Egy volt NCIS-ügynök megjárta a börtönt, mert lopott a bizonyítékraktárból. Annak idején Leon Vance tartóztatta le, akit most azzal vádol, hogy megverte őt. Az igazgatót nyugdíjazni akarják, de ő azt kéri Gibbs-től, hogy vegye be a csapatába. Három órát kapnak, hogy bebizonyítsák Vance ártatlanságát.

Bishop évfordulós meglepetést tervez Jake-kel, és nagyon megorrol McGee-re, mert az véletlenül elárulja a tervét. Ezért egyikük sem örül, amikor házaspárként kell beépülniük egy megfigyelésbe. Tony nagyon büszke, amikor kiderül, hogy egy ősi angol család leszármazottja, ám később furcsa dolgok derülnek ki az egyik családtagról.

A csapat aggódik Gibbs-ért, mert komoly változást észlelnek a viselkedésében, mióta meglőtték. Amikor vállalja, hogy segít egy volt NCIS ügynök fiának elkapni egy kábítószer-kereskedőt, a többiek észreveszik, hogy személyes ügyként kezeli a dolgot, s akarata ellenére segítenek neki.

Az előző részek folytatása! Ned Dorneget anyja, aki CIA-tiszt, csatlakozik a csapathoz, hogy segítsen megtalálni fia gyilkosát. Gibbs a múlt árnyaival küszködik, mert úgy érzi, túl sokan halnak meg, amíg ő a csapatával sötétben tapogatózik. Nagyon bízik Luke-ban, ám csalódnia kell.

Az előző rész folytatása! A "Hívó" nevű terrorista szervezet amerikai kapcsolattartója Sadiq Samar, aki a chatszobákban toboroz fiatal fiúkat különböző akcióihoz. Luke-ot szülei Irakból fogadták örökbe, és a fiú az iskolai gúnyolódások miatt csatlakozik a Samar által verbuvált csapathoz. A nyomozás szálai Kairóba vezetnek.

Egy kódfejtő tengerésztiszt meggyilkolása kapcsán a nyomozás zsákutcába jut, mert a Nemzetbiztonsági Hivatal nem hajlandó együttműködni az NCIS-szel. Ellie megkéri a férjét, hogy segítsen, de Jake ekkor visszautasítja. Vitájuk során pedig rájönnek, hogy kapcsolatuk nagyon megváltozott, de mindkettőjüknek teljesíteniük kell a kötelességüket.

Tony nehezen viseli, amikor McGee és Bishop elmondják neki, hogy Tim lett az NCIS új arca. Még az sem tudja teljesen elterelni a figyelmét a dologról, hogy Afganisztánban egy jól ismert terrorista egy elfogott amerikai katonáért cserébe öccse kiadatását kéri. Gibbs azonban nem hajlandó terroristákkal alkudozni, és Bishop-ot viszi magával a mentőakcióra.

Tony apja újra Washingtonba jön. Hármasban akarnak vacsorázni Zoe-val, de a dolog nem úgy alakul, ahogy szeretnék. Mindennek tetejébe a legújabb nyomozás során Tony-nak és Zoe-nak együtt is kell dolgozniuk, és ez megterheli a kapcsolatukat. A kábítószer-túladagolásban meghalt fiatal lány holtteste közben ráébreszti Jimmy-t, hogy az apaság megváltoztatta a gondolkodását.

Egy tengerésztiszt halála újra a figyelem középpontjába állítja a washingtoni nemzetközi reptér ellen 40 évvel korábban történt terrortámadás elkövetőjét. Kiderül, hogy Gibbs és diNozzo már két éve foglalkoznak az üggyel. McGee-t ez nagyon érzékenyen érinti, és Abby sem hagyja szó nélkül. A dolgok azonban váratlan fordulatot vesznek, amikor a gyanúsított megjelenik az NCIS főhadiszállásán és menedékjogot kér.

Egy haditengerész garázsában egy ismert tolvajlányt találnak holtan, melltartójában egy furcsa rajzzal. Timnek eszébe jut, hogy Delilah egy "Sárkányfog" nevű terrorcsoportról tett említést az egyik korábbi beszélgetésük alkalmával. Lassan kiderül, hogy a barátnőjének kulcsszerepe van a nyomozásban, és az is bebizonyosodik, hogy a párnak van még mit javítani a kommunikációjukon.

Tony nem tud mit kezdeni az apjával, aki váratlanul megjelenik nála, miután a mennyasszonya elhagyta őt. McGee és Gibbs is azt tanácsolják neki, hogy adjon az apjának feladatot, mert az kibillentheti őt a depressziójából. A taktika beválik, és az öreg egyik régi ismerőse a képhamisítók világából, a nyomozás során nagy hasznára lesz a csapatnak.

