Gibbs, DiNozzo és Bishop egy hadihajón gyakorlatoznak, amikor Gibbs meglát egy holttestet a vízben. A férfi iratai szerint egy teherhajó biztonsági tisztje, ám amikor Gibbs és Borin ügynök átmennek a San Dominickre, sok furcsaságot tapasztalnak. Az irodai nyomozást rangidősként McGee vezeti, de Abby-nek és Bishopnak egyáltalán nem tetszik a változás, amit tapasztalnak rajta.

Egy összeégett holttest kapcsán Doki Londonba utazik, ahol ifjúkori legjobb barátját próbálja megtalálni. Közben az áldozatnál megtalált akták alapján a csapat kideríti, hogy a tengerésztisztek baleseteknek beállított halála igazából merénylet volt. Doki visszaemlékezéseiből kiderül, mi is történt londoni búcsúbuliján, és arra is fény derül, miért hord csokornyakkendőt.

A Fehér Ház közelében egy tengerésztiszt holttestére bukkannak, akiről kiderül, hogy az elnök személyes jóbarátja volt. Az őrnagy felesége lesz az első számú gyanúsított, mivel hatalmas vagyont örököl meggyilkolt férje után, miközben egy szőke, hosszúhajú nő is bekerül a képbe. Abby lelki társra lel Moore őrmesterben. Majd egy rutinvizsgálatot követően az orvos rossz hírt közöl Vance igazgatóval.

McGee nehezen szokja meg, hogy Tony helyén kell ülnie. Az ügynökök kiképzésével foglalkozó Alex Quinn szeretné érteni, miért nem felelnek meg Gibbs-nek az általa küldött jelöltek. A korábban Argentínában beépült, de már halottnak hitt NCIS-ügynök, Nick Torres közben előkerül, amikor a családját halálos fenyegetés éri.

Miközben az orvosok Gibbs életéért harcolnak, Vance igazgató utasítja DiNozzo-t, hogy kövesse a "Hívó" nyomát, ezért Tegue CIA-ügynökkel Shanghaiba utaznak. Felépülése után Gibbs nehezen fogadja el, hogy orvosi tanácsra Vance csak irodai munkára hajlandó beosztani. Egy észak-koreai tengeralattjáró nukleáris fenyegetését észlelve, a Nemzetbiztonsági Hivatal nem sok időt hagy a csapatnak kideríteni, mi is áll a dolog hátterében.

Gibbs és McGee Moszkvába utaznak, hogy kimenekítsék az NCIS egyik rendszergazdáját. Útban hazafelé a helikopterüket lelövik a Kola-félsziget felett, 20 kilométerre a finn határtól, és zsoldosok veszik üldözőbe őket. Kiderül, hogy a támadók célja egy új számítógépes vírus megszerzése. Otthon a csapat többi tagja persze mindent elkövet, hogy segítsen nekik a menekülésben, de Gibbs és McGee sem tétlenkednek.

A haditengerészet egyik úszó börtöneként működő hajóján tűz üt ki, és megszökik két rab. Mivel Gibbs-nek sajnos meghal az édesapja, így el kell utaznia Stillwater-be, a csapat ezért nélküle kezdi el a nyomozást. Vance igazgató kifejezetten megtiltja, hogy szóljanak a főnöknek, azonban csakhamar kiderül, hogy az ügy nagyon is Gibbs-re tartozik.

Kendall admirális megkéri Vance igazgatót, hogy segítsen hazahozni Marseille-ből a lányát, Amanda-t, akiért nagyon aggódik, mert rossz társaságba keveredett. Vance ekkor egy internetbiztonsági konferencia ürügyén DiNozzo-t küldi Európába. McGee és Bishop is csodálkoznak, hogy miért épp őt, de közben meg kell oldaniuk egy gyilkossági ügyet, ezért nem sokat foglalkoznak a dologgal. Tony azonban komoly bajba kerül Marseille-ben, és nagy szüksége lesz a csapat segítségére.

Roe szakaszvezető szenvedélyes fotós. Egyik Afganisztánban készült képe miatt egy katonát bíróság elé állítanak. Roe a per koronatanúja lenne, de nem jelenik meg a tárgyaláson. A holttestét nem sokkal ezután egy hajléktalanok lakta háztömbben találják meg, a halál oka heroin-túladagolás, és látszólag öngyilkosság történt. Mivel McGee egy bőrbetegség miatt pár napig nem borotválkozhat, így neki kell beépülnie a hajléktalanok közé.

Tony és McGee együtt kezdenek méregtelenítésbe, amely nem tesz jót a hatékonyságuknak, pedig egy nagyon szövevényes ügyet kellene megoldaniuk. Egy halott haditengerész után nyomozva kiderül, hogy a férfi megpróbált segíteni egy tiszttársának, egy lánynak, aki szexuális erőszak áldozata lett, de nincs rá bizonyítéka, mert bedrogozták. A lány szégyelli a történteket, és nem hajlandó együttműködni, de Abby-nek végül sikerül elnyerni a bizalmát.

A kibővített csapat a "Kiváltságos"-nak nevezett gyilkos módszerét másoló tettes után nyomoz, New Orleans-ban és Washingtonban egyaránt. Ahogy egyre közelebb kerülnek a megoldáshoz, annál furcsább dolgokra derül fény. Pride és Gibbs nehéz perceket élnek át, de Tony-nak sem könnyű, mert valaki egy vudu babát küld a számára.

Jimmy nagy izgalommal várja, hogy megszülessen a gyermek, akit örökbe készülnek fogadni. Tony-t közben az apja felkéri, hogy szervezze meg az esküvőjét, de még ezelőtt egy óriási megrázkódtatáson kell átesnie. A saját lakásában védőörizetben tartott kiöregedett rockénekes nagyon otthonosan érzi magát, ami nem marad következmények nélkül.

Tony-nak és az apjának találkozóját megzavarja egy incidens, amelynek következtében DiNozzo nem foglalkozhat az üggyel, pedig érdekes dolgok derülnek ki a férfiról, akit lelőtt. Nyomozás közben az Adams hotelben McGee és Bishop meglátják Tony apját egy fiatal terhes nővel, amely persze újabb bonyodalmat okoz.

Egy felborult kisteherautóból fegyverek és golyóálló katonai mellények kerülnek elő, és ez utóbbiakról kiderül, hogy hibásak. Gibbs-ék sajnos már csak a sofőr holttestét találják meg. A nyomok egy szolgálathoz vezetnek, amelyik a külföldön állomásozó katonákhoz juttatja el az otthoni csomagokat. Az NCIS-nek erről a Védelmi Minisztériumot is értesítenie kell, ezért kapóra jön, hogy Delilah, aki most szokja az életet a kerekesszékben, épp meglátogatja McGee-t.

A Parsa utáni hajsza folytatódik, és Bishop egyre jobban belelovallja magát az ügybe. A nő ekkor kénytelen bevallani Gibbs-nek, hogy már hat éve foglalkozik a terroristával, és már nemcsak a szörnyet látja benne, hanem az embert is. Végül a katonaság villámakciója segítségével sikerül elkapniuk Parsa-t, aki hajlandó kiadni minden információt egyetlen feltétellel: beszélgetni akar Bishop-pal.

McGee nem tudja feldolgozni, hogy Delilah megsebesült, mert saját magát hibáztatja, főleg amikor kiderül, hogy a lány a gerincsérülése miatt tolószékbe kényszerül. Gibbs-ék közben mindent elkövetnek, hogy Parsa nyomára bukkanjanak. Együttműködve a nemzetbiztonságiakkal egy pakisztáni telefonhívás nyomán eljutnak ahhoz az emberhez, aki segített a terroristának kijutni a városból. Sajnos azonban a "szállító" a saját jól megfontolt érdekében sem tudja Parsa úticélját.

Egy haditengerész dróntámadás áldozatává válik, s a szálak egy korábbi afganisztáni akcióhoz és Behnam Parsa-hoz vezetnek. A csapatnak az ügyben a Védelmi Minisztériummal közösen kell nyomoznia, ezért az NCIS központjába Gibbs "majdnem exe" érkezik - ahogy a fiúk Hollis Mann alezredest nevezik. McGee mondvacsinált okokra hivatkozva nem akar elmenni Delilah-val a hírszerző gálára, de egyrészt Abby hatására, másrészt mivel az ügy is jól halad, mégis elkíséri a lányt.

Már nagyon karácsonyi hangulatban van az egész csapat, amikor McGee megtudja egy Afganisztánból épp hazaérkezett barátjától, hogy kislánya megbetegedett. Kiderül, hogy más haditengerészek gyermekeit is megtámadta egy furcsa kór. Járványtani ismereteivel Jimmy Palmer is segíteni tud Abby-nek a laborban. Vance igazgató eközben egyáltalán nem örül annak, hogy Jackie apja látni akarja az unokáit, és durván elküldi, de az ünnep mégis megenyhíti a szívét.

Bishop elég jól veszi az akadályokat, amelyekkel az első napokban szembesül. Egy meggyilkolt tengerészgyalogos ügyében nyomozva Gibbs legnagyobb csodálkozására Fornell ügynököt újra volt feleségükkel, Diane-nal találja. Azon pedig már mindketten megdöbbennek, hogy a nő korábbi barátja és az ügy szálai összefonódást mutatnak.

A haditengerészetért felelős miniszterasszony zsebében bepoloskázott tollat találnak. DiNozzo közben rálel a Nemzetbiztonsági Hivatal egyik elemzőjének, Ellie Bishop-nak a két évvel korábban készült anyagára, amelyben megjósolja egy ilyen eset előfordulásának lehetőségét. Gibbs ragaszkodik hozzá, hogy Bishop részt vegyen az ügy felderítésében, bár senki nem érti, hogy miért.