csapatával karöltve egy szokványosnak mondható gyilkossági ügyön dolgozik, valaki az életére tör. Gibbs-ék számára nyilvánvaló, hogy Abby túl közel kerülhetett egy eset megoldásához, ezért akarják őt mindenáron eltenni láb alól. A kétségbeesett csapattagok azonnal belevetik magukat a nyomozásba, hogy versenyt fussanak az idővel, a tét pedig ezúttal a barátjuk élete.

Ziva és Tony egy gyanúsítottat kísér be az NCIS központba, de mivel a férfi nem akar beszállni a liftbe, Ziva kénytelen erőszakot alkalmazni. A férfi azonban később meghal, Gibbs pedig nem tudja eldönteni, hogy Ziva felelős-e a haláláért. Az NCIS igazgatóját nem sokkal ezután elrabolják, méghozzá a halott férfi bátyja, aki az öccsére és a lefoglalt nagy értékű drogra akarja lecserélni a túszát.

Egy akció során Gibbs nagyon súlyosan megsérül egy hajón történt robbanásban. Miközben a kezelőorvos szerint az állapota teljesen rendben van, Gibbs mégsem akar felébredni a kómából. A főnök nélkül az NCIS persze a feje tetejére áll. Többek között Abby és Ziva felpofozzák egymást, DiNozzo pedig nehezen bír a csapattal. Eközben az is kiderül, hogy a robbanás után talált holttest egy beépített NCIS ügynöké volt.

Gibbs végre magához tér, de nem emlékszik a történtekre. A doktor szerint bizonyosan lelki eredetű az amnéziája, de Gibbs úgy tűnik, hogy az elmúlt 15 évre nem emlékszik, és azt sem tudja, hogy jelenleg az NCIS ügynöke. Kiderül, hogy Gibbs-nek volt egy lánya az első feleségétől, de meghalt, amikor Gibbs harcolt a Sivatagi Viharban. Eközben a nyomozás halad, a hajó kapitánya felismer egy terroristát, aki az NCIS beépített ügynökének adta ki magát.

Miközben Gibbs a jól megérdemelt pihenését tölti, a csapatából Ziva véletlen szemtanújává válik egy politikai gyilkosságnak. Az ügynöknő így kénytelen alkut kötni az FBI embereivel, majd a nyomozásban is részt venni. Rövidesen azonban kiderül, hogy az FBI Ziva egykori tevékenysége után is nyomoz, ezért az NCIS-nek, Tony vezetésével, be kell bizonyítania a lány ártatlanságát.

Gibbs ügynököt arra kérik, hogy térjen vissza a nyugdíjazásából, hogy segítsen Fornell-nek megoldani egy ügyet, amelyben egy szökött fegyenc nyomába kell eredniük. A veszélyes bűnöző ugyanis komoly fenyegetést jelent Fornell-re és a lányára. Miközben beleássák magukat a régi aktákba, Gibbs és a csapata különös felfedezésre tesznek szert.

Egy eltűnt főhadnagy vérrel borított autójára bukkannak egy elhagyatott úton. Rövidesen kiderül, hogy a nő profilrajzoló volt, és azzal töltötte a szabadidejét, hogy megtalálja a számára legmegfelelőbb férfit. Az NCIS csapata beleássa magát az ügybe, Ziva pedig inkognitóban próbál információkat szerezni a nőről.

Amikor egy férfi felismer egy terroristát az utcán, az gondolkodás nélkül meglövi őt. A golyót később nem találják meg az áldozatban, viszont a terroristát sikerül elkapniuk. Bizonyíték hiányában azonban mindezek után nem tehet túl sokat az NCIS?

Amikor egy eltűnt őrvezetőt holtan találnak egy elhagyatott házban, az NCIS arra a felfedezésre jut, hogy az áldozatot már korábban meggyilkolták, majd elásták, és nem sokkal ezelőtt exhumálták. Rövidesen az is kiderül, hogy a katonának Irakban kellett volna szolgálatot teljesítenie, ám ott sosem jelent meg. A nyomozás során Gibbs-éknek az is világossá válik, hogy az őrvezetőnek két felesége is volt, így Abby-n a sor, hogy a holttesten található DNS-maradványokból bármit is kiderítsen?

Halloween van, ám az NCIS tagjai ilyenkor is dolgoznak, ugyanis egy furcsa gyilkossági ügyet kell megoldaniuk. Egy tengerészgyalogos lányát elrabolták, őt pedig súlyosan megsebesítették. A feleség azonban a jelek szerint valamit titkol, s végül ki is derül, hogy a kislányuk lehet, hogy egy régi barátjától van. Esetleg ő állhat a gyermekrablás és a váltságdíj követelés mögött?

Amikor egy magas rangú tiszt, a fia szeme láttára életét veszti egy robbanásban a katonai golfpályán, az NCIS-nek fel kell derítenie egy esetleges készülődő terrortámadást. A CIA segítségével később eljutnak egy raktárépülethez, ahol rengeteg információt találnak lehetséges robbantási célpontokról, ám rájönnek, hogy ők maguk vannak célkeresztben?

Az NCIS emberei az éppen leköszönő védelmi miniszter ellen elkövetett esetleges gyilkossági merénylet ügyében nyomoznak. Bár a politikusok azt gondolják, hogy valójában a férfi, aki levetette magát az emeletről, öngyilkosságot követett el. Gibbs és a csapata azonban összefüggésbe hozzák a férfit egy korábbi gyilkossággal. A szállodában ugyanis egy kiskorú prostituált holttestét találták meg...

McGee áthágva az NCIS szabályait, még az állását is kockára teszi, amikor a váratlanul felbukkant, zavarodott és súlyosan vérző húgán segít. Miközben McGee titokban folytat nyomozást, hogy kiderítse, vajon mi történt Sarah-val, az NCIS egy haditengerész ügyén dolgozik, amelynek talán köze lehet McGee testvéréhez. Ráadásul ezalatt Tony és Abby is szerelmi problémákkal küzdenek.

Egy férfi elszenesedett holttestére bukkannak egy gimnázium kéményében. Amikor pedig az NCIS-nél rákeresnének ujjlenyomat szerint az aktára, az egyszerűen megsemmisíti önmagát. Innentől kezdve pedig az FBI veszi át az ügyet. Rövidesen kiderül, hogy a holttest egy 5 éve eltűnt sorozatgyilkosé. Amikor felkeresik az áldozat feleségét, azt tapasztalják, hogy döbbenetes a hasonlóság a meggyilkolt nők, és a volt feleség között.