Egy hadihajón történt gyilkos merénylet arra indítja Gibbs-t, hogy még eltökéltebben nyomozzon Szergej Mishnev után. Azonban nem tudja visszautasítani Fornell lányának kérését, hogy segítsen az apján, aki egyre mélyebb depresszióba és alkoholizmusba süllyed Diane halála miatt. A csapat legnagyobb megdöbbenésére Jethro elviszi barátját egy erdei kunyhóba, de McGee érzi, hogy ez az elvonulás része lehet Gibbs tervének.

Egy halott fiatal tengerész ujján lévő gyűrű jelmondata a Remington Katonai Akadémiára utal, az iskolára, ahova DiNozzo is járt. Visszatérése az "alma mater"-be azonban nemcsak kellemes élményeket idéz fel Tony-ban, és kiderül, hogy van, ami nem változott, mióta ő végzett. A nyomozás miatt később az Ellie és Jake által szervezett közös vacsora is furcsán alakul.

Szíriában terroristák kezéből mentenek ki egy túszul ejtett amerikai nőt. Kihallgatásában Gibbs csapata is közreműködik, de Sarah nem sokat tud segíteni nekik. Abby azonban kideríti, hogy egy olyan amerikai származású terrorista is volt a túszejtők között, aki már visszatért Washingtonba. Fornell ügynök, aki nagyon nehezen dolgozza fel Diane halálát, ugyancsak beszáll a nyomozásba. Bishop-nak és McGee-nek nagyon gyanús, hogy DiNozzo túl kedvesen viselkedik, de nem sokáig marad előttük titokban, hogy miért is.

Két gyilkossági helyszín kísérteties hasonlósága korábbi gyilkosságokkal ráébreszti Gibbs-t és csapatát, hogy megrendezett esetekkel van dolguk. A nyomozás során még Jethro korábbi feleségei, Diane és Rebecca is képbe kerülnek, de egy lövedék vizsgálatakor Abby rájön, hogy az egész mögött Szergej Misnyev áll. Később a férfi egy videoüzenetben meg is fenyegeti Gibbs-t.

Már mindenki Karácsonyra készülődik, amikor is támadás éri a washingtoni internetes szervereket, és egy Krampusz nevű hacker kényes adatokat lop el. Gibbs behozat a börtönből az NCIS központba három elítélt kíberbűnözőt, hogy segítsenek megtalálni a tettest. McGee-t közben ez az eset ráébreszti pár fontos dologra.

Hálaadás napjára mindent elborít a hó, a forgalom gyakorlatilag megbénul. Ellie Bishop és férje szeretnének elutazni, DiNozzo pedig éppen Londonból érkező apját várja a reptéren, amikor McGee értesíti őket, hogy terrorista fenyegetettség miatt a Nemzetbiztonság riasztást adott ki. A rengeteg utas közül kiszúrni a terroristát nem könnyű dolog, de Bishop-nak feltűnik egy ismerős arc.

Egy autóbalesethez elsőnek a haditengerészet kiképzett volt szanitéce, Anna Dillon ér oda. Hívja a mentősöket, de amíg azok kijönnek, szakszerűen ellátja a sérülteket. Az autó vezetőjén már nem tud segíteni, de a két utas neki köszönheti az életét. Segítségnyújtása azonban engedély nélküli praktizálásnak számít, ezért letartóztatják. Gibbs nemcsak a tettest keresi, hanem azért is harcol, hogy egy rossz törvény következményeitől megvédje a lányt.

Bishop-ot annyira feszültté teszi a próbaidős kiértékelése, hogy zaklatottsága miatt még hibázik is. Egy nyugalmazott őrmester meggyilkolása ügyében folyó nyomozás során Gibbs rájön, hogy vannak, akik abból húznak hasznot, hogy becsapják a vietnami háborúban eltűnt hozzátartozóikat keresőket.

Ryan Barnes alezredes feleségét meggyilkolják. A pszichiáterként dolgozó nő holttestét 10 éves lánya, Rachel találja meg. Kiderül, hogy a nő nemrég meglátogatott a börtönben egy életfogytiglanra ítélt szociopata gyilkost, akivel korábban törvényszéki pszichiáterként is kapcsolatba került. Az elítélt elmondja Gibbs-nek, hogy Valerie nagyon félt egy új páciensétől, akinek viselkedése rá emlékeztette